-
BMKMANU S3000_Prostorni transkript
Prostorna transkriptomika je na čelu naučne inovacije, osnažujući istraživače da uđu u zamršene obrasce ekspresije gena unutar tkiva, istovremeno čuvajući njihov prostorni kontekst. Usred različitih platformi, BMKGene je razvio BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, koji se može pohvaliti poboljšanom rezolucijom od 3,5 µm, dostižući subćelijski opseg i omogućavajući postavke rezolucije na više nivoa. Čip S3000, koji ima približno 4 miliona tačaka, koristi mikro-jažice obložene kuglicama napunjenim prostorno barkodiranim sondama za hvatanje. Biblioteka cDNK, obogaćena prostornim bar kodovima, pripremljena je od S3000 čipa i potom sekvencirana na platformi Illumina NovaSeq. Kombinacija prostorno barkodiranih uzoraka i UMI-ja osigurava tačnost i specifičnost generiranih podataka. BMKManu S3000 čip je izuzetno svestran, nudi postavke rezolucije na više nivoa koje se mogu fino podesiti prema različitim tkivima i željenim nivoima detalja. Ova prilagodljivost pozicionira čip kao izvanredan izbor za različite studije prostorne transkriptomije, osiguravajući precizno prostorno grupiranje uz minimalan šum. Upotreba tehnologije segmentacije ćelija sa BMKManu S3000 omogućava razgraničenje transkripcionih podataka do granica ćelija, što rezultira analizom koja ima direktno biološko značenje. Nadalje, poboljšana rezolucija S3000 rezultira većim brojem gena i UMI detektiranih po ćeliji, omogućavajući mnogo precizniju analizu prostornih obrazaca transkripcije i grupisanja ćelija.
-
Jednojezgrene RNK sekvenciranje
Razvoj hvatanja jedne ćelije i prilagođenih tehnika izgradnje biblioteke, zajedno sa sekvenciranjem visoke propusnosti, revolucionirao je studije ekspresije gena na nivou ćelije. Ovaj proboj omogućava dublju i sveobuhvatniju analizu složenih ćelijskih populacija, prevazilazeći ograničenja povezana sa usrednjavanjem ekspresije gena u svim ćelijama i očuvanjem prave heterogenosti unutar ovih populacija. Dok jednoćelijsko sekvenciranje RNK (scRNA-seq) ima neosporne prednosti, ono nailazi na izazove u određenim tkivima gdje je stvaranje jednoćelijske suspenzije teško i zahtijeva svježe uzorke. U BMKGene-u ovu prepreku rješavamo tako što nudimo sekvenciranje RNK s jednim jezgrom (snRNA-seq) koristeći najsavremeniju 10X Genomics Chromium tehnologiju. Ovaj pristup proširuje spektar uzoraka koji su podložni analizi transkriptoma na nivou jedne ćelije.
Izolacija jezgara se postiže putem inovativnog 10X Genomics Chromium čipa, koji sadrži osmokanalni mikrofluidni sistem sa dvostrukim ukrštanjima. Unutar ovog sistema, kuglice gela koje sadrže bar kodove, prajmere, enzime i jedno jezgro su inkapsulirane u kapi ulja veličine nanolitara, formirajući gel perle u emulziji (GEM). Nakon formiranja GEM-a, unutar svakog GEM-a dolazi do lize ćelije i oslobađanja barkoda. Nakon toga, mRNA molekuli prolaze reverznu transkripciju u cDNK, uključujući 10X barkodove i jedinstvene molekularne identifikatore (UMI). Ove cDNK se zatim podvrgavaju izradi standardne biblioteke sekvenciranja, olakšavajući robusno i sveobuhvatno istraživanje profila ekspresije gena na nivou jedne ćelije.
Platforma: 10× Genomics Chromium i Illumina NovaSeq platforma
-
10x Genomics Visium prostorni transkriptom
Prostorna transkriptomika je najsavremenija tehnologija koja omogućava istraživačima da istražuju obrasce ekspresije gena unutar tkiva uz očuvanje njihovog prostornog konteksta. Jedna moćna platforma u ovoj domeni je 10x Genomics Visium u kombinaciji sa Illumina sekvenciranjem. Princip 10X Visiuma leži na specijalizovanom čipu sa određenim područjem za hvatanje gde se postavljaju delovi tkiva. Ovo područje hvatanja sadrži mrlje sa crtičnim kodom, od kojih svaka odgovara jedinstvenoj prostornoj lokaciji unutar tkiva. Uhvaćeni RNA molekuli iz tkiva se zatim označavaju jedinstvenim molekularnim identifikatorima (UMI) tokom procesa reverzne transkripcije. Ove barkodirane tačke i UMI omogućavaju precizno prostorno mapiranje i kvantifikaciju ekspresije gena u rezoluciji jedne ćelije. Kombinacija prostorno barkodiranih uzoraka i UMI-ja osigurava tačnost i specifičnost generiranih podataka. Koristeći ovu tehnologiju prostorne transkriptomike, istraživači mogu steći dublje razumijevanje prostorne organizacije ćelija i složenih molekularnih interakcija koje se javljaju unutar tkiva, nudeći neprocjenjiv uvid u mehanizme koji leže u osnovi bioloških procesa u više polja, uključujući onkologiju, neuronauku, razvojnu biologiju, imunologiju. i botaničke studije.
Platforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq
