Transcriptoma espacial BMKMANU S1000
Esquema tècnic del transcriptoma espacial BMKMANU S1000
Característiques
● Resolució: 5 µM
● Diàmetre del punt: 2,5 µM
● Nombre de places: aproximadament 2 milions
● 3 formats d'àrea de captura possibles: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm o 15 mm * 20 mm
● Cada perla amb codi de barres està carregada amb imprimadors formats per 4 seccions:
cua poli(dT) per a la preparació de l'ARNm i la síntesi d'ADNc
Identificador molecular únic (UMI) per corregir el biaix d'amplificació
Codi de barres espacial
Seqüència d'unió del cebador de seqüenciació de lectura parcial 1
● Tinció H&E i fluorescent de seccions
● Possibilitat d'utilitzartecnologia de segmentació cel·lular: integració de la tinció H&E, la tinció fluorescent i la seqüenciació d'ARN per determinar els límits de cada cèl·lula i assignar correctament l'expressió gènica a cada cèl·lula.
Avantatges de BMKMANU S1000
●Resolució subcel·lular: Cada àrea de captura contenia més de 2 milions de punts espacials amb codi de barres amb un diàmetre de 2,5 µm i un espai de 5 µm entre els centres de les taques, permetent l'anàlisi del transcriptoma espacial amb resolució subcel·lular (5 µm).
●Anàlisi de resolució multinivell:Anàlisi multinivell flexible que va des de 100 μm fins a 5 μm per resoldre diverses característiques del teixit amb una resolució òptima.
●Possibilitat d'utilitzar la tecnologia de segmentació cel·lular "Tres en una diapositiva":Combinant la tinció de fluorescència, la tinció H&E i la seqüenciació d'ARN en una sola diapositiva, el nostre algorisme d'anàlisi "tres en un" permet la identificació dels límits cel·lulars per a la transcriptòmica posterior basada en cèl·lules.
●Compatible amb múltiples plataformes de seqüenciació: NGS i seqüenciació de lectura llarga disponibles.
●Disseny flexible d'1-8 zones de captura activa: La mida de l'àrea de captura és flexible, podent utilitzar 3 formats (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm i 15 mm * 20 mm)
●Servei únic: Integra tots els passos basats en l'experiència i les habilitats, com ara la criosecció, la tinció, l'optimització de teixits, el codi de barres espacial, la preparació de la biblioteca, la seqüenciació i la bioinformàtica.
●Bioinformàtica integral i visualització fàcil d'utilitzar dels resultats:El paquet inclou 29 anàlisis i més de 100 xifres d'alta qualitat, combinades amb l'ús de programari desenvolupat internament per visualitzar i personalitzar la divisió cel·lular i l'agrupació de punts.
●Anàlisi i visualització de dades personalitzades: disponible per a diferents peticions de recerca
●Equip tècnic altament qualificat: amb experiència en més de 250 tipus de teixits i més de 100 espècies, incloent humans, ratolins, mamífers, peixos i plantes.
●Actualitzacions en temps real de tot el projecte: amb control total del progrés experimental.
●Anàlisi conjunta opcional amb seqüenciació d'ARNm unicel·lular
Especificacions del servei
|
Mostra Requisits
| Biblioteca |
Estratègia de seqüenciació
| Dades recomanades | Control de qualitat |
| Criomostres incrustades en OCT, 3 blocs per mostra | Biblioteca d'ADNc S1000 | Illumina PE150 (altres plataformes disponibles) | 100K lectures PE per 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
Per obtenir més detalls sobre la guia de preparació de mostres i el flux de treball del servei, no dubteu a parlar amb aExpert en BMKGENE
Flux de treball del servei
En la fase de preparació de la mostra, es realitza un assaig inicial d'extracció d'ARN a granel per garantir que es pugui obtenir un ARN d'alta qualitat. En l'etapa d'optimització del teixit, les seccions es tenyeixen i es visualitzen i s'optimitzen les condicions de permeabilització per a l'alliberament d'ARNm del teixit. A continuació, s'aplica el protocol optimitzat durant la construcció de la biblioteca, seguit de la seqüenciació i l'anàlisi de dades.
El flux de treball del servei complet inclou actualitzacions en temps real i confirmacions del client per mantenir un bucle de feedback sensible, garantint una execució del projecte sense problemes.
Les dades generades per BMKMANU S1000 s'analitzen mitjançant el programari "BSTMatrix", dissenyat de manera independent per BMKGENE, generant una matriu d'expressió gènica. A partir d'aquí, es genera un informe estàndard que inclou el control de qualitat de les dades, l'anàlisi de mostres internes i l'anàlisi intergrup.
● Control de qualitat de les dades:
Sortida de dades i distribució de la puntuació de qualitat
Detecció de gens per punt
Cobertura de teixits
● Anàlisi de la mostra interna:
Riquesa genètica
Agrupació puntual, inclosa l'anàlisi de dimensions reduïdes
Anàlisi de l'expressió diferencial entre clústers: identificació de gens marcadors
Anotació funcional i enriquiment de gens marcadors
● Anàlisi intergrupal:
Recombinació de taques d'ambdues mostres (p. ex., malalts i control) i nova agrupació
Identificació de gens marcadors per a cada clúster
Anotació funcional i enriquiment de gens marcadors
Expressió diferencial d'un mateix clúster entre grups
A més, "BSTViewer" desenvolupat per BMKGENE és una eina fàcil d'utilitzar que permet a l'usuari visualitzar l'expressió gènica i l'agrupació de punts a diferents resolucions.
BMKGene va desenvolupar un programari per a una visualització fàcil d'utilitzar
Agrupació de punts BSTViewer amb resolució multinivell
BSTCellViewer: divisió cel·lular automàtica i manual
Anàlisi de mostra interna
Agrupació puntual:
Identificació de gens marcadors i distribució espacial:
Anàlisi intergrupal
Combinació de dades dels dos grups i del recluster:
Gens marcadors de nous clústers:
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de transcriptòmica espacial de BMKGene amb la tecnologia BMKManu S1000 en aquesta publicació destacada:
Song, X. et al. (2023) "La transcriptòmica espacial revela cèl·lules de clorenquima induïdes per la llum implicades en la promoció de la regeneració de brots al callo del tomàquet",Actes de l'Acadèmia Nacional de Ciències dels Estats Units d'Amèrica, 120(38), pàg. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Tu, Y. et al. (2023) "Comparació sistemàtica de mètodes transcriptòmics espacials basats en seqüenciació",bioRxiv, pàg. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
