Seqüenciació d'amplicons (16s/18s/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) seqüenciar amb Illumina és un mètode per analitzar la diversitat microbiana mitjançant la identificació de perfils microbians segons les seves seqüències i després intentar desxifrar la riquesa i la diversitat de la comunitat dins de cada mostra i entre mostres. El canoner BMKCLOUD AMPLICON (NGS) permet l’anàlisi de 16S, 18S, ITS i múltiples gens funcionals. Comença amb el conjunt de retalls de lectura, el muntatge de lectura de final i l’avaluació de la qualitat, seguit de l’agrupació de lectures similars per generar unitats taxonòmiques operatives (OTUs) utilitzades en sis seccions d’anàlisi diferents. L’anotació taxonòmica proporciona informació sobre l’abundància i composició relativa de cada mostra, mentre que les anàlisis de diversitat alfa i beta se centren en la diversitat microbiana dins i entre mostres, respectivament. L’anàlisi diferencial entre grups troba OTUs que difereixen mitjançant proves paramètriques i no paramètriques, mentre que l’anàlisi de correlació relaciona aquestes diferències amb els factors ambientals. Finalment, es preveu l’abundància de gens funcional a partir de l’abundància del gen marcador, proporcionant una visió de la funció i l’ecologia en cada mostra ..