Exclusive Agency for Korea

条形banner-03

Productes

Seqüenciació d'ARNm de longitud completa-Nanopore

Tot i que la seqüenciació d'ARNm basada en NGS és una eina versàtil per quantificar l'expressió gènica, la seva dependència de lectures curtes restringeix la seva eficàcia en anàlisis transcriptòmiques complexes. D'altra banda, la seqüenciació de nanopors utilitza tecnologia de lectura llarga, que permet la seqüenciació de transcripcions d'ARNm de longitud completa. Aquest enfocament facilita una exploració integral de l'empalmament alternatiu, les fusions de gens, la poliadenilació i la quantificació d'isoformes d'ARNm.

La seqüenciació de nanoporos, un mètode que es basa en senyals elèctrics en temps real d'una molècula única de nanopors, proporciona resultats en temps real. Guiat per proteïnes motores, l'ADN de doble cadena s'uneix a proteïnes nanoporos incrustades en un biofilm, desenrotllant-se a mesura que passa pel canal de nanopors sota una diferència de voltatge. Els distintius senyals elèctrics generats per diferents bases de la cadena d'ADN es detecten i classifiquen en temps real, facilitant una seqüenciació de nucleòtids precisa i contínua. Aquest enfocament innovador supera les limitacions de lectura curta i proporciona una plataforma dinàmica per a anàlisis genòmiques complicades, inclosos estudis transcriptòmics complexos, amb resultats immediats.

Plataforma: Nanopore PromethION 48


Detalls del servei

Bioinformàtica

Resultats de demostració

Publicacions destacades

Característiques

● Captura d'ARNm poli-A seguida de síntesi d'ADNc i preparació de biblioteques

● Seqüenciació de les transcripcions integrals

● Anàlisi bioinformàtica basada en l'alineació amb un genoma de referència

● L'anàlisi bioinformàtica inclou no només l'expressió a nivell de gens i isoformes, sinó també l'anàlisi de lncRNA, fusions de gens, poliadenilació i estructura gènica.

Avantatges del servei

Quantificació de l'expressió a nivell d'isoformes: permet una anàlisi detallada i precisa de l'expressió, revelant el canvi que es pot emmascarar quan s'analitza tota l'expressió gènica

Demandes de dades reduïdes:En comparació amb la seqüenciació de nova generació (NGS), la seqüenciació de Nanopore presenta requisits de dades més baixos, permetent nivells equivalents de saturació de quantificació de l'expressió gènica amb dades més petites.

Major precisió de la quantificació de l'expressió: tant a nivell de gens com d'isoformes

Identificació d'informació transcriptòmica addicional: poliadenilació alternativa, gens de fusió i lcnRNA i els seus gens diana

Àmplia experiència: El nostre equip aporta una gran experiència a cada projecte, havent completat més de 850 projectes de transcriptoma de llarga durada Nanopore i processat més de 8.000 mostres.

Suport postvenda: el nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos. Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per resoldre qualsevol consulta relacionada amb els resultats.

Requisits de mostra i lliurament

Biblioteca

Estratègia de seqüenciació

Dades recomanades

Control de qualitat

Poly A enriquit

Il·lumina PE150

6/12 Gb

Puntuació de qualitat mitjana: Q10

Requisits de mostra:

Nucleòtids:

Conc. (ng/μl)

Quantitat (μg)

Puresa

Integritat

≥ 100

≥ 1,0

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN.

Per a plantes: RIN≥7,0;

Per a animals: RIN≥7,5;

5,0≥28S/18S≥1,0;

elevació de la línia de base limitada o nul·la

● Plantes:

Arrel, tija o pètal: 450 mg

Fulla o llavor: 300 mg

Fruita: 1,2 g

● Animal:

Cor o intestí: 300 mg

Vísceres o cervell: 240 mg

Múscul: 450 mg

Ossos, cabell o pell: 1 g

● Artròpodes:

Insectes: 6g

Crustacis: 300 mg

● Sang sencera: 1 tub

● Cèl·lules: 106 cèl·lules

Lliurament de mostres recomanat

Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)

Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Enviament:

1. Gel sec: les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.

2. Tubs RNAstable: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.

Flux de treball del servei

Nucleòtids:

lliurament de mostres

Lliurament de la mostra

Preparació de la biblioteca

Construcció de la biblioteca

Seqüenciació

Seqüenciació

Anàlisi de dades

Anàlisi de dades

Serveis postvenda

Serveis postvenda

Flux de treball del servei

teixit:

Mostra de control de qualitat

Disseny d'experiments

lliurament de mostres

Lliurament de la mostra

Experiment pilot

Extracció d'ARN

Preparació de la biblioteca

Construcció de la biblioteca

Seqüenciació

Seqüenciació

Anàlisi de dades

Anàlisi de dades

Serveis postvenda

Serveis postvenda


  • Anterior:
  • Següent:

  • de longitud completa

    ● Tractament de dades en brut

    ● Identificació de la transcripció

    ● Empalmament alternatiu

    ● Quantificació de l'expressió a nivell de gens i isoformes

    ● Anàlisi d'expressió diferencial

    ● Annotació i enriquiment de funcions (DEG i DET)

     

    Anàlisi d'empalmament alternatiu图片20 Anàlisi de poliadenilació alternativa (APA)

     

    图片21

     

    Predicció de lncRNA

     图片22

     

    Anotació de gens nous

     图片23

     

     

     Agrupació de DET

     

     图片24

     

     

    Xarxes proteïnes-proteïnes en DEG

     

      图片25 

    Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació d'ARNm de llarga durada Nanopore de BMKGene mitjançant una col·lecció de publicacions curada.

     

    Gong, B. et al. (2023) "Activació epigenètica i transcripcional de la quinasa secretora FAM20C com a oncogen en glioma", Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), pàgs. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

    Ell, Z. et al. (2023) "La seqüenciació de transcriptoma de longitud completa dels limfòcits responen a l'IFN-γ revela una resposta immune esbiaixada Th1 a la platassa (Paralichthys olivaceus)", Fish & Shellfish Immunology, 134, pàg. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

    Ma, Y. et al. (2023) "Anàlisi comparada dels mètodes de seqüenciació d'ARN PacBio i ONT per a la identificació de verí de Nemopilema Nomurai", Genomics, 115 (6), pàg. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

    Yu, D. et al. (2023) "L'anàlisi nano-seq revela una tendència funcional diferent entre exosomes i microvesícules derivades de hUMSC", Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pàgs. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TAULAS/6.

     

    obtenir un pressupost

    Escriu el teu missatge aquí i envia'ns-ho

    Envia'ns el teu missatge: