-
Jednojezgrene RNK sekvenciranje
Razvoj hvatanja jedne ćelije i prilagođenih tehnika izgradnje biblioteke, zajedno sa sekvenciranjem visoke propusnosti, revolucionirao je studije ekspresije gena na nivou ćelije. Ovaj proboj omogućava dublju i sveobuhvatniju analizu složenih ćelijskih populacija, prevazilazeći ograničenja povezana sa usrednjavanjem ekspresije gena u svim ćelijama i očuvanjem prave heterogenosti unutar ovih populacija. Dok jednoćelijsko sekvenciranje RNK (scRNA-seq) ima neosporne prednosti, ono nailazi na izazove u određenim tkivima gdje je stvaranje jednoćelijske suspenzije teško i zahtijeva svježe uzorke. U BMKGene-u ovu prepreku rješavamo tako što nudimo sekvenciranje RNK s jednim jezgrom (snRNA-seq) koristeći najsavremeniju 10X Genomics Chromium tehnologiju. Ovaj pristup proširuje spektar uzoraka koji su podložni analizi transkriptoma na nivou jedne ćelije.
Izolacija jezgara se postiže putem inovativnog 10X Genomics Chromium čipa, koji sadrži osmokanalni mikrofluidni sistem sa dvostrukim ukrštanjima. Unutar ovog sistema, kuglice gela koje sadrže bar kodove, prajmere, enzime i jedno jezgro su inkapsulirane u kapi ulja veličine nanolitara, formirajući gel perle u emulziji (GEM). Nakon formiranja GEM-a, unutar svakog GEM-a dolazi do lize ćelije i oslobađanja barkoda. Nakon toga, mRNA molekuli prolaze reverznu transkripciju u cDNK, uključujući 10X barkodove i jedinstvene molekularne identifikatore (UMI). Ove cDNK se zatim podvrgavaju izradi standardne biblioteke sekvenciranja, olakšavajući robusno i sveobuhvatno istraživanje profila ekspresije gena na nivou jedne ćelije.
Platforma: 10× Genomics Chromium i Illumina NovaSeq platforma
-
10x Genomics Visium prostorni transkriptom
Prostorna transkriptomika je najsavremenija tehnologija koja omogućava istraživačima da istražuju obrasce ekspresije gena unutar tkiva uz očuvanje njihovog prostornog konteksta. Jedna moćna platforma u ovoj domeni je 10x Genomics Visium u kombinaciji sa Illumina sekvenciranjem. Princip 10X Visiuma leži na specijalizovanom čipu sa određenim područjem za hvatanje gde se postavljaju delovi tkiva. Ovo područje hvatanja sadrži mrlje sa crtičnim kodom, od kojih svaka odgovara jedinstvenoj prostornoj lokaciji unutar tkiva. Uhvaćeni RNA molekuli iz tkiva se zatim označavaju jedinstvenim molekularnim identifikatorima (UMI) tokom procesa reverzne transkripcije. Ove barkodirane tačke i UMI omogućavaju precizno prostorno mapiranje i kvantifikaciju ekspresije gena u rezoluciji jedne ćelije. Kombinacija prostorno barkodiranih uzoraka i UMI-ja osigurava tačnost i specifičnost generiranih podataka. Koristeći ovu tehnologiju prostorne transkriptomike, istraživači mogu steći dublje razumijevanje prostorne organizacije ćelija i složenih molekularnih interakcija koje se javljaju unutar tkiva, nudeći neprocjenjiv uvid u mehanizme koji leže u osnovi bioloških procesa u više polja, uključujući onkologiju, neuronauku, razvojnu biologiju, imunologiju. i botaničke studije.
Platforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq
-
Sekveniranje mRNA pune dužine-Nanopore
Dok je sekvenciranje mRNA zasnovano na NGS-u svestran alat za kvantifikaciju ekspresije gena, njegovo oslanjanje na kratko čitanje ograničava njegovu efikasnost u složenim transkriptomskim analizama. S druge strane, sekvenciranje nanopora koristi tehnologiju dugog čitanja, omogućavajući sekvenciranje mRNA transkripata pune dužine. Ovaj pristup olakšava sveobuhvatno istraživanje alternativnog spajanja, fuzije gena, poliadenilacije i kvantifikacije izoforma mRNA.
Sekvenciranje nanopora, metoda koja se oslanja na električne signale u realnom vremenu od jedne molekule nanopora, daje rezultate u realnom vremenu. Vođena motornim proteinima, dvolančana DNK se vezuje za proteine nanopora ugrađene u biofilm, odmotavajući se dok prolazi kroz kanal nanopora pod razlikom napona. Karakteristični električni signali generisani različitim bazama na DNK lancu detektuju se i klasifikuju u realnom vremenu, olakšavajući precizno i kontinuirano sekvenciranje nukleotida. Ovaj inovativni pristup prevazilazi ograničenja kratkog čitanja i pruža dinamičku platformu za složenu genomsku analizu, uključujući kompleksne transkriptomske studije, sa trenutnim rezultatima.
Platforma: Nanopore PromethION 48
-
Sekvenciranje mRNA pune dužine -PacBio
Dok je sekvenciranje mRNA zasnovano na NGS-u svestran alat za kvantifikaciju ekspresije gena, njegovo oslanjanje na kratko čitanje ograničava njegovu upotrebu u složenim transkriptomskim analizama. S druge strane, PacBio sekvenciranje (Iso-Seq) koristi tehnologiju dugog čitanja, omogućavajući sekvenciranje mRNA transkripata pune dužine. Ovaj pristup olakšava sveobuhvatno istraživanje alternativnog spajanja, fuzije gena i poliadenilacije. Međutim, postoje i drugi izbori za kvantifikaciju ekspresije gena zbog velike količine potrebnih podataka. PacBio tehnologija sekvenciranja se oslanja na jednomolekulsko sekvenciranje u realnom vremenu (SMRT), pružajući izrazitu prednost u hvatanju mRNA transkripata pune dužine. Ovaj inovativni pristup uključuje korištenje nultog moda talasovoda (ZMW) i mikrofabrikovanih bunara koji omogućavaju posmatranje aktivnosti DNK polimeraze u realnom vremenu tokom sekvenciranja. Unutar ovih ZMW-ova, PacBio-ova DNK polimeraza sintetiše komplementarni lanac DNK, generirajući dugačka čitanja koja obuhvataju cijeli transkript mRNA. PacBio rad u režimu kružnog konsenzusa sekvenciranja (CCS) poboljšava preciznost ponavljanjem sekvenciranja istog molekula. Generirana HiFi očitanja imaju tačnost uporedivu sa NGS, dodatno doprinoseći sveobuhvatnoj i pouzdanoj analizi složenih transkriptomskih karakteristika.
Platforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Sekvenciranje eukariotske mRNA-NGS
Sekvenciranje mRNA, svestrana tehnologija, omogućava sveobuhvatno profilisanje svih transkripata mRNA unutar ćelija pod specifičnim uslovima. Sa svojim širokim spektrom primjena, ovaj vrhunski alat otkriva složene profile ekspresije gena, strukture gena i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima. Široko prihvaćeno u fundamentalnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, sekvenciranje mRNA nudi uvid u zamršenost ćelijske dinamike i genetske regulacije, izazivajući znatiželju o njegovom potencijalu u različitim poljima.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Nereferentno bazirano mRNA sekvenciranje-NGS
Sekvenciranje mRNA omogućava sveobuhvatno profilisanje svih transkripata mRNA unutar ćelija pod specifičnim uslovima. Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat, otkrivajući zamršene profile ekspresije gena, strukture gena i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima. Široko prihvaćeno u fundamentalnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, sekvenciranje mRNA nudi uvid u zamršenost ćelijske dinamike i genetske regulacije.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina
Duge nekodirajuće RNK (lncRNA) su duže od 200 nukleotida koji posjeduju minimalni potencijal kodiranja i ključni su elementi unutar nekodirajuće RNK. Pronađene u jezgru i citoplazmi, ove RNK igraju ključnu ulogu u epigenetskoj, transkripcijskoj i post-transkripcijskoj regulaciji, naglašavajući njihov značaj u oblikovanju ćelijskih i molekularnih procesa. Sekvenciranje LncRNA je moćan alat u ćelijskoj diferencijaciji, ontogenezi i ljudskim bolestima.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Small RNA Sequencing-Illumina
Male RNK (sRNA) molekule uključuju mikroRNA (miRNA), male interferirajuće RNK (siRNA) i RNK koje interaguju na piwi (piRNA). Među njima, miRNA, duge oko 18-25 nukleotida, posebno su vrijedne pažnje zbog svoje ključne regulatorne uloge u različitim ćelijskim procesima. Sa tkivno-specifičnim i specifičnim obrascima ekspresije, miRNA pokazuju visoku konzervaciju među različitim vrstama.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Kružno RNK sekvenciranje (circRNA-seq) je profiliranje i analiza kružnih RNK, klase molekula RNK koje formiraju zatvorene petlje zbog nekanonskih događaja spajanja, pružajući ovoj RNK povećanu stabilnost. Dok se pokazalo da neke circRNA djeluju kao spužve mikroRNA, sekvestriraju mikroRNA i sprječavaju ih da regulišu svoje ciljne mRNA, druge circRNA mogu komunicirati s proteinima, modulirati ekspresiju gena ili imati ulogu u ćelijskim procesima. Analiza ekspresije circRNA daje uvid u regulatorne uloge ovih molekula i njihov značaj u različitim ćelijskim procesima, razvojnim fazama i stanjima bolesti, doprinoseći dubljem razumijevanju složenosti regulacije RNK u kontekstu ekspresije gena.
-
Sekvenciranje cijelog transkriptoma – Illumina
Sekvenciranje cijelog transkriptoma nudi sveobuhvatan pristup profiliranju različitih RNA molekula, uključujući kodirajuće (mRNA) i nekodirajuće RNA (lncRNA, circRNA i miRNA). Ova tehnika hvata cijeli transkriptom specifičnih ćelija u datom trenutku, omogućavajući holističko razumijevanje ćelijskih procesa. Poznato i kao "totalno sekvenciranje RNK", ima za cilj da otkrije složene regulatorne mreže na nivou transkriptoma, omogućavajući dubinsku analizu kao što je konkurentska endogena RNK (ceRNA) i zajednička analiza RNK. Ovo označava početni korak ka funkcionalnoj karakterizaciji, posebno u otkrivanju regulatornih mreža koje uključuju ceRNA interakcije zasnovane na circRNA-miRNA-mRNA.
