Male RNK su tip kratke nekodirajuće RNK prosječne dužine 18-30 nt, uključujući miRNA, siRNA i piRNA. Za ove male RNK se masovno izvještava da su uključene u različite biološke procese kao što su degradacija mRNA, inhibicija translacije, formiranje heterohromatina, itd. Analiza sekvencioniranja male RNK je široko primijenjena u studijama o razvoju životinja/biljki, bolesti, virusa, itd. platforma za analizu sekvenciranja sastoji se od standardne analize i naprednog rudarenja podataka. Na osnovu RNA-seq podataka, standardna analiza može postići identifikaciju i predviđanje miRNA, predviđanje ciljnog gena miRNA, anotaciju i analizu ekspresije. Napredna analiza omogućava prilagođeno pretraživanje i ekstrakciju miRNA, generiranje Venn dijagrama, miRNA i izgradnju mreže ciljnih gena.
