Postrojenje / životinjska sekvenciranje genoma
De novoSekvenciranje se odnosi na izgradnju cijelog genologa vrsta koristeći tehnologije sekvenciranja u nedostatku referentnog genoma. Uvođenje i široko usvajanje sekvenciranja treće generacije, nalaze se duže glasi, imaju značajno poboljšanu skupštinu genoma povećanjem preklapanja između čitanja. Ovo poboljšanje posebno je relevantno kada se bavi izazovnim genomima, poput onih koji pokazuju visoku heterozigoznost, visok omjer ponavljajućih regija, poliploida i regija sa ponavljajućim elementima, a nenormalnim složenošću koji su obično slabo sastavljali pomoću nizove kratkog čitanja Sam.
Naše rješenje za jednokratak pruža integrirane usluge sekvenciranja i bioinformatičku analizu koji pružaju visokokvalitetni DE NOVO sastavljeni genom. Početno istraživanje genoma sa illomnom pruža procjene veličine i složenosti genoma, a ove se informacije koriste za vođenje sljedećeg koraka dugotrajne sekvenciranje sa Pacbio HIFI-om, a slijedede novoSkupština kontigrama. Naknadna upotreba sklopa HIC-a omogućava sidrenje kontigrama u genom, dobivanje sklopa na nivou kromodometa. Konačno, genom se najavljuje predviđanjem gena, a redoslijedom izraženih gena, pribjegavajući transkriptomima sa kratkim i dugom čitanjem.
Servisne karakteristike
● Integracija višestrukih sekvenciranja i bioinformatičkih usluga u jednokomponiranju:
Pregled genuma sa iluminom za procjenu veličine genoma i vodiče naknadne korake;
Dugotrajno pročitavanje sekvenciranja zade novoSkupština kontigrama;
Hi-C sekvenciranje za hromosomatsko sidrenje;
MRNA sekvenciranje za napomenu gena;
Validacija skupštine.
● Usluga pogodna za izgradnju romana genoma ili poboljšanje postojećih referentnih genoma za vrste interesa.
Prednosti usluge
Razvoj sekvencijskih platformi i bioinformatike ude novoSkupština gena
(Amarasinghe sl i dr.,Biologija genoma, 2020)
●Opsežna evidencija stručnjaka i publikacije: Bmkgene je akumuliralo masovno iskustvo u visokokvalitetnom genom montažu s različitim vrstama, uključujući diploidne genome i vrlo složene genome od poliploide i alopoliznih vrsta. Od 2018. godine doprineli smo preko300 publikacija visokih udara, a 20+ njih objavljuju se u prirodi genetika.
● Jednostavno rešenje: Naš integrirani pristup kombinira više tehnologija sekvenciranja i bioinformatičke analize u kohezivni tijek rada, pružajući visokokvalitetni sastavljeni genom.
●Prilagođen vašim potrebama: Naš servisni tijek rada je prilagodljiv, omogućavajući prilagođavanje genoma s različitim značajkama i specifičnim istraživačkim potrebama. To uključuje smještaj divovskih genoma, poliploičnih genoma, visoko heterozigotnih genoma i još mnogo toga.
●Visoko kvalificirani bioinformatici i laboratorijski tim: S velikim iskustvom u eksperimentalnom i bioinformatiku front složenih sklopova genoma i niz patenata i softverskih autorskih prava.
●Podrška za post-prodaja:Naša posvećenost se pruža izvan završetka projekta sa tromjesečnim periodom usluge nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekata, rešavanje problema i rješavanje problema i pitanja za rješavanje bilo kakvih upita u vezi s rezultatima.
Servisne specifikacije
| Anketa o genomu | Skupština gena | Razina kromosoma | Napomena o genomu |
| 50x illumina novaseq pe150
| 30x PACBIO CCS HiFi čita | 100x hi-c | RNA-SEQ Illumina PE150 10 GB + (Neobavezno) Puna dužina RNA-SEQ Pacbio 40 GB ili Nanopore 12 GB |
Službeni zahtevi
Za genoming anketu, skupštinu genoma i hi-C Skupštinu:
| Tkivo ili izvučene nukleinske kiseline | Anketa o genomu | Skupština gena sa PACBIO | Hi-C Skupština |
| Životinjska viscera | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Životinjski mišić | ≥ 5 g | ||
| Sisarna krv | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Perad / riba krv | ≥ 0,5 ml | ||
| Biljka - svježi list | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Kultivirane ćelije |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insekt | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Izvučeni DNK | Koncentracija: ≥1 NG / μl Iznos ≥ 30 ng Ograničena ili ne degradacija ili kontaminacija | Koncentracija: ≥ 50 μl Iznos: 10 μg / protočna stanica / uzorak OD260 / 280 = 1,7-2,2 OD260 / 230 = 1,8-2,5 Ograničena ili ne degradacija ili kontaminacija |
-
|
Za napomena genoma sa transkripnjom:
| Tkivo ili izvučene nukleinske kiseline | Illumina transcrtiction | Pacbio transctipt | Nanopore transctipt |
| Postrojenje - korijen / stabljika / latica | 450 mg | 600 mg | |
| Postrojenje - list / seme | 300 mg | 300 mg | |
| Postrojenje - voće | 1,2 g | 1,2 g | |
| Životinjsko srce / crijevo | 300 mg | 300 mg | |
| Životinjska viscera / mozak | 240 mg | 240 mg | |
| Životinjski mišić | 450 mg | 450 mg | |
| Životinjske kosti / kosa / koža | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - Insekt | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Cijela krv | 1 cijev | 1 cijev | |
| Izdvojena RNA | Koncentracija: ≥ 20 μl / μl Iznos ≥ 0,3 μg OD260 / 280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Rin≥ 6 5≥28S / 18s≥1 | Koncentracija: ≥ 100 μl / μl Iznos ≥ 0,75 μg OD260 / 280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Rin≥ 8 5≥28S / 18s≥1 | Koncentracija: ≥ 100 μl / μl Iznos ≥ 0,75 μg OD260 / 280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Rin≥ 7.5 5≥28S / 18s≥1 |
Preporučena isporuka uzoraka
Kontejner: 2 ml cijev za centrifuge (limenka folija se ne preporučuje)
(Za većinu uzoraka preporučujemo da ne sačuvate u etanolu.)
Označavanje uzorka: uzorci moraju biti jasno označeni i identični dostavljenim uzorcima informacija.
Pošiljka: suho-led: uzorci moraju prvo biti spakirani u vreće i sahranjeni u suhom ledu.
Tijek rada
Servisni protok rada
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
Ekstrakcija DNK
Građevinarstvo biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Kompletna bioinformatička analiza, odvojena u 4 koraka:
1) Istraživanje genuma, zasnovano na K-Mer analizi sa NGS-om glasi:
Procjena veličine genoma
Procjena heterozigositeta
Procjena ponavljajućih regija
2) Genome montaža sa Pacbio HIFI:
De novomontaža
Procjena montaže: uključujući Busco Analiju za potpunosti i mapiranje natrag NGS i PACBIO HiFi glasi
3) HI-C Skupština:
HI-C Biblioteka QC: Procjena važećih interakcija Hi-C
Hi-C Skupština: Klasteriranje kontigrama u grupama, a slijedi ConcIg naručivanje unutar svake grupe i dodjeljivanje orijentacije kontigrama
HI-C evaluacija
4) GENOMEN ENNOTACIJA:
Ne-kodiranje predviđanja RNA
Identifikacija ponavljajućeg sekvenka (transposoni i tandem ponavljaju)
Predviđanje gena
§De novo: AB Initio algoritmi
§ na osnovu homologije
§ Na osnovu transkripta, sa dugim i kratkim redama: Čita sede novosastavljen ili preslikan na nacrt genoma
§ Napomena predviđenih gena sa više baza podataka
1) GENOME ANKETRY - K-MER analiza
2) Genome montaža
2) Genoming Skupština - Pacbio HiFi čita mapiranje na nacrt montaže
2) Hi-C Skupština - Procjena HI-C važećih parova interakcija
3) HI-C evaluacija post-montaže
4) Napomena o genom - integracija predviđenih gena
4) Napomena o genom - predviđene napomene gena
Istražite napredak koji se olakšavaju Skupštine Genoma Genoma BMKGENE-a kroz kuriranu kolekciju publikacija:
Li, C. i sur. (2021) 'Sekvence genoma otkrivaju globalne dispersne rute i sugeriraju konvergentne genetske adaptacije u morskoj evoluciji', prirodi komunikacije, 12 (1). Doi: 10.1038 / s41467-021-21379-x.
Li, Y. i sur. (2023) 'velike kromosomalne promjene vode do promjena izraza genoma, adaptaciju okoliša i specifikacije u gayal (Bos Frontalis)', molekularno biologiju i evolucija, 40 (1). DOI: 10.1093 / MOLBEV / MSAD006.
Tian, T. i sur. (2023) 'Skupština genoma i genetska disekcija istaknutog kukuruznog germplazma otpornog na sušu', prirodna genetika 2023 55: 3, 55 (3), str. 496-506. Doi: 10.1038 / s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Otkrivanje evolucije Tropane alkaloidne biosinteze analizom dva genu u porodici SolanaCeae', Priroda komunikacije 2023 14: 1, 14 (1), str. 1-18. Doi: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
Izazovne studije slučaja:
Skupština Telomere-to-Telomere:FU, A. i dr. (2023) 'Telomere-to-Telomere Genome Genome of Gitter Dilon (Momordica Charantia L. Var. Abbreviata Ser.) Otkriva razvoj voća, sastav i sazrijevanje genetskih karakteristika ", istraživanje vrtlarstva, 10 (1). Doi: 10.1093 / hr / uhac228.
Sklop Haplotip:Hu, W. i dr. (2021) "Genome definiran" Allele otkriva biallelic diferencijaciju tokom kasave evolucije ", molekularna postrojenja, 14 (6), str. 851-854. Doi: 10.1016 / j.molp.2021.04.009.
Giant Genome Montaža:Yuan, J. i dr. (2022) 'GenoMska osnova giga-hromosoma i giga-genom drveća Peony Paeonia Ostii', Priroda komunikacije 2022 13: 1, 13 (1), str. 1-16. Doi: 10.1038 / s41467-022-35063-1.
Polyploidna sklona genoma:Zhang, TUŽILAC - PITANJE: Et al. (2022) 'Genominski uvid u nedavno smanjenje kromosoma Autopolyploid Sugarcne Saccharum Spontaneum', Genetika prirode 2022 54: 6, 54 (6), str. 885-896. Doi: 10.1038 / s41588-022-01084-1.
