Bmkmanu s3000_spatial transcriptoma
Esquema tècnic del transcriptoma espacial BMKMANU S3000
Funcions
- Resolució: 3,5 µm
- Diàmetre Spot: 2,5 µm
- Nombre de punts: aproximadament 4 milions
- 3 Possibles formats d’àrea de captura: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm o 15 mm * 20 mm
- Cada perla codificada de barres es carrega amb imprimadors compostos per 4 seccions:
• cua de poli (DT) per a la síntesi de l’ARNm i la síntesi d’ADNc,
• Identificador molecular únic (UMI) per corregir el biaix d'amplificació
• codi de barres espacial
• Seqüència d’unió de lectura parcial 1 Primera de seqüenciació
- H&E i tinció fluorescent de les seccions
- Possibilitat d’utilitzar la tecnologia de segmentació cel·lular: integració de la tinció d’H & E, la tinció fluorescent i la seqüenciació d’ARN per determinar els límits de cada cèl·lula i assignar correctament l’expressió gènica a cada cèl·lula. Processament Anàlisi de perfils espacials aigües avall basada en la paperera de cèl·lules.
- Possible aconseguir una anàlisi de resolució multinivell: anàlisi flexible a diversos nivells que va des de 100um fins a 3,5 UM per resoldre diverses característiques de teixit a una resolució òptima.
Avantatges de BMKMANU S3000
-Doblar els punts de captura a 4 milions: amb una resolució millorada de 3,5 UM, donant lloc a una detecció de genes i UMI més elevada per cèl·lula. D’aquesta manera es produeix una millora de l’agrupament de cèl·lules basades en perfils transcripcionals, amb un detall més fi que coincideix amb l’estructura dels teixits.
- Resolució sub-cel·lular:Cada àrea de captura contenia> 2 milions de taques codificades espacials amb un diàmetre de 2,5 µm i un espai de 5 µm entre centres puntuals, permetent anàlisis de transcriptomes espacials amb resolució sub-cel·lular (5 µm).
-Anàlisi de resolució a diversos nivells:Anàlisi flexible a diversos nivells que oscil·la entre 100 μm i 5 μm per resoldre diverses característiques de teixit a una resolució òptima.
-Possibilitat d’utilitzar “Three in One Slide” Tecnologia de segmentació cel·lular:Combinant la tinció de fluorescència, la tinció de H&E i la seqüenciació d’ARN en una diapositiva única, el nostre algoritme d’anàlisi “tres en un” apodera la identificació dels límits cel·lulars per a la transcriptòmica posterior basada en cèl·lules.
-Compatible amb diverses plataformes de seqüenciació: Disponible tant NGS com seqüenciació de lectura llarga.
-Disseny flexible de 1-8 àrea de captura activa: La mida de la zona de captura és flexible, essent possible utilitzar 3 formats (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm i 15 mm * 20 mm)
-Servei únic: Integra tota l'experiència i els passos basats en habilitats, com ara la crio-secció, la tinció, l'optimització de teixits, codificacions de barres espacials, preparació de biblioteques, seqüenciació i bioinformàtica.
-Bioinformàtica completa i visualització fàcil d’utilitzar de resultats:El paquet inclou 29 anàlisis i més de 100 xifres de gran qualitat, combinades amb l’ús de programari desenvolupat per Inhouse per visualitzar i personalitzar la divisió de cèl·lules i l’agrupament de punts.
-Anàlisi i visualització de dades personalitzades: disponible per a diferents sol·licituds de recerca
-Equip tècnic altament qualificat: amb experiència en més de 250 tipus de teixits i 100 més espècies, incloent -hi humans, ratolins, mamífers, peixos i plantes.
-Actualitzacions en temps real de tot el projecte: amb el control complet del progrés experimental.
-Anàlisi conjunta opcional amb seqüenciació de mRNA de cèl·lules
Especificacions del servei
| Requisits de la mostra | Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
| Mostres de crio incrustades a l'octubre (Diàmetre òptim: aprox. 6 × 6 × 6 mm³) 2 blocs per mostra 1 per a experiment, 1 per a la còpia de seguretat | Biblioteca d'ADNc S3000 | Illumina PE150 | 160K PE llegeix per 100 υm (250 GB) | Rin> 7 |
Per obtenir més detalls sobre les orientacions de preparació de mostres i el flux de treball de servei, no dubteu a parlar amb unExpert en BMKGENE
Flux de treball del servei
En la fase de preparació de mostres, es realitza un assaig inicial d’extracció d’ARN a granel per assegurar que es pot obtenir un ARN de gran qualitat. En l’etapa d’optimització de teixits, les seccions es tacen i es visualitzen i s’optimitzen les condicions de permeabilització per a l’alliberament d’ARNm del teixit. El protocol optimitzat s’aplica després durant la construcció de la biblioteca, seguit de seqüenciació i anàlisi de dades.
El flux de treball de servei complet inclou actualitzacions en temps real i confirmacions del client per mantenir un bucle de comentaris sensibles, garantint una bona execució del projecte.
Les dades generades per BMKMANU S3000 s’analitzen mitjançant el programari “BSTMatrix”, que està dissenyat de manera independent per BMKGENE, generant un nivell de cèl·lula i una matriu d’expressió de gens de resolució multinivell. A partir d’aquí, es genera un informe estàndard que inclou el control de qualitat de les dades, l’anàlisi de mostres interiors i l’anàlisi intergrupal.
- Control de qualitat de les dades:
- Sortida de dades i distribució de puntuació de qualitat
- Detecció de gens per punt
- Cobertura dels teixits
- Anàlisi de mostres interiors:
- Richness de gens
- Agrupament puntual, incloent una anàlisi reduïda de dimensions
- Anàlisi d’expressió diferencial entre clústers: identificació de gens marcadors
- Anotació funcional i enriquiment dels gens marcadors
- Anàlisi intergrupant
-Re-combinació de taques de les dues mostres (per exemple, malalt i control) i re-clúster
- Identificació de gens marcadors per a cada clúster
- Anotació funcional i enriquiment dels gens marcadors
- Expressió diferencial del mateix clúster entre grups
A més, el BMKGENE desenvolupat "BSTVIEWER" és una eina fàcil d'utilitzar que permet a l'usuari visualitzar l'expressió gènica i l'agrupament de punts a diferents resolucions.
BMKGENE ofereix serveis de perfilació espacial a una resolució precisa de cèl·lules (basades en la paperera de cèl·lules o la paperera quadrada multinivell de 100um a 3,5um).
Les dades de perfilació espacial de seccions de teixit de la diapositiva S3000 es van realitzar bé com a continuació.
Estudi de cas 1: cervell del ratolí
L’anàlisi d’una secció cerebral del ratolí amb S3000 va donar lloc a la identificació de ~ 94 000 cèl·lules, amb una seqüenciació mediana de ~ 2000 gens per cèl·lula. La resolució millorada de 3,5 UM va donar lloc a una agrupació molt detallada de les cèl·lules basada en patrons transcripcionals, amb els grups de cèl·lules que imiten les estructures diferenciades del cervell. Això s’observa fàcilment visualitzant la distribució de cèl·lules agrupades com a oligodendròcits i cèl·lules de microglia, que es troben gairebé exclusivament en matèria grisa i blanca, respectivament.
Estudi de cas 2: embrió del ratolí
L’anàlisi d’una secció d’embrió del ratolí amb S3000 va donar lloc a la identificació de ~ 2200 000 cèl·lules, amb una seqüenciació mediana de ~ 1600 gens per cèl·lula. La resolució millorada de 3,5 UM va donar lloc a una agrupació molt detallada de les cèl·lules basada en patrons transcripcionals, amb 12 clústers a la zona de l’ull i 28 clústers a la zona del cervell.
Anàlisi de mostres interiors Agrupació de cèl·lules:
Identificació dels gens marcadors i distribució espacial:
-Resolució subcel·lular més alta: en comparació amb la diapositiva S1000, cada àrea de captura de S3000 contenia> 4 milions de taques codificades espacials amb un diàmetre de 2,5 µm i una distància de 3,5 µm entre centres puntuals, permetent una anàlisi del transcriptoma espacial amb una resolució sub-cel·lular més alta (Pair quadrat: 3,5 µm).
- Eficiència de captura més alta: en comparació amb la diapositiva S1000, la mediana_umi augmenta del 30% al 70%, la mediana_gene augmenta del 30% al 60%
Esquema de xip S1000:
Esquema de xip S3000:
