Sekvenciranje cijelog genoma biljke/životinje
Service Features
● Priprema biblioteke može biti standardna ili bez PCR
● Dostupan u 4 platforme za sekvenciranje: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ili PacBio Revio.
● Bioinformatička analiza fokusirana na otkrivanje varijanti: SNP, InDel, SV i CNV
Prednosti usluge
●Opsežna evidencija o stručnosti i publikacijama: Akumulirano iskustvo u sekvenciranju genoma za preko 1000 vrsta rezultiralo je sa preko 1000 objavljenih slučajeva sa kumulativnim faktorom uticaja od preko 5000.
●Sveobuhvatna bioinformatička analiza: Uključuje pozivanje varijacija i označavanje funkcija.
● Postprodajna podrška:Naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima.
●Comprehensive Annotation: Koristimo više baza podataka da funkcionalno označimo gene sa identifikovanim varijacijama i izvršimo odgovarajuću analizu obogaćivanja, pružajući uvid u više istraživačkih projekata.
Specifikacije usluge
| Varijante koje treba identifikovati | Strategija sekvenciranja | Preporučena dubina |
| SNP i InDel | Illumina NovaSeq PE150 ili MGI T7 | 10x |
| SV i CNV (manje tačni) | 30x | |
| SV i CNV (tačnije) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV i CNV | PacBio Revio | 10x |
Zahtjevi za uzorke
| Tkivne ili ekstrahirane nukleinske kiseline | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Animal Viscera | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Animal Muscle | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Mammalian Blood | 1,5 mL | ≥ 0,5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Krv peradi/riblje | ≥ 0,1 mL
| ≥ 0,5 mL
| |||
| Biljka - svježi list | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Cultured Cells |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Meko tkivo insekata/pojedinac | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ekstrahovan DNK
| Koncentracija: ≥ 1 ng/ µL Količina: ≥ 30 ng Ograničena ili nikakva degradacija ili kontaminacija
| Koncentracija Iznos
OD260/280
OD260/230
Ograničena ili nikakva degradacija ili kontaminacija
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/protočna ćelija/uzorak
1.7-2.2
≥1,5 | Koncentracija Iznos
OD260/280
OD260/230
Ograničena ili nikakva degradacija ili kontaminacija | ≥ 50 ng/ µL 10 µg/protočna ćelija/uzorak
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Priprema biblioteke bez PCR-a: Koncentracija≥ 40 ng/ µL Količina≥ 500 ng | |||||
Tok rada usluge
Isporuka uzorka
Ekstrakcija DNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Isporuka podataka
Uključuje sljedeću analizu:
- Kontrola kvaliteta sirovih podataka
- Statistika poravnanja prema referentnom genomu
- Identifikacija varijante: SNP, InDel, SV i CNV
- Funkcionalno označavanje varijanti
Statistika poravnanja prema referentnom genomu – distribucija dubine sekvenciranja
SNP pozivanje među više uzoraka
InDel identifikacija – statistika dužine InDel u CDS regiji i regiji u cijelom genomu
Varijanta distribucije po genomu – Circos plot
Funkcionalna anotacija gena sa identifikovanim varijantama – Ontologija gena
Chai, Q. et al. (2023) 'Glutation S-transferaza GhTT19 određuje pigmentaciju latica cvijeta regulacijom akumulacije antocijanina u pamuku', Plant Biotechnology Journal, 21(2), str. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Genom divlje Hevea brasiliensis na nivou hromozoma pruža nove alate za genomski potpomognut uzgoj i vrijedne lokuse za povećanje prinosa kaučuka', Plant Biotechnology Journal, 21(5), str. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genom estuarske kamenice pruža uvid u klimatski uticaj i prilagodljivu plastičnost', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), str. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analiza promjena genoma i metilacije kod kineskih autohtonih pilića tokom vremena pruža uvid u očuvanje vrsta', Communications Biology, 5(1), str. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
