16s/18s/el seu amplicó de seqüenciació-ngs
Característiques del servei
● Plataforma de seqüenciació: Illumina novaseq.
● Amplificació de regions curtes de 16 anys, 18 i ITS, entre altres objectius d'amplificació.
● Opcions flexibles d’amplicó.
● Experiència anterior del projecte amb objectius d'amplificació múltiples.
Avantatges del servei
●Sense aïllament:Identificació ràpida de la composició microbiana en mostres ambientals.
●Alta resolució: En components baixos abundants en mostres ambientals.
●Àmpliament aplicable: Diversos estudis de comunitat microbiana.
●Anàlisi bioinformàtica completa: El darrer paquet Qiime2 (coneixement quantitatiu de l'ecologia microbiana) amb diverses anàlisis en termes de base de dades, anotació, OTU/ASV.
●Àmplia experiència: Amb 150 mil projectes de seqüenciació d’amplicons realitzats anualment, BMKGENE aporta una dècada d’experiència, un equip d’anàlisi altament qualificat, contingut complet i un excel·lent suport post-venda.
Especificacions del servei
| Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades |
| Amplicon | Illumina PE250 | Etiquetes de 50/100/300k (llegiu parells) |
Requisits del servei
| Concentració (ng/µl) | Import total (NG) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Sòl/fangs: 1-2G
● Contingut intestinal-animal: 0,5-2G
● Contingut intestinal-insecte: 0,1-0,25g
● Superfície vegetal (sediment enriquit): 0,1-0,5g
● Sediment enriquit en brou de fermentació): 0,1-0,5g
● femta (animals grans): 0,5-2G
● Deces (ratolí): 3-5grins
● Fluid de rentat alveolar pulmonar: paper de filtre
● Swab vaginal: 5-6 Swabs
● Pell/Swab genital/Saliva/Teixit tou oral/Swab fartinge/Swab: 2-3 Swabs
● Microorganismes de superfície: paper de filtre
● Waterbody/Air/Biofilm: paper de filtre
● Endòfits: 1-2G
● Placa dental: 0,5-1g
Flux de treball del servei
Lliurament de mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Inclou l’anàlisi següent:
- Control de qualitat de les dades en brut
- OTU Clustering /De-Noise (ASV)
- Anotació OTU
- Anàlisi de la diversitat alfa: Índexs múltiples, inclosos Shannon, Simpson i ACE.
- Anàlisi de la diversitat beta
- Anàlisi intergrupant
- Anàlisi de correlació: entre factors ambientals i composició i diversitat
- Predicció de gens funcionals 16S
Histograma de distribució taxonòmica
Mapa de calor de l’abundància taxonòmica d’abundància
Anàlisi de la diversitat alfa: corba de rarefacció
Anàlisi de la diversitat beta: NMDS
Anàlisi intergrup: descobriment de biomarcadors Lefse
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació d'amplicons de BMKGENE amb Illumina mitjançant una col·lecció de publicacions curat.
Dong, C. et al. (2022) "Assemblea, microbiota del nucli i funció del sòl de la rizosfera i la microbiota d'escorça a Eucommia ulmoides", Frontiers in Microbiology, 13. DOI: 10.3389/FMICB.2022.855317/Full.
Li, Y. et al. (2023) "Trasplantament de consorcis bacterians sintètics per al tractament de la vaginosi bacteriana induïda per Gardnerella vaginalis en ratolins", Microbioma, 11 (1), pp. 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. i Liu, H. (2022) "Microbiomes de la pols d'aire recollits durant l'experiment de suport bioreneratiu tancat basat en terra" Lunar Palace 365 ", microbiomes ambientals, 17 (1), pp. 1-20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/Figures/8.
Yin, S. et al. (2022) "L'abundància de gens funcionals depenent de l'alimentació relacionada amb la pèrdua de nitrogen controlada per transformació de nitrogen en compostatge", Bioresource Technology, 361, pàg. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
