Specifično lokusno pojačano sekvenciranje fragmenata (SLAF-Seq)
Workflow
Technical Scheme
Service Features
● Sekvenciranje na NovaSeq sa PE150.
● Priprema biblioteke sa dvostrukim barkodom, omogućavajući objedinjavanje preko 1000 uzoraka.
● Ova tehnika se može koristiti sa ili bez referentnog genoma, sa različitim bioinformatičkim kanalima za svaki slučaj:
Sa referentnim genomom: SNP i InDel otkriće
Bez referentnog genoma: grupiranje uzoraka i SNP otkriće
● Uin silicoKombinacije višestrukih restrikcijskih enzima u fazi prije dizajna su pregledane kako bi se pronašle one koje stvaraju ujednačenu distribuciju SLAF oznaka duž genoma.
● Tokom pre-eksperimenta, tri kombinacije enzima su testirane u 3 uzorka da bi se generisalo 9 SLAF biblioteka, a ove informacije se koriste za odabir optimalne kombinacije restrikcijskih enzima za projekat.
Prednosti usluge
●Otkriće visokog genetskog markera: Integracija sistema dvostrukih bar kodova visoke propusnosti omogućava istovremeno sekvencioniranje velikih populacija, a pojačanje specifično za lokus povećava efikasnost, osiguravajući da brojevi oznaka ispunjavaju različite zahtjeve različitih istraživačkih pitanja.
● Niska zavisnost od genoma: Može se primijeniti na vrste sa ili bez referentnog genoma.
●Fleksibilna shema dizajna: Jednoenzimska, dvostruka enzimska, višeenzimska probava i razne vrste enzima mogu se odabrati kako bi zadovoljile različite istraživačke ciljeve ili vrste. Thein silicopred-dizajn se provodi kako bi se osigurao optimalan dizajn enzima.
● Visoka efikasnost u enzimskoj probavi: Provođenje anin silicopred-dizajn i pre-eksperiment osigurali su optimalan dizajn sa ravnomjernom distribucijom SLAF oznaka na hromozomu (1 SLAF oznaka/4Kb) i smanjenom repetitivnom sekvencom (<5%).
●Extensive Expertise: Naš tim donosi bogato iskustvo u svaki projekat, sa evidencijom zatvaranja preko 5000 SLAF-Seq projekata na stotine vrsta, uključujući biljke, sisare, ptice, insekte i vodene organizme.
● Samorazvijen bioinformatički radni tok: BMKGENE je razvio integrisani bioinformatički tok rada za SLAF-Seq kako bi osigurao pouzdanost i tačnost konačnog rezultata.
Specifikacije usluge
| Vrsta analize | Preporučena populacija | Strategija sekvenciranja | |
| Dubina sekvenciranja oznaka | Broj oznake | ||
| Genetske karte | 2 roditelja i >150 potomaka | Roditelji: 20x WGS Potomstvo: 10x | Veličina genoma: <400 Mb: preporučuje se WGS <1Gb: 100K oznaka 1-2Gb:: 200K oznaka >2Gb: 300K oznaka Maksimalno 500k oznaka |
| Genomske asocijacijske studije (GWAS) | ≥200 uzoraka | 10x | |
| Genetska evolucija | ≥30 uzoraka, sa >10 uzoraka iz svake podgrupe | 10x | |
Zahtjevi za uslugu
Koncentracija ≥ 5 ng/µL
Ukupna količina ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarozni gel: nema ili ograničena degradacija ili kontaminacija
Preporučena dostava uzorka
Kontejner: epruveta za centrifugiranje od 2 ml
(Za većinu uzoraka preporučujemo da se ne čuvaju u etanolu)
Označavanje uzoraka: Uzorci moraju biti jasno označeni i identični sa dostavljenim obrascima za informacije o uzorku.
Isporuka: Suhi led: Uzorci se prvo moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
Service Workflow
Uzorak QC
Pilot eksperiment
SLAF-eksperiment
Library Preparation
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
- Podaci o sekvenciranju QC
- Razvoj SLAF oznaka
Mapiranje u referentni genom
Bez referentnog genoma: grupiranje
- Analiza SLAF oznaka.: statistika, distribucija po genomu
- Otkrivanje markera: SNP, InDel, SNV, CV pozivanje i bilješke
Distribucija SLAF oznaka na hromozomima:
Distribucija SNP-ova na hromozomima:
SNP anotacija
| Godina | Journal | IF | Naslov | Prijave |
| 2022 | Komunikacije u prirodi | 17.694 | Genomska osnova giga-hromozoma i giga-genoma drveća božura Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novi fitolog | 7.433 | Otisci pripitomljavanja usidre genomske regije od agronomskog značaja soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Vještačke introgresije Gossypium barbadense u G. hirsutum u cijelom genomu otkrivaju superiorne lokuse za istovremeno poboljšanje kvaliteta i prinosa pamučnih vlakana osobine | SLAF-Evoluciona genetika |
| 2019 | Molecular Plant | 10.81 | Populaciona genomska analiza i De Novo skupština otkrivaju porijeklo Weedyja Riža kao evolucijska igra | SLAF-Evoluciona genetika |
| 2019 | Nature Genetics | 31.616 | Slijed genoma i genetska raznolikost običnog šarana, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage mapa |
| 2014 | Nature Genetics | 25.455 | Genom uzgojenog kikirikija pruža uvid u kariotipove mahunarki, poliploid evolucija i pripitomljavanje useva. | SLAF-Linkage mapa |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identifikacija ST1 otkriva selekciju koja uključuje stopiranje morfologije sjemena i sadržaj ulja tokom pripitomljavanja soje | SLAF-Marker razvoj |
| 2022 | Međunarodni časopis za molekularne nauke | 6.208 | Identifikacija i razvoj DNK markera za Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomična supstitucija hromozoma | SLAF-Marker razvoj |
| Godina | Journal | IF | Naslov | Prijave |
| 2023 | Granice u nauci o biljkama | 6.735 | QTL mapiranje i transkriptomska analiza sadržaja šećera tokom zrenja ploda Pyrus pyrifolia | Genetska karta |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Identifikacija ST1 otkriva selekciju koja uključuje stopiranje morfologije sjemena i sadržaja ulja tokom pripitomljavanja soje
| SNP zove |
| 2022 | Granice u nauci o biljkama | 6.623 | Genomsko asocijacijsko mapiranje fenotipova bez trupa u okruženju suše.
| GWAS |
