Exclusive Agency for Korea

Productes

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Els gens de l'ARNr 16S i 18S, juntament amb la regió de l'espaiador transcrit intern (ITS), serveixen com a marcadors d'empremtes dactilars moleculars fonamentals a causa de la seva combinació de regions altament conservades i hipervariables, cosa que els converteix en eines inestimables per caracteritzar organismes procariotes i eucariotes. L'amplificació i la seqüenciació d'aquestes regions ofereixen un enfocament lliure d'aïllament per investigar la composició i la diversitat microbianes en diversos ecosistemes. Tot i que la seqüenciació d'Illumina normalment s'adreça a regions hipervariables curtes com V3-V4 de 16S i ITS1, s'ha demostrat que es pot aconseguir una anotació taxonòmica superior seqüenciant la longitud completa de 16S, 18S i ITS. Aquest enfocament integral dóna lloc a percentatges més alts de seqüències classificades amb precisió, aconseguint un nivell de resolució que s'estén a la identificació d'espècies. La plataforma de seqüenciació en temps real de molècula única (SMRT) de PacBio destaca per oferir lectures llargues (HiFi) molt precises que cobreixen els amplicons de longitud completa, rivalitzant amb la precisió de la seqüenciació d'Illumina. Aquesta capacitat permet als investigadors aconseguir un avantatge inigualable: una visió panoràmica del paisatge genètic. La cobertura ampliada augmenta significativament la resolució en l'anotació d'espècies, especialment dins de les comunitats bacterianes o fúngiques, permetent una comprensió més profunda de les complexitats de les poblacions microbianes.

Contacta amb nosaltres

Detalls del servei

Bioinformàtica

Resultats de demostració

Publicacions destacades

Característiques del servei

● Plataforma de seqüenciació: PacBio Revio

● Mode de seqüenciació: CCS (lectures HiFi)

● Amplificació de la regió objectiu seguida de l'enllaç en tàndem d'amplicons abans de la preparació de la biblioteca de campanes HiFi SMRT

Avantatges del servei

●Resolució taxonòmica superior: Than seqüenciació d'amplicó curt,permetent taxes de classificació OTU més altes a nivell d'espècie.

●Trucades base molt precises: seqüenciació del mode PacBio CCS (lectures HiFi).

●Sense aïllament: Identificació ràpida de la composició microbiana en mostres ambientals.

●Àmpliament aplicable: Estudis diversos de comunitats microbianes.

●Anàlisi bioinformàtica integral: L'últim paquet QIIME2 (visió quantitativa de l'ecologia microbiana) amb diverses anàlisis en termes de base de dades, anotació, OTU/ASV.

●Àmplia experiència: Amb milers de projectes de seqüenciació d'amplicons realitzats anualment, BMKGENE aporta més d'una dècada d'experiència, un equip d'anàlisi altament qualificat, contingut complet i un excel·lent suport postvenda.

Especificacions del servei

Biblioteca	Estratègia de seqüenciació	Dades recomanades
Amplicó	PacBio Revio	Etiquetes 10/30/50 K (CCS)

Exemples de requisits

Concentració (ng/µL)	Quantitat total (µg)	Volum (µl)
≥5	≥0,3	≥20

Lliurament de mostres recomanat

Congeleu les mostres en nitrogen líquid durant 3-4 hores i emmagatzemeu-les en nitrogen líquid o -80 graus per reservar a llarg termini. Cal enviar mostres amb gel sec.

Flux de treball del servei

Lliurament de la mostra

Construcció de la biblioteca

Seqüenciació

Anàlisi de dades

Serveis postvenda

Anterior: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Següent: Assaig de cromatina accessible a transposasa amb seqüenciació d'alt rendiment (ATAC-seq)

Inclou l'anàlisi següent:

●Control de qualitat de dades en brut

●Clúster d'OTU/eliminació de soroll (ASV)

●Anotació OTU

●Anàlisi de diversitat alfa: múltiples índexs, incloent Shannon, Simpson i ACE.

●Anàlisi de diversitat beta

●Anàlisi intergrupal

●Anàlisi de correlació: entre factors ambientals i composició i diversitat de l'OUT

●Predicció del gen funcional 16S

Histograma de distribució taxonòmica

Arbre filogenètic de distribució comunitària

Anàlisi de diversitat alfa: ACE

índex

Anàlisi de diversitat beta: PCoA

Anàlisi intergrup: ANOVA

Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació d'amplicons de BMKGene amb PacBio mitjançant una col·lecció de publicacions seleccionades.

Gao, X. i Wang, H. (2023) 'Anàlisi comparada dels perfils i funcions bacterianes del rumen durant l'adaptació a diferents fenologies (verd vs. herba) en ovelles merinos alpines amb dues etapes de creixement en un prat alpí', fermentació, 9( 1), pàg. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) "Capturació de la matèria fosca microbiana en sòls del desert mitjançant metagenòmica basada en culturòmica i anàlisi d'alta resolució", npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pàgs. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) "Efectes de les sals d'àcids grassos sobre les característiques de fermentació, la diversitat bacteriana i l'estabilitat aeròbica de l'ensitjat mixt preparat amb alfals, palla d'arròs i segó de blat", Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pàg. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) "La interacció entre els biomarcadors de l'estrès oxidatiu i la microbiota intestinal en els efectes antioxidants dels extractes de Sonchus brachyotus DC". a Estrès oxidatiu intestinal induït per oxazolona en peixos zebra adults', Antioxidants 2023, vol. 12, pàgina 192, 12(1), pàg. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.