Sekvenciranje cijelog transkriptoma – Illumina
Karakteristike
● Dvostruka biblioteka za sekvenciranje kompletnog transkriptoma: iscrpljivanje rRNA praćeno pripremom PE150 biblioteke i odabirom veličine nakon čega slijedi priprema biblioteke SE50
● Kompletna bioinformatička analiza mRNA, lncRNA, circRNA i miRNA u zasebnim bioinformatičkim izvještajima
● Zajednička analiza sve ekspresije RNK u kombinovanom izveštaju, uključujući analizu ceRNA mreža.
Prednosti usluge
●Detaljna analiza regulatornih mreža: ceRNA mrežna analiza je omogućena zajedničkim sekvenciranjem mRNA, lncRNA, circRNA i miRNA i iscrpnim bioinformatičkim procesom rada.
●Comprehensive Annotation: Koristimo više baza podataka da funkcionalno označimo diferencijalno izražene gene (DEG) i izvršimo odgovarajuću analizu obogaćivanja, pružajući uvid u ćelijske i molekularne procese koji su u osnovi odgovora transkriptoma.
●Extensive Expertise: Sa evidencijom uspješnog zatvaranja preko 2100 cijelih projekata transkriptoma u različitim istraživačkim domenima, naš tim donosi bogato iskustvo u svaki projekat.
●Rigorozna kontrola kvaliteta: Implementiramo ključne kontrolne tačke u svim fazama, od pripreme uzoraka i biblioteke do sekvenciranja i bioinformatike. Ovaj pedantan nadzor osigurava isporuku konzistentno visokokvalitetnih rezultata.
●Podrška nakon prodaje: Naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć pri rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
| rRNA iscrpljena | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Veličina odabrana | Illumina SE50 | 10-20M čitanja |
Uzorci zahtjeva:
nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa+replikacija npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
pošiljka:
1. Suhi led: Uzorci se moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
2. RNK stabilne epruvete: Uzorci RNK se mogu osušiti u RNK stabilizacijskoj cijevi (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
Pregled RNA ekspresije
Diferencijalno izraženi geni
ceRNA analiza
Diferencijalno izražene miRNA i srodne RNA
Istražite napredak u istraživanju koji omogućava BMKGene-ove usluge sekvenciranja čitavih transkriptoma kroz odabranu kolekciju publikacija.
Dai, Y. et al. (2022) 'Sveobuhvatni profili ekspresije mRNA, lncRNA i miRNA u Kashin-Beckovoj bolesti identificirani RNA-sekvenciranjem', Molecular Omics, 18(2), str. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Analiza transkriptoma pune dužine hladno-otpornosti Apis cerana na planini Changbai tokom perioda prezimljavanja.', Gene, 830, str. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Prioritetizacija konkurentskih mreža za regulaciju endogene RNK u karcinomu pluća malih ćelija: molekularne karakteristike i kandidati za lijekove, Granice u onkologiji, 12, str. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'Integrirana analiza profila ekspresije lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA otkriva nove uvide u potencijalne mehanizme kao odgovor na nematode čvorova korijena u kikirikiju', BMC Genomics, 23(1), str. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'Sekvenciranje RNK cijelog transkriptoma naglašava molekularne mehanizme povezane s održavanjem kvaliteta brokule nakon žetve crvenim LED zračenjem', Postharvest Biology and Technology, 188, str. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
