10x genòmica visi transcriptoma espacial
Esquema tècnic
Funcions
● Resolució: 100 µm
● Diàmetre del punt: 55 µm
● Nombre de punts: 4992
● Àrea de captura: 6,5 x 6,5 mm
● Cada punt codificat de barres es carrega amb imprimadors compostos per 4 seccions:
- cua de poli (DT) per a la primícia de mRNA i la síntesi d'ADNc
- Identificador molecular únic (UMI) per corregir el biaix d'amplificació
- codi de barres espacial
- Seqüència d'unió de lectura parcial 1 Primera de seqüenciació
● Tinció de seccions H&E
Avantatges
●Servei únic: Integra tota l'experiència i els passos basats en habilitats, inclosos els crisectors, la tinció, l'optimització de teixits, codificacions de barres espacials, preparació de biblioteques, seqüenciació i bioinformàtica.
● Equip tècnic altament qualificat: amb experiència en més de 250 tipus de teixits i 100 més espècies, incloent -hi humans, ratolins, mamífers, peixos i plantes.
●Actualització en temps real de tot el projecte: amb el control complet del progrés experimental.
●Bioinformàtica estàndard integral:El paquet inclou 29 anàlisis i més de 100 xifres de gran qualitat.
●Anàlisi i visualització de dades personalitzades: Disponible per a diferents sol·licituds de recerca.
●Anàlisi conjunta opcional amb seqüenciació de mRNA de cèl·lules
Especificacions
| Requisits de la mostra | Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
| Mostres de crio incrustades a l'octubre (Diàmetre òptim: aproximadament 6x6x6 mm³) 2 blocs per mostra | Biblioteca de l'ADNc de 10x Visium | Illumina PE150 | Llegits de 50k PE per punt (60 GB) | Rin> 7 |
Per obtenir més detalls sobre les orientacions de preparació de mostres i el flux de treball de servei, no dubteu a parlar amb unExpert en BMKGENE
Flux de treball del servei
En la fase de preparació de mostres, es realitza un assaig inicial d’extracció d’ARN a granel per assegurar que es pot obtenir un ARN de gran qualitat. En l’etapa d’optimització de teixits, les seccions es tacen i es visualitzen i s’optimitzen les condicions de permeabilització per a l’alliberament d’ARNm del teixit. El protocol optimitzat s’aplica després durant la construcció de la biblioteca, seguit de seqüenciació i anàlisi de dades.
El flux de treball de servei complet inclou actualitzacions en temps real i confirmacions del client per mantenir un bucle de comentaris sensibles, garantint una bona execució del projecte.
Inclou l’anàlisi següent:
Control de qualitat de les dades:
o Sortida de dades i distribució de puntuació de qualitat
o Detecció de gens per punt
o Cobertura del teixit
Anàlisi de mostres interiors:
o Richness Gene
o Agrupament puntual, incloent una anàlisi reduïda de dimensions
o Anàlisi d’expressió diferencial entre clústers: identificació de gens marcadors
o Anotació funcional i enriquiment dels gens marcadors
Anàlisi intergrupant
o Re-combinació de taques d’ambdues mostres (per exemple, malalt i control) i re-clúster
o Identificació de gens marcadors per a cada clúster
o Anotació funcional i enriquiment dels gens marcadors
o Expressió diferencial del mateix clúster entre grups
Anàlisi de mostres interiors
Agrupació puntual
Identificació dels gens marcadors i distribució espacial
Anàlisi intergrupant
Combinació de dades dels dos grups i re-cluster
Gens marcadors de nous clústers
Exploreu els avenços facilitats pel servei de transcriptòmica espacial de BMKGENE per 10x Visium en aquestes publicacions destacades:
Chen, D. et al. (2023) 'MTHL1, un potencial homòleg de Drosophila dels GPCRs d'adhesió de mamífers, està implicat en reaccions antitumorals a cèl·lules oncogèniques injectades a les mosques',Actes de l'Acadèmia Nacional de Ciències dels Estats Units d'Amèrica, 120 (30), pàg. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) "L'acer permet una delimitació d'alta resolució de dades transcriptòmiques espatiotemporals",Informes en bioinformàtica, 24 (2), pp. 1-10. doi: 10.1093/bib/bbad068.
Liu, C. et al. (2022) "Un atles espatiotemporal de l'organogènesi en el desenvolupament de flors d'orquídies",Recerca en àcids nucleics, 50 (17), pp. 9724–9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. et al. (2023) "Integrar la transcriptòmica espacial i la seqüenciació d'ARN d'un sol nucli revela les potencials estratègies terapèutiques per al leiomioma uterí",Revista Internacional de Ciències Biològiques, 19 (8), pp. 2515–2530. doi: 10.7150/ijbs.83510.
