Seqüenciació d'ARNm de longitud completa -PacBio
Característiques
● Síntesi d'ADNc a partir d'ARNm poli-A seguida de preparació de la biblioteca
● Seqüenciació en mode CCS, generant lectures HiFi
● Seqüenciació de les transcripcions integrals
● L'anàlisi no requereix un genoma de referència; tanmateix, es pot emprar
● L'anàlisi bioinformàtica permet l'anàlisi de transcripcions isoformes lncRNA, fusions de gens, poliadenilació i estructura gènica
Avantatges del servei
●Alta precisió: HiFi llegeix amb una precisió >99,9% (Q30), comparable a NGS
● Anàlisi d'empalmament alternatiu: la seqüenciació de totes les transcripcions permet la identificació i caracterització d'isoformes
●Àmplia experiència: amb un historial de completar més de 1100 projectes de transcriptoma complet de PacBio i processar més de 2300 mostres, el nostre equip aporta una gran experiència a cada projecte.
●Suport postvenda: el nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos. Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per resoldre qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Requisits de mostra i lliurament
| Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
| Biblioteca CCS d'ARNm enriquida amb PolyA | PacBio Seqüela II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Requisits de mostra:
Nucleòtids:
● Plantes:
Arrel, tija o pètal: 450 mg
Fulla o llavor: 300 mg
Fruita: 1,2 g
● Animal:
Cor o intestí: 300 mg
Vísceres o cervell: 240 mg
Múscul: 450 mg
Ossos, cabell o pell: 1 g
● Artròpodes:
Insectes: 6g
Crustacis: 300 mg
● Sang sencera: 1 tub
● Cèl·lules: 106 cèl·lules
| Conc. (ng/μl) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN. | Per a plantes: RIN≥7,5; Per a animals: RIN≥8,0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; elevació de la línia de base limitada o nul·la |
Lliurament de mostres recomanat
Contenidor: Tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Enviament:
1. Gel sec: les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.
2. Tubs RNAstable: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de la mostra
Extracció d'ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Inclou l'anàlisi següent:
● Control de qualitat de les dades en brut
● Anàlisi de poliadenilació alternativa (APA)
● Anàlisi de transcripcions de fusió
● Anàlisi d'empalmament alternatiu
● Anàlisi de Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
● Anàlisi de transcripcions novedoses: predicció de seqüències codificants (CDS) i anotació funcional
● Anàlisi de lncRNA: predicció de lncRNA i dianes
● Identificació microsatèl·lit (SSR)
Anàlisi BUSCO
Anàlisi d'empalmament alternatiu
Anàlisi de poliadenilació alternativa (APA)
Anotació funcional de transcripcions novel·les
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació d'ARNm de longitud completa Nanopore de BMKGene en aquesta publicació destacada.
Ma, Y. et al. (2023) "Anàlisi comparada dels mètodes de seqüenciació d'ARN PacBio i ONT per a la identificació de verí de Nemopilema Nomurai", Genomics, 115 (6), pàg. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pàgs. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) "Canvis dinàmics en el contingut d'àcid ascòrbic durant el desenvolupament i la maduració de la fruita d'Actinidia latifolia (un cultiu de fruites rics en ascorbat) i els mecanismes moleculars associats", International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), pàg. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) "Predicció efectiva dels gens de la via biosintètica implicats en polifil·lines bioactives a Paris polyphylla", Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pàgs. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) "Anàlisi combinada de PacBio Iso-Seq i Illumina RNA-Seq del transcriptoma de Tuta absoluta (Meyrick) i dels gens del citocrom P450", Insectes, 14(4), pàg. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) "Una enquesta de la complexitat del transcriptoma mitjançant l'anàlisi en temps real d'una molècula única de PacBio combinada amb la seqüenciació d'ARN d'Illumina per a una millor comprensió de la biosíntesi de l'àcid ricinoleic a Ricinus communis", BMC Genomics, 20(1), pàgs. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
