Seqüenciació d'ARNm eucariota-ngs
Funcions
● Captura d'ARNm poli abans de la preparació de la biblioteca
● Preparació de la biblioteca de mRNA direccional opcional per permetre l'obtenció de dades de seqüenciació específica de la cadena
● Anàlisi bioinformàtica de l'expressió gènica i l'estructura de transcripcions
Avantatges
●Àmplia experiència: El nostre equip ha processat més de 600.000 mostres a BMKGENE, que abasta diversos tipus de mostres com ara cultius cel·lulars, teixits i líquids corporals. Aportem una gran experiència a tots els projectes i hem completat amb èxit més de 100.000 projectes de mRNA-seq en diversos dominis de recerca.
●Control de qualitat rigorós: Implementa punts de control bàsics a totes les etapes, des de la preparació de mostres i biblioteques fins a la seqüenciació i la bioinformàtica. Aquest monitor de monitorització garanteix el lliurament de resultats constantment d’alta qualitat, assegurant-vos que el vostre projecte està en mans fiables.
●Anotació completa: Utilitzem diverses bases de dades per anotar funcionalment els gens expressats de manera diferent (DEG) i realitzar anàlisis d’enriquiment corresponents. Aquest enfocament complet proporciona informació sobre els processos cel·lulars i moleculars subjacents a la resposta del transcriptoma, garantint que estigueu completament informats sobre els resultats del vostre projecte.
●Suport post-vendes: El nostre compromís s’estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei posterior a tres mesos. Durant aquest temps, oferim un seguiment del projecte, assistència de resolució de problemes i sessions de Q&A per abordar qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Requisits de mostra i lliurament
| Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
| Poli un enriquit | Illumina PE150 Dnbseq-t7 | 6 -10 GB | Q30≥85% |
Requisits de mostra:
Nucleòtids:
| Conc. (NG/μL) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat | |
| Biblioteca estàndard | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN que es mostra al gel. | Per a plantes: RIN≥4,0; Per als animals: RIN≥4,5; 5.0≥28s/18S≥1.0; elevació de base limitada o sense base |
| Biblioteca direccional | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN que es mostra al gel. | Per a plantes: RIN≥4,0; Per als animals: RIN≥4,5; 5.0≥28s/18S≥1.0; elevació de base limitada o sense base |
● Plantes:
Arrel, tija o pètal: 450 mg
Fulla o llavor: 300 mg
Fruita: 1,2 g
●Animal:
Cor o intestí: 300 mg
Vísceres o cervells: 240 mg
Múscul: 450 mg
Ossos, cabells o pell: 1g
● Artròpodes:
Insectes: 6G
Crustacea: 300 mg
● Sang sencera: 1 tub
● Cel·les: 106 cèl·lules
Lliurament de mostres recomanat
Contenidor: Tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana la làmina de llauna)
Etiquetatge de mostres: grup+replica per exemple A1, A2, A3; B1, B2, B3 ... ...
Enviament:
1. Gole sec: cal que les mostres siguin envasades en bosses i enterrades en gel sec.
2. Tubs de taula ARNS: les mostres d’ARN es poden assecar en el tub d’estabilització d’ARN (per exemple, RNastable®) i enviar -les a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de mostra
Extracció d’ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Bioinformàtica
Eucariota Flux de treball de seqüenciació de mRNA
Bioinformàtica
ØControl de qualitat de les dades en brut
ØAlineació del genoma de referència
ØAnàlisi de l'estructura de transcripcions
ØQuantificació d’expressió
ØAnàlisi de l'expressió diferencial
ØAnotació i enriquiment de la funció
Alineació del genoma de referència
Saturació de dades
Correlació i avaluació de mostres de rèpliques biològiques
Gens expressats de manera diferent (DEG)
Anotació funcional de DEG
Enriquiment funcional de DEG
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació de mRNA de NGS NGS de BMKGENE mitjançant una col·lecció de publicacions curat.
Huang, L. et al. (2023) 'Triclosan i Triclocarban debiliten la capacitat olfactiva del peix d'or restringint el reconeixement odorant, pertorbant la transducció del senyal olfactiu i el processament d'informació olfactiu pertorbador', Research Water, 233, pàg. 119736. Doi: 10.1016/j.watres.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus segresta humà P11 per redirigir els fagosomes que contenen fongs a la via no degradativa', host cel·lular i microbis, 31 (3), pp. 373-388.e10. doi: 10.1016/j.chom.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'Factors de transcripció de TCP implicats en el desenvolupament de dispars de BAMBOO MA (DendrocalAmus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, pàg. 884443. Doi: 10.3389/fpls.2022.884443/bibtex.
Wen, X. et al. (2022) "El genoma de crisantem lavandulifolium i el mecanisme molecular subjacent a diversos tipus de capitules", Horticultura Research, 9. DOI: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) "Un nanoreactor en cascada per millorar la teràpia sonodinàmica en càncer colorectal mitjançant l'augment de ROS sinèrgic i el bloqueig d'autofagia", Nano Today, 49, pàg. 101798. Doi: 10.1016/j.nantod.2023.101798.
