Assemblea de genoma de fongs de nou
BMKGENE ofereix solucions versàtils per a genomes fúngics, atenent diverses necessitats de recerca i una integritat del genoma desitjada. L'ús de la seqüenciació d'il·lumina de lectura curta per si sola permet la generació d'un genoma d'esborrany. Les lectures curtes i la seqüenciació de lectura llarga mitjançant nanopore o Pacbio es combinen per a un genoma de fongs més refinat amb contigus més llargs. A més, la integració de la seqüenciació HI-C millora encara més les capacitats, permetent la consecució d'un genoma complet a nivell de cromosoma.
Característiques del servei
Amb tres opcions possibles per triar, depenent del grau desitjat del genoma:
● Draft Opció del genoma: seqüenciació de lectura curta amb Illumina Novaseq PE150.
● Opció del genoma de fongs fins:
Enquesta del genoma: Illumina Novaseq PE150.
Assemblea del genoma: Pacbio Revio (Hifi Reads) o Nanopore Prometion 48.
● Genoma de fongs a nivell de cromosoma:
Enquesta del genoma: Illumina Novaseq PE150.
Assemblea del genoma: Pacbio Revio (Hifi Reads) o Nanopore Prometion 48.
Ancoratge de contig amb muntatge hi-c.
Avantatges del servei
●Disponibles diverses estratègies de seqüenciació disponibles: Per a diferents objectius de recerca i requisits de la integritat del genoma
●Flux de treball de bioinformàtica completa:Això inclou el muntatge del genoma i la predicció de múltiples elements genòmics, l’anotació de gens funcionals i l’ancoratge de contig.
●Àmplia experiència: Amb més de 12.000 genomes microbians muntats, aportem més d’una dècada d’experiència, un equip d’anàlisi altament qualificat, contingut complet i un excel·lent suport post-venda.
●Suport post-vendes:El nostre compromís s’estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei posterior a tres mesos. Durant aquest temps, oferim un seguiment del projecte, assistència de resolució de problemes i sessions de Q&A per abordar qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Especificacions del servei
| Manteniment | Estratègia de seqüenciació | Control de qualitat |
| Esborrany del genoma | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genoma fi | Enquesta del genoma: Illumina PE150 50 X Assemblea: Pacbio Hifi 30x o nanopor 100x | contig n50 ≥1 MB （Pacbio unicel·lular） contig n50 ≥2 MB （ONT unicel·lular） contig n50 ≥500kb （Altres） |
| Genoma a nivell de cromosoma | Enquesta del genoma: Illumina PE150 50 X Assemblea: Pacbio Hifi 30x o nanopor 100x HI-C ASSEMBLEA 100X | Ràtio d'ancoratge de contig> 90%
|
Requisits del servei
| Concentració (ng/µl) | Import total (µg) | Volum (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopor | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Il·luminar | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Fong unicel·lular: ≥3.5x1010 cèl·lules
Fongs macro: ≥10 g
Flux de treball del servei
Lliurament de mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Inclou l’anàlisi següent:
Enquesta del genoma:
- Seqüenciació del control de qualitat de les dades
- Estimació del genoma: mida, heterozigositat, elements repetitius
Assemblea del genoma fi:
- Seqüenciació del control de qualitat de les dades
- De NovoReunió
- Anàlisi de components del genoma: predicció de CD i múltiples elements genòmics
- Anotació funcional amb diverses bases de dades generals (GO, KEGG, etc.) i bases de dades avançades (targeta, VFDB, etc.)
HI-C ASSEMBLEA:
- Avaluació de la biblioteca HI-C.
- Contigus ancorant agrupació, comanda i orientació
- Avaluació del muntatge hi-c: basat en el genoma de referència i el mapa de calor
Enquesta del genoma: distribució k-mer
Assemblea del genoma: anotació homòloga de gens (base de dades NR)
Assemblea del genoma: Anotació del gen funcional (GO)
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de muntatge del genoma de fongs de BMKGENE mitjançant una col·lecció de publicacions curat.
Hao, J. et al. (2023) "Perfil integrat OMIC del bolet medicinal Inonot Obliquus en condicions submergides",BMC Genòmica, 24 (1), pp. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/figures/3.
Lu, L. et al. (2023) "La seqüenciació del genoma revela l'evolució i els mecanismes patògens del patogen de rhizoctonia cerealis de rizoctonia" afilat de blat ",The Crop Journal, 11 (2), pp. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) "Recursos del genoma per a quatre espècies de Clarireedia que causen un punt de dòlar en diverses gespa",Plantes de plantes, 107 (3), pp. 929–934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'evidència genètica i molecular d'un sistema d'aparellament tetrapolar a la frondosa de la grifola de bolets comestible',Journal of Fungi, 9 (10), pàg. 959. DOI: 10.3390/JOF9100959/S1.
