Anàlisi d'associacions a tot el genoma
Flux de treball
Avantatges del servei
●Àmplia experiència i registres de publicacions: amb l'experiència acumulada en GWAS, BMKGene ha completat centenars de projectes d'espècies en investigació GWAS poblacional, ha ajudat els investigadors a publicar més de 100 articles i el factor d'impacte acumulat ha arribat als 500.
● Anàlisi bioinformàtica integral: el flux de treball inclou l'anàlisi d'associació de trets SNP, que ofereix un conjunt de gens candidats i la seva corresponent anotació funcional.
●Equip de bioinformàtica altament qualificat i cicle curt d'anàlisi: amb una gran experiència en anàlisis de genòmica avançada, l'equip de BMKGene ofereix anàlisis exhaustives amb un temps de resposta ràpid.
●Suport postvenda:El nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos. Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per resoldre qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Especificacions i requisits del servei
| Tipus de seqüenciació | Escala de població recomanada | Estratègia de seqüenciació | Requisits de nucleòtids |
| Seqüenciació del genoma sencer | 200 mostres | 10x | Concentració: ≥ 1 ng/ µL Quantitat total ≥ 30 ng Degradació o contaminació limitada o nul·la |
| Fragment amplificat de locus específic (SLAF) | Profunditat de l'etiqueta: 10x Nombre d'etiquetes: < 400 Mb: es recomana WGS < 1 Gb: 100.000 etiquetes 1 Gb > 2 Gb: 300.000 etiquetes Màxim 500.000 etiquetes | Concentració ≥ 5 ng/µL Import total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Gel d'agarosa: degradació o contaminació nula o limitada
|
Selecció de material
Diferents varietats, subespècies, races autòctones/bancs de germen/famílies mixtes/recursos salvatges
Diferents varietats, subespècies, races locals
Família de mig germà/família de germà complet/recursos salvatges
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de la mostra
Extracció d'ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Inclou l'anàlisi següent:
- Anàlisi d'associació a tot el genoma: model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Anotació funcional dels gens candidats
Anàlisi de l'associació de trets SNP – diagrama de Manhattan
Anàlisi de l'associació SNP-tret - QQ plot
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de GWAS de BMKGene mitjançant una col·lecció de publicacions seleccionades:
Lv, L. et al. (2023) "Introspecció de la base genètica de la tolerància a l'amoníac a la navalla Sinonovacula constricta mitjançant un estudi d'associació a tot el genoma",Aqüicultura, 569, pàg. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) "Les anàlisis multiòmiques de 398 accessions de mill de cua de guineu revelen regions genòmiques associades amb la domesticació, trets metabòlits i efectes antiinflamatoris".Planta Molecular, 15(8), pàgs. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) "Cartografia de l'associació a tot el genoma de fenotips sense buits en un entorn de sequera",Fronteres en ciència vegetal, 13, pàg. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) "GmST1, que codifica una sulfotransferasa, confereix resistència a les soques del virus del mosaic de la soja G2 i G3",Planta, cèl·lula i medi ambient, 44(8), pàgs. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
