Anàlisi d'ARNm eucariota (opcions basades en referència i disponibles de novo)
Aquest pipeline utilitza dades NGS RNA-Seq com a entrada i produeix resultats de múltiples anàlisis posteriors, que inclouen, entre d'altres: seqüenciació de l'avaluació de la qualitat de les dades,de nouanotació del lloc de transcripció, anàlisi d'empalmament variable, anàlisi d'expressió diferencial, anotació de funcions i anàlisi d'enriquiment.
Anàlisi llarg d'ARN no codificant
Els ARN llargs no codificants (lncRNA) són transcripcions no codificants amb longituds superiors a 200 nt i se sap que tenen un paper en l'organització i la regulació de la cromatina. Les tecnologies de seqüenciació d'alt rendiment i la bioinformàtica han potenciat la nostra comprensió de les seqüències de lncRNA i la informació de posicionament per identificar els lncRNAs amb funcions reguladores crucials. Aquesta canalització proporciona anàlisis de lncRNA a més de les anàlisis esmentades al pipeline d'anàlisi d'ARNm eucariota.
Seqüenciació d'amplicons 16S/18S/ITS
El pipeline d'anàlisi de diversitat microbiana Amplicon Sequencing es va desenvolupar a partir d'anys d'experiència en l'anàlisi de projectes de diversitat microbiana. El pipeline conté una anàlisi bàsica estandarditzada, que cobreix el contingut de l'anàlisi principal de la investigació microbiana actual i l'anàlisi personalitzada. L'informe d'anàlisi és ric i complet, amb l'opció de realitzar diverses anàlisis personals. A més, les mostres i els grups es poden modificar sobre la marxa per a una personalització i un control addicionals.
Anàlisi metagenòmica d'escopeta
El pipeline d'anàlisi metagenòmica de Shotgun utilitza dades NGS de materials genòmics mixts extrets de mostres ambientals. Les anàlisis incloses proporcionen informació detallada sobre la diversitat i l'abundància d'espècies, l'estructura de la població, la relació filogenètica, els gens funcionals i les xarxes de correlació amb factors ambientals.
Anàlisi de variants NGS-WGS
L'anàlisi de variants NGS-WGS és una canalització integrada de detecció de variants que realitza el control de qualitat de les dades, l'alineació de seqüències, l'anotació i l'anàlisi de mutacions gèniques. El pipeline segueix les millors pràctiques de GATK per a la detecció de SNP i InDel i utilitza Manta per a la trucada de variants estructurals.
Estudi d'associació a l'ample del genoma (GWAS)
El pipeline GWAS és una anàlisi aigües avall que pren com a entrada els fitxers VCF generats prèviament i les dades de fenotip corresponents per a una cohort d'individus. Utilitzant metodologies estadístiques específiques, GWAS pretén descobrir variacions de nucleòtids a tot el genoma correlacionades amb diferències fenotípiques. Té un paper crucial en l'exploració de gens funcionals associats a malalties humanes complexes i trets complexos en plantes i animals.
Anàlisi de segregació a granel (BSA)
L'anàlisi BSA implica agrupar individus amb trets fenotípics extrems d'una població segregadora. En comparar els loci diferencials entre les mostres agrupades, aquest enfocament identifica ràpidament marcadors moleculars estretament vinculats associats amb gens diana. Ampliament utilitzat en el cartografia genètic de plantes i animals, és una eina valuosa per a la reproducció assistida per marcadors.
Anàlisi Genètica Evolutiva
El flux de treball de l'anàlisi genètica evolutiva aprofita l'àmplia experiència de BMKGENE en projectes d'evolució genètica i inclou la construcció d'arbres filogenètics, l'anàlisi del desequilibri d'enllaços, l'avaluació de la diversitat genètica, la identificació d'escombrat selectiu, l'anàlisi de parentiu, l'anàlisi de components principals i la caracterització de l'estructura de la població.
