De nou conjunt del genoma bacterià
Oferim un servei complet de muntatge del genoma bacterià, garantint 0 buits. Això és possible mitjançant la integració de tecnologies de seqüenciació de lectura llarga, com Nanopore i PacBio per al muntatge i seqüenciació de lectura curta amb Illumina per a la validació del muntatge i la correcció d’errors de les lectures ONT. El nostre servei proporciona el flux de treball bioinformàtic complet de muntatge, anotació funcional i anàlisi bioinformàtica avançada, complint objectius específics de recerca. Aquest servei permet el desenvolupament de genomes de referència precisos per a diversos estudis genètics i genòmics. A més, forma la base per a aplicacions com l’optimització de la soca, l’enginyeria genètica i el desenvolupament de la tecnologia microbiana, garantint dades genòmiques fiables i lliures de buit crucials per avançar en la visió científica i la innovació biotecnològica.
Característiques del servei
● Amb dues opcions possibles per triar, depenent del grau desitjat del genoma.
● Draft Opció del genoma: seqüenciació de lectura curta amb Illumina Novaseq PE150.
● Completa 0 GAP Genoma.
● Seqüenciació de lectura llarga a Nanopore Prometion 48 o Pacbio Revio per al muntatge del genoma.
● Seqüenciació de lectura curta a Illumina novaseq per a la validació del genoma i la correcció d'errors (nanopor) o per generar un esborrany del genoma.
Avantatges del servei
●Genoma de gap zero garantit: Això es deu a la integració de la seqüenciació Illumina amb seqüenciació de lectura llarga (nanopore o Pacbio).
●Flux de treball de bioinformàtica completa:Això inclou el muntatge del genoma i la predicció de múltiples elements genòmics, l’anotació de genes funcionals i les visualitzacions del genoma com la trama de circos.
●Àmplia experiència: Amb més de 20.000 genomes microbians muntats, BMKGENE aporta més d'una dècada d'experiència, un equip d'anàlisi altament qualificat, contingut integral i un excel·lent suport post-venda.
●Suport post-vendes:El nostre compromís s’estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei posterior a tres mesos. Durant aquest temps, oferim un seguiment del projecte, assistència de resolució de problemes i sessions de Q&A per abordar qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
●Disponibles diverses estratègies de seqüenciació:Per a diferents objectius de recerca i requisits de la integritat del genoma.
Especificacions del servei
| Manteniment | Estratègia de seqüenciació |
| Esborrany del genoma | Illumina PE150 100x |
| 0 GAP Genoma | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio Hifi 30x + Illumina PE150 100x (opcional) |
Requisits de mostra:
| Concentració (ng/µl) | Import total (µg) | Volum (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopor | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Il·luminar | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bacteris: ≥3.5x1010 cèl·lules
Flux de treball del servei
Lliurament de mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Inclou l’anàlisi següent:
● Seqüenciació de control de la qualitat de les dades
● Assemblea del genoma
● Anàlisi del component del genoma: predicció de CD i múltiples elements genòmics
● Anotació funcional amb diverses bases de dades generals (GO, KEGG, etc.) i bases de dades avançades (targeta, VFDB, etc.)
● Visualització del genoma
Proporcionem el genoma en un format FASTA fàcilment accessible i el fitxer d’anotació del genoma (GFF).
Annotació de Gene - Go
Annotació de Gene - Cazy Carbohidrats
Visualització del genoma: trama de circos
Explora els avenços facilitats pels serveis de muntatge del genoma bacterià de BMKGENE mitjançant una recollida curada de publicacions.
Dai, W. et al. (2023) "Descobriment de bacteroides uniformis f18-22 com a bacteri probiòtic segur i nou per al tractament de la colitis ulcerosa del colon humà sa",Revista Internacional de Ciències Moleculars, 24 (19), pàg. 14669. Doi: 10.3390/ijms241914669/s1.
Kang, Q. et al. (2021) "Els aïllats de Proteus Mirabilis resistents a diversos medicaments que porten Blaoxa-1 i Blandm-1 de la vida salvatge a la Xina: augment del risc de salut pública",Zoologia integradora, 16 (6), pp. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) "La seqüència completa del genoma d'endòfit bacillus flexus klbmp 4941 revela el seu mecanisme de promoció del creixement vegetal i la seva base genètica per a la tolerància a la sal",Journal of Biotechnology, 260, pp. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) "Els plasmids de resistència a múltiples replicons de Klebsiella medien una difusió extensa dels gens antimicrobians",Frontiers en microbiologia, 12, pàg. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
