Prokariotske RNA sekvenciranje
Karakteristike
● Obrada uzorka RNA uključivala je Iscrpljivanje RRNA nakon čega slijedi usmjerna priprema biblioteke RNA.
● Bioinformatička analiza zasnovana na usklađivanju na referentni genom
● Analiza uključuje genski izraz i deg, ali i transkriptu strukturu i SRNA analiza
Prednosti usluge
●Rigorozna kontrola kvaliteta: Provodimo osnovne kontrolne tačke na svim fazama, od uzorka i pripreme biblioteke do sekvenciranja i bioinformatike. Ovo pažljivo nadgledanje osigurava isporuku dosljednih visokokvalitetnih rezultata.
●Podaci o sekvenciranju specifičnih za ured: Zbog pripreme biblioteke RNA je usmjerena, omogućavajući identifikaciju prepisa protiv osjenca.
●Kompletna analiza prilagođena prokariotskim transkriptomima: Bioinformatični cjevovod uključuje ne samo analizu izraza gena, već i analize strukture transkripta, uključujući identifikaciju operatora, utrsa i promotora. Takođe uključuje analizu Srnas, naime napomene i predviđanje sekundarne strukture i ciljeva.
●Podrška za post-prodaju: Naša posvećenost se pruža izvan završetka projekta sa tromjesečnim periodom usluge nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekata, rešavanje problema i rješavanje problema i pitanja za rješavanje bilo kakvih upita u vezi s rezultatima.
Uzorak zahtjeva i dostava
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvaliteta |
| RRNA biblioteka koja se troši | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Uzorni zahtjevi:
| Conc. (NG / μl) | Iznos (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260 / 280 = 1,8-2,0 OD260 / 230 = 1,0-2,5 Ograničena ili nijedna zaštita ili DNK kontaminacija prikazana na gelu. | Rin≥6.5 |
Preporučena isporuka uzoraka
Kontejner: 2 ml cijev za centrifuge (limenka folija se ne preporučuje)
Označavanje uzorka: Grupa + replicirana npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suvo led: uzorci moraju biti upakirani u vreće i sahranjeni u suho-ledu.
2. Rnastabible cijevi: uzorci RNA mogu se sušiti u stabilizacijskoj cijevi RNA (npr. Rnaastable®) i isporučuju se u sobnu temperaturu.
Servisni protok rada
Dostava uzoraka
Građevinarstvo biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatička analiza tihow
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola kvaliteta RAW podataka
● Poravnanje referentnog genoma
● Procjena kvaliteta biblioteke: RNA fragmentacija slučajnost, umetnu veličinu i zasićenost sekvenciranja
● Funkcionalna napomena predviđenih gena za kodiranje
● Analiza izražavanja: Korelacija i glavna analiza komponenta (PCA)
● Diferencijalni genski izraz (degs)
● Funkcionalna napomena i obogaćivanje degsa
● SRNA Analiza: predviđanje, napomena, ciljana i sekundarna predviđanja strukture
● Analiza strukture transkripta: Operoni, početni i završni položaji, neprekinuta regija (UTS), promotor i SNP / Indel analiza
Zasićenje sekvenciranja
Funkcionalna napomena gena za kodiranje
Korelacija između uzoraka
Analiza diferencijalnih gena (DEGS)
Funkcionalna analiza obogaćivanja
Napomena Srna
Istražite napredak koji je omogućio BMKGENE-ove usluge nanopore MRNA MRNA MRNA u ovoj predstavinoj publikaciji.
Guan, CP i sur. (2018) 'Globalne transkriptome Promjene biofilma-formiraju stafilokok epidermidisa odgovaraju na ukupne alkaloide sophorea alopecuroides',Poljski časopis za mikrobiologiju, 67 (2), str. 223. DOI: 10.21307 / PJM-2018-024.
