-
Interakcija hromatina na bazi Hi-C
Hi-C je metoda dizajnirana za hvatanje genomske konfiguracije kombinacijom sondiranja interakcija zasnovanih na blizini i sekvenciranja visoke propusnosti. Metoda se zasniva na umrežavanju hromatina sa formaldehidom, praćenom digestijom i ponovnom ligacijom na način da samo fragmenti koji su kovalentno povezani formiraju produkte ligacije. Sekvenciranjem ovih proizvoda ligacije moguće je proučavati 3D organizaciju genoma. Hi-C omogućava proučavanje distribucije delova genoma koji su slabo zbijeni (A odjeljci, euhromatin) i vjerojatnije da će biti transkripcijski aktivni, te regija koje su čvršće upakovane (B odjeljci, Heterohromatin). Hi-C se takođe može koristiti za preciziranje topološki povezanih domena (TAD), regiona genoma koji imaju presavijene strukture i verovatno će imati slične obrasce ekspresije, kao i za identifikaciju hromatinskih petlji, regiona DNK koji su zajedno usidreni proteinima i koji su često obogaćena regulatornim elementima. BMKGene-ova Hi-C usluga sekvenciranja osnažuje istraživače da istraže prostorne dimenzije genomike, otvarajući nove puteve za razumijevanje regulacije genoma i njenih implikacija na zdravlje i bolesti.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) je tehnika koja koristi antitijela da selektivno obogate proteine koji se vezuju za DNK i njihove odgovarajuće genomske ciljeve. Njegova integracija sa NGS-om omogućava profilisanje DNK ciljeva na nivou genoma povezanih sa modifikacijom histona, faktorima transkripcije i drugim proteinima koji se vezuju za DNK. Ovaj dinamički pristup omogućava poređenje mjesta vezivanja u različitim tipovima ćelija, tkivima ili stanjima. Primene ChIP-Seq-a se protežu od proučavanja regulacije transkripcije i razvojnih puteva do razjašnjavanja mehanizama bolesti, što ga čini nezamjenjivim alatom za razumijevanje pejzaža genomske regulacije i unapređenje terapijskih uvida.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma (WGBS)
Sekvenciranje bisulfita cijelog genoma (WGBS) predstavlja metodologiju zlatnih standarda za dubinsko istraživanje metilacije DNK, posebno petu poziciju u citozinu (5-mC), ključnom regulatoru ekspresije gena i ćelijske aktivnosti. Princip koji je u osnovi WGBS uključuje tretman bisulfitom, koji izaziva konverziju nemetiliranih citozina u uracil (C u U), dok metilirane citozine ostavlja nepromijenjenim. Ova tehnika nudi rezoluciju sa jednom bazom, omogućavajući istraživačima da sveobuhvatno istraže metilom i otkriju abnormalne obrasce metilacije povezane s različitim stanjima, posebno rakom. Koristeći WGBS, naučnici mogu steći neuporediv uvid u pejzaže metilacije u cijelom genomu, pružajući nijansirano razumijevanje epigenetskih mehanizama koji leže u osnovi različitih bioloških procesa i bolesti.
-
Test za hromatin pristupačan transpozazi sa sekvenciranjem visokog protoka (ATAC-seq)
ATAC-seq je tehnika sekvenciranja visoke propusnosti koja se koristi za analizu dostupnosti hromatina u cijelom genomu. Njegova upotreba omogućava dublje razumijevanje složenih mehanizama globalne epigenetske kontrole nad ekspresijom gena. Metoda koristi hiperaktivnu Tn5 transpozazu da istovremeno fragmentira i označi otvorene regije hromatina umetanjem adaptera za sekvenciranje. Naknadna PCR amplifikacija rezultira stvaranjem biblioteke sekvenciranja, koja omogućava sveobuhvatnu identifikaciju otvorenih hromatinskih regiona u specifičnim prostorno-vremenskim uslovima. ATAC-seq pruža holistički pogled na pristupačne hromatinske pejzaže, za razliku od metoda koje se fokusiraju isključivo na mjesta vezivanja faktora transkripcije ili specifične regije modificirane histonom. Sekvenciranjem ovih otvorenih hromatinskih regiona, ATAC-seq otkriva regione sa većom verovatnoćom aktivnih regulatornih sekvenci i potencijalnih mesta vezivanja faktora transkripcije, nudeći dragocene uvide u dinamičku modulaciju ekspresije gena u genomu.
-
Redukovana zastupljenost bisulfitnog sekvenciranja (RRBS)
Bisulfitno sekvenciranje smanjene zastupljenosti (RRBS) pojavilo se kao isplativa i efikasna alternativa sekvenciranju bisulfita cijelog genoma (WGBS) u istraživanju metilacije DNK. Dok WGBS pruža sveobuhvatan uvid ispitivanjem cijelog genoma u jednoj baznoj rezoluciji, njegova visoka cijena može biti ograničavajući faktor. RRBS strateški ublažava ovaj izazov selektivnom analizom reprezentativnog dijela genoma. Ova metodologija se oslanja na obogaćivanje regiona bogatih CpG ostrvima MspI cijepanjem nakon čega slijedi odabir veličine fragmenata od 200-500/600 bps. Shodno tome, samo regioni proksimalni od CpG ostrva su sekvencionirani, dok su oni sa udaljenim CpG ostrvima isključeni iz analize. Ovaj proces, u kombinaciji sa bisulfitnim sekvenciranjem, omogućava detekciju DNK metilacije visoke rezolucije, a pristup sekvenciranju, PE150, fokusira se posebno na krajeve umetaka, a ne na sredinu, povećavajući efikasnost profiliranja metilacije. RRBS je neprocjenjiv alat koji omogućava isplativo istraživanje metilacije DNK i unapređuje znanje o epigenetskim mehanizmima.
