Interacció de la cromatina basada en Hi-C
Característiques del servei
● Seqüenciació a Illumina NovaSeq amb PE150.
● El servei requereix que mostres de teixit, en lloc d'àcids nucleics extrets, s'entretinguin amb formaldehid i conservin les interaccions ADN-proteïna.
● L'experiment Hi-C implica la restricció i la reparació final dels extrems enganxosos amb biotina, seguida de la circularització dels extrems roms resultants tot preservant les interaccions. A continuació, l'ADN es tira cap avall amb perles d'estreptavidina i es purifica per a la posterior preparació de la biblioteca.
Avantatges del servei
●Disseny òptim d'enzims de restricció: per garantir una alta eficiència Hi-C en diferents espècies amb fins a un 93% de parelles d'interacció vàlides.
●Àmplia experiència i registres de publicacions:BMKGene té una àmplia experiència amb més de 2000 projectes de seqüenciació Hi-C de 800 espècies diferents i diverses patents. Més de 100 casos publicats amb un factor d'impacte acumulat superior a 900.
●Equip de bioinformàtica altament qualificat:amb patents internes i drets d'autor de programari per a experiments Hi-C i anàlisi de dades i un programari de dades de visualització de desenvolupament propi.
●Suport postvenda:El nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos. Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per resoldre qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
●Anotació integral: fem servir diverses bases de dades per anotar funcionalment els gens amb variacions identificades i realitzar l'anàlisi d'enriquiment corresponent, proporcionant informació sobre diversos projectes de recerca.
Especificacions del servei
| Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Sortida de dades recomanada | Resolució del senyal Hi-C |
| Biblioteca Hi-C | Il·lumina PE150 | Bucle de cromatina: 150x TAD: 50x | Bucle de cromatina: 10 Kb TAD: 40Kb |
Requisits del servei
| Tipus de mostra | Import requerit |
| Teixit animal | ≥2 g |
| Sang sencera | ≥2 ml |
| Fongs | ≥1 g |
| Planta- teixit jove | 1 g/aliquota, es recomana 2-4 alíquotes |
| Cèl·lules cultivades | ≥1x107 |
Inclou l'anàlisi següent:
● QC de dades en brut;
● Cartografia i QC de la biblioteca Hi-C: parells d'interacció vàlids i exponents de desintegració de la interacció (IDE);
● Perfil d'interacció a tot el genoma: anàlisi cis/trans i mapa d'interacció Hi-C;
● Anàlisi de la distribució del compartiment A/B;
● Identificació de TAD i bucles de cromatina;
● Anàlisi diferencial d'elements d'estructura de cromatina 3D entre mostres i anotació funcional corresponent dels gens associats.
Distribució de proporcions cis i trans
Mapa de calor d'interaccions cromosòmiques entre mostres
Distribució a tot el genoma dels compartiments A/B
Distribució de bucles de cromatina a tot el genoma
Visualització de TAD
Exploreu els avenços de recerca facilitats pels serveis de seqüenciació Hi-C de BMKGene mitjançant una col·lecció de publicacions curada.
Meng, T. et al. (2021) "Una anàlisi multiòmica integrada comparativa identifica CA2 com un nou objectiu per al cordoma",Neuro-Oncologia, 23(10), pàg. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) "La desorganització i la reordenació 3D del genoma proporcionen informació sobre la patogènesi de NAFLD mitjançant la seqüenciació integrada de Hi-C, Nanopore i ARN",Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), pàg. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
