L’estudi d’associació a tot el genoma (GWAS) té com a objectiu identificar variants genètiques (genotip) que s’associen a trets específics (fenotip). GWA Studies investiga els marcadors genètics creuen tot el genoma de gran nombre d’individus i prediu associacions genotip-fenotips mitjançant anàlisi estadística a nivell de població. El resequencament del genoma sencer pot descobrir totes les variants genètiques. Acoblament amb dades fenotípiques, es pot processar GWAS per identificar els SNP relacionats amb el fenotip, els QTL i els gens candidats, que recolzen fortament la reproducció moderna d’animals/plantes. SLAF és una estratègia de seqüenciació de genoma simplificada autodestanciada, que descobreix marcadors distribuïts a tot el genoma, SNP. Aquests SNP, com a marcadors genètics moleculars, es poden processar per a estudis d'associació amb trets dirigits. És una estratègia rendible per identificar trets complexos associats a variacions genètiques.
