Seqüenciació de circrna-illumina
Funcions
● L'esgotament de l'RNA seguit de la preparació direccional de la biblioteca, permetent les dades de seqüenciació específica de la cadena.
● El flux de treball bioinformàtic permet la predicció i la quantificació de l'expressió
Avantatges del servei
●Biblioteques d’ARN més completes:Utilitzem l’esgotament de l’RNA en lloc de l’esgotament de l’ARN lineal en la nostra preparació pre-bibliotecària, assegurant-se que les dades de seqüenciació inclouen no només circrna, sinó també mRNA i lncRNA, permetent l’anàlisi conjunta d’aquests conjunts de dades
●Anàlisi opcional de xarxes competitives d’ARN endògena (CERNA): Proporcionar visions més profundes dels mecanismes reguladors cel·lulars
●Àmplia experiència: Amb un historial de processament de més de 20.000 mostres a BMKGENE, que abasta diversos tipus de mostres i projectes de LNCRNA, el nostre equip aporta una gran experiència a tots els projectes.
●Control de qualitat rigorós: Implementa punts de control bàsics a totes les etapes, des de la preparació de mostres i biblioteques fins a la seqüenciació i la bioinformàtica. Aquest seguiment minuciós garanteix el lliurament de resultats constantment de gran qualitat.
● Suport post-vendes: El nostre compromís s’estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei posterior a tres mesos. Durant aquest temps, oferim un seguiment del projecte, assistència de resolució de problemes i sessions de Q&A per abordar qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Requisits de mostra i lliurament
| Biblioteca | Plataforma | Dades recomanades | Dades QC |
| Biblioteca direccional esgotada per RRNA | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Requisits de mostra:
Nucleòtids:
| Conc. (NG/μL) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN que es mostra al gel. | RIN≥6,0; 5.0≥28s/18S≥1.0; elevació de base limitada o sense base |
● Plantes:
Arrel, tija o pètal: 450 mg
Fulla o llavor: 300 mg
Fruita: 1,2 g
● Animal:
Cor o intestí: 450 mg
Vísceres o cervells: 240 mg
Múscul: 600 mg
Ossos, cabells o pell: 1,5 g
● Artròpodes:
Insectes: 9G
Crustacea: 450 mg
● Sang sencera:2 tubs
● Cel·les: 106 cèl·lules
● Sèrum i plasma: 6 ml
Lliurament de mostres recomanat
Contenidor: Tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana la làmina de llauna)
Etiquetatge de mostres: grup+replica per exemple A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Enviament:
1. Gole sec: cal que les mostres siguin envasades en bosses i enterrades en gel sec.
2. Tubs rnastables: les mostres d’ARN es poden assecar en tub d’estabilització d’ARN (per exemple, RNastable®) i enviades a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de mostra
Extracció d’ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Bioinformàtica
Predicció de CIRCRNA: distribució cromosòmica
CIRCRNAs expressats de manera diferent: trama de volcans
CIRCRNAs expressats de manera diferent: agrupació jeràrquica
Enriquiment funcional dels gens amfitrions de CIRCRNA
Exploreu els avenços de la investigació facilitats pels serveis de seqüenciació de CIRCRNA de BMKGENE mitjançant una col·lecció de publicacions curat.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4 regula la formació de cirrms i el silenciament de gen mediat per microRNA en carcinoma hepatocel·lular', Oncogene 2021 40:25, 40 (25), pp. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) "El transcriptoma X OO-RESPONSIVE revela el paper de l'ARN circular en la resistència a les malalties mitjançant la regulació de l'expressió d'Osarab en l'arròs", Phitopathology Research, 5 (1), pp. 1-14. doi: 10.1186/s42483-023-00188-8/Figures/6.
Y, H. et al. (2023) 'CPSF3 modula l'equilibri de transcripcions circulars i lineals en el carcinoma hepatocel·lular'. doi: 10.21203/rs.3.rs-2418311/v1.
Zhang, Y. et al. (2023) "Avaluació integral dels CIRCRNAs en cardiomiopatia cirròtica abans i després del trasplantament hepàtic", Immunofarmacologia internacional, 114, pàg. 109495. Doi: 10.1016/j.Intimp.2022.109495.
