Snižena reprezentacija Bisulfite Sekvenciranje (RRBS)
Smanjena reprezentacija Bisulfite Sekving (RRBS) pojavila se kao isplativa i efikasna alternativa cjelokupnom genome bisulfitnim sekvenciranjem (WGBS) u istraživanju metilacije DNA. Iako WGBS pruža sveobuhvatne uvide ispitujući cijeli genom u jednoj osnovnoj rezoluciji, visoki troškovi mogu biti ograničani faktor. RRBS strateški ublažava ovaj izazov selektivno analizom reprezentativnog dijela genoma. Ova metodologija se oslanja na obogaćivanje CPG-ovih regija bogate otoke MSPI Cleavage, a praćeno je odabirom veličine od 200-500 / 600 bps fragmenata. Shodno tome, samo su regija proksimalne do CPG otoka sekvencirane, dok su oni s dalekim CPG otocima isključeni iz analize. Ovaj proces, u kombinaciji sa sekvenciranjem bisulfita, omogućava otkrivanje visokog rezolucije metilacije DNA i pristupa sekvenciranju, PE150, fokusiran je posebno na krajevima umetka, a ne u sredini, povećavajući efikasnost profiliranja metilacije. RRBS je neprocjenjiv alat koji omogućava ekonomično istraživanje INTILACIJE DNA i napredovanje znanja o epigenetskim mehanizmima.
Servisne karakteristike
● Zahtijeva referentni genom.
● Lambda DNK koristi se za praćenje efikasnosti konverzije bisulfita.
● Plinja se i efikasnost mspijske probave.
● Dvostruka enzimska probava za biljne uzorke.
● Sekviranje na illumini Novaseq.
Prednosti usluge
●Isplativa i efikasna alternativa WGBS-u: Omogućavanje analize koje se izvode po nižoj cijeni i nižim uzorkom zahtjeva.
●Kompletna platforma:Navedite jednokratnu odličnu uslugu od obrade uzoraka, izgradnje biblioteke i sekvenciranja na analizu bioinformatike.
●Opsežna ekspertiza: S projektima Sredstva RRBS-a uspješno su završeni u raznovrsnom rasponu vrsta, BMKGENE donosi preko desetljeća iskustva, visoko kvalificiranog tima za analizu, sveobuhvatan sadržaj i izvrsnu podršku nakon prodaje.
Servisne specifikacije
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Preporučeni izlaz podataka | Kontrola kvaliteta |
| MSPI probavljene biblioteke tretirane i bisulfite | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Konverzija bisulfita> 99% MSPI Ekspont efikasnost> 95% |
Uzorni zahtjevi
| Koncentracija (NG / μl) | Ukupni iznos (μg) |
| |
| Genomski DNK | ≥ 30 | ≥ 1 | Ograničena degradacija ili kontaminacija |
Servisni protok rada
Dostava uzoraka
Građevinarstvo biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola radne sekvenciranje kvaliteta;
● Mapiranje u referentni genom;
● otkrivanje 5mc metiliranih baza i identifikacije motiva;
● Analiza distribucije metilacije i usporedbe uzorka;
● Analiza različitih metiliranih regija (DMRS);
● Funkcionalna napomena gena povezanih sa DMRS-om.
Kontrola kvaliteta: efikasnost probave (u mapiranju genoma)
Kontrola kvaliteta: bisulfitni konverzija (u metilaciji Informacije o vatri)
Mapa metilacije: 5mc metilacija genoma široko distribucija
Usporedba uzorka: Glavna analiza komponente
Raspoložive metilirane regije (DMRS) Analiza: HEATMAP
Istražite istraživačku napretku omogućena u pružanju sredstava BMKGENE-ove genome bisulfite kroz kustornu kolekciju publikacija.
Li, Z. i dr. (2022) 'Visoka vjernost reprogramiranje u leydig-poput ćelija nalik na CrisPr aktivaciju i faktore parakrina',PNAS NEXUS, 1 (4). DOI: 10.1093 / PNASNEXUS / PGAC179.
Tian, H. i dr. (2023) 'Genome-Wide DNA metilacija analiza karoserije u kineskim monozygotičnim blizancima',Evropski časopis za kliničku istragu, 53 (11), str. E14055. DOI: 10.1111 / ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'omjer DNK metilacije i struka: Studija udruženja širom epagenome u kineskim monozygotičnim blizancima',Časopis za endokrinološku istragu, 45 (12), str. 2365-2376. Doi: 10.1007 / S40618-022-01878-4.
