Productes

*Els resultats de demostració que es mostren aquí provenen de genomes publicats amb Tecnologies de Biomarcadores

1.LTR Insereix estimació del temps: la figura es va mostrar una distribució bimodal única en els temps d’inserció de LTR-RTS en el genoma de sègol de Weining, en comparació amb altres espècies. El pic més recent va aparèixer fa uns 0,5 milions d’anys.

Li Guang et al.,Genètica de la natura, 2021

2. Filogenia i anàlisi familiar de gens sobre Chayote (Sechium edule): Analitzant el Chayote i les altres 13 espècies relacionades en la família de gens, el Chayote estava més relacionat amb la carbassa de serp (Trichosanthes anguina). El chayote derivat de Snake Gourd en al voltant de 27-45 MYA i la duplicació del genoma sencer (WGD) es va observar en Chayote en 25 ± 4 MYA, que és el tercer esdeveniment WGD a Cucuibitaceae.

Fu A et al.,Recerca en horticultura, 2021

Anàlisi de 3.Sinyteny: es van trobar alguns gens relacionats amb les fitohormones en el desenvolupament de fruites en el chayote, la carbassa de la serp i la carbassa. La correlació entre el chayote i la carbassa és lleugerament superior a la que hi ha entre el chayote i la carbassa de serp.

Fu A et al.,Recerca en horticultura, 2021

4. Anàlisi familiar Gene: l'enriquiment de KEGG en l'expansió de la família gènica i la contracció en els genomes de G.Thurberi i G.Davidsonii va demostrar que es van ampliar la biosíntesi dels esteroides i els gens relacionats amb la biosíntesi de brassinosteroides.

Yang Z et al.,BMC Biologia, 2021

5. En anàlisi de duplicació del genoma: l'anàlisi de distribució 4DTV i KS va mostrar un esdeveniment de duplicació del genoma sencer. Els pics d'intraspecies van mostrar esdeveniments de duplicació. Els pics de les espècies van mostrar esdeveniments d'especiació. L’anàlisi va indicar que comparant amb les altres tres espècies estretament relacionades, O. Europaea va passar per una duplicació de gen a gran escala més recentment.

Rao G et al.,Recerca en horticultura, 2021

Cas de BMK

Rose Sense punxet: Insights genòmics vinculats a l'adaptació a la humitat

Publicat: National Science Review, 2021

Estratègia de seqüenciació:

'Basye'sSense espina'(R.Wichurainan) Genoma:
Aproximadament. 93 x Pacbio + aprox. 90 x nanopor + 267 x Illumina

Resultats clau

1. Genoma de qualitat de qualitat R.Wichuraiana es va construir mitjançant tècniques de seqüenciació de lectura llarga, que produeixen un muntatge de 530,07 Mb (la mida del genoma estimat va ser aproximadament de 525,9 Mb per citometria de flux i 525,5 per enquesta de genoma ； La heterozigositat era al voltant de l'1,03%). La puntuació estimada de Busco va ser del 93,9%. En comparació amb el "Old Blush" (haploob), la qualitat i la integritat d'aquest genoma es van confirmar mitjançant la precisió de base única i l'índex de muntatge LTR (LAI = 20.03). El genoma de R.Wichuraiana conté 32.674 gens de codificació de proteïnes.

2. L’anàlisi conjunta de Multi-omics, formada per genòmica comparativa, transcriptòmica, anàlisi QTL de la població genètica, va revelar l’especiació crucial entre R. wichuraiana i Rosa chinensis. Així mateix, és probable que la variació d'expressió de gens relacionats en QTL estigués associat a un patró de punxó.

La genòmica comparativa anaysis entre Basye; s Thornless i Rosa chinensis incloent l’anàlisi de sintonització, el clúster de la família de gens, l’expansió i l’anàlisi de contracció, van revelar un gran nombre de variacions, relacionades amb els trets crucials en les roses. L’expansió única de la família de gens NAC i FAR1/FRS era molt probable que s’associa a la resistència al lloc negre.

Zhong, M., et al. "Rose sense picoteig: Insights genòmics vinculats a l'adaptació a la humitat"National Science Review, 2021 ;, NWAB092.