Genètica evolutiva
Avantatges del servei
Takagi et al.,The Plant Journal, 2013
●Anàlisi bioinformàtica completa:que permet l'estimació de la diversitat genètica, que reflecteix el potencial evolutiu de les espècies i que revela una relació filogenètica fiable entre espècies amb influència minimitzada de l'evolució convergent i l'evolució paral·lela
●Anàlisi personalitzada opcional: com ara l'estimació del temps i la velocitat de divergència basats en variacions a nivell de nucleòtids i aminoàcids.
●Expertes àmplies i registres de publicacions: BMKGENE ha acumulat una experiència massiva en projectes de genètica de població i evolutiva durant més de 15 anys, que cobreixen milers d’espècies, etc. i ha contribuït a més de 1000 projectes d’alt nivell publicats a Nature Communications, plantes moleculars, revista de biotecnologia vegetal, etc.
● Equip bioinformàtic altament qualificat i cicle d’anàlisi curt: Amb una gran experiència en l’anàlisi avançada de genòmics, l’equip de BMKGENE ofereix anàlisis exhaustives amb un temps de canvi ràpid.
● Suport post-vendes:El nostre compromís s’estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei posterior a tres mesos. Durant aquest temps, oferim un seguiment del projecte, assistència de resolució de problemes i sessions de Q&A per abordar qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Especificacions i requisits del servei
| Tipus de seqüenciació | Escala de població recomanada | Estratègia de seqüenciació | Requisits de nucleòtids |
| Seqüenciació del genoma sencer | ≥ 30 individus, amb ≥ 10 individus de cada subgrup
| 10 vegades | Concentració: ≥ 1 ng/ µl Quantitat total 30ng Degradació o contaminació limitada o sense |
| Fragment amplificat per locus específics (SLAF) | Profunditat de l'etiqueta: 10 vegades Nombre d’etiquetes: <400 MB: es recomana WGS <1GB: 100k etiquetes 1 GB > 2GB: 300K Etiquetes Etiquetes màximes de 500k | Concentració ≥ 5 ng/µl Quantitat total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Gel d'agarosa: degradació ni contaminació limitada ni limitada
|
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
El servei inclou l’anàlisi de l’estructura de la població (arbre filogenètic, PCA, gràfic d’estratificació de la població), diversitat de població i selecció de la població (desequilibri d’enllaç, selecció selectiva de llocs avantatjosos). El servei també pot incloure l’anàlisi personalitzada (per exemple, el temps de divergència, el flux de gens).
*Els resultats de demostració que es mostren aquí provenen de genomes publicats amb bmkgene
1. L’anàlisi d’evolució conté la construcció d’arbre filogenètic, estructura de la població i PCA basat en variacions genètiques.
L’arbre filogenètic representa relacions taxonòmiques i evolutives entre espècies amb avantpassat comú.
PCA té com a objectiu visualitzar la proximitat entre les subpoblacions.
L’estructura de la població mostra la presència de subpoblació genèticament diferent en termes de freqüències d’al·lel.
Chen, et. al.,PNA, 2020
2. Selecció d’escombrat
L’escombratge selectiu es refereix a un procés mitjançant el qual es selecciona un lloc avantatjós i s’incrementen les freqüències de llocs neutres vinculats i les de llocs no enllaçats disminueixen, donant lloc a la reducció de la regional.
La detecció a tot el genoma a les regions d’escombratge selectiu es processa calculant l’índex genètic de la població （π ， fst, tajima d) de tots els SNP dins d’una finestra lliscant (100 kb) a cert pas (10 kb).
Diversitat de nucleòtids (π）
Tajima's D
Índex de fixació (FST)
Wu, et. al.,Planta molecular, 2018
3. Flux de gènere
Wu, et. al.,Planta molecular, 2018
4. Història Demogràfica
Zhang, et. al.,Ecologia i evolució de la natura, 2021
5. Temps de divulgació
Zhang, et. al.,Ecologia i evolució de la natura, 2021
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de genètica evolutiva de BMKGENE mitjançant una col·lecció de publicacions curades:
Hassanyar, Ak et al. (2023) "Descobriment de marcadors moleculars SNP i gens candidats associats a la resistència al virus de la sacbrood en les larves d'Apis cerana cerana per la reinici del genoma sencer",Revista Internacional de Ciències Moleculars, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.
Chai, J. et al. (2022) "Descobriment d'una salamandra gegant xinesa salvatge i genèticament pura crea noves oportunitats de conservació",Investigació zoològica, 2022, vol. 43, número 3, pàgines: 469-480, 43 (3), pp. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) "Patró filogeogràfic i història de l'evolució de la població de la indígena Elymus sibiricus L. a l'altiplà de Qinghai-tibetana",Fronteres en ciències vegetals, 13, pàg. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. et al. (2022) "Informació genòmica sobre l'evolució de Longan a partir d'un conjunt del genoma a nivell de cromosoma i la genòmica de la població d'accessions de Longan",Recerca en horticultura, 9. doi: 10.1093/hr/uhac021.
