PacBio 2+3 mRNA rješenje pune dužine
Karakteristike
● Dizajn studije:
Skupljeni uzorak sekvencioniran PacBio za identifikaciju izoforma transkripta
Odvojeni uzorci (replikacije i uslovi za testiranje) sekvencionirani saNGS za kvantifikaciju ekspresije transkripta
● PacBio sekvenciranje u CCS režimu, generisanje HiFi čitanja
● Redosled transkripata pune dužine
● Analiza ne zahtijeva referentni genom; međutim, može se koristiti
● Bioinformatička analiza uključuje ne samo ekspresiju na nivou gena i izoforme, već i analizu lncRNA, fuzije gena, poliadenilacije i strukture gena
Prednosti
● Visoka preciznost: HiFi očitava sa preciznošću >99,9% (Q30), uporedivo sa NGS
● Analiza alternativnog spajanja: sekvenciranje svih transkripata omogućava identifikaciju i karakterizaciju izoforme.
● Kombinacija PacBio i NGS prednosti: omogućava kvantifikaciju ekspresije na nivou izoforme, otkrivajući promjenu koja se može prikriti kada se analizira cjelokupna ekspresija gena
● Opsežna stručnost: sa dosadašnjom evidencijom završetka preko 1100 PacBio projekata pune dužine transkriptoma i obradom preko 2300 uzoraka, naš tim donosi bogato iskustvo u svaki projekat.
● Podrška nakon prodaje: naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
| PolyA obogaćena mRNA CCS biblioteka | PacBio nastavak II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A obogaćen | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidi
|
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| Illumina biblioteka | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥4.0; Za životinje: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
| PacBio biblioteka | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Biljke: RIN≥7.5 Životinje: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa+replikacija npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
pošiljka:
1. Suhi led:Uzorke je potrebno spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
2. RNK stabilne epruvete: Uzorci RNK se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj cijevi (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Uključuje sljedeću analizu:
Kontrola kvaliteta sirovih podataka
Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
Analiza fuzionog transkripta
Analiza alternativnog spajanja
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analiza
Nova analiza transkripta: predviđanje kodirajućih sekvenci (CDS) i funkcionalna anotacija
lncRNA analiza: predviđanje lncRNA i ciljeva
mikrosatelitska identifikacija (SSR)
Analiza diferencijalno izraženih transkripata (DETs).
Analiza diferencijalno izraženih gena (DEGs).
Funkcionalna oznaka DEG-ova i DET-ova
BUSCO analiza
Analiza alternativnog spajanja
Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
Diferencijalno izraženi geni (DEG) i transkripti (DETs9 analiza
Protein-protein interakcijske mreže DET-ova i DEG-ova
Istražite napredak koji omogućava BMKGene PacBio 2+3 sekvenciranje mRNA pune dužine kroz odabranu kolekciju publikacija.
Chao, Q. et al. (2019) 'Razvojna dinamika transkriptoma stabljike Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), str. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dinamične promjene u sadržaju askorbinske kiseline tokom razvoja ploda i zrenja Actinidia latifolia (plodna kultura bogata askorbatom) i pridruženi molekularni mehanizmi', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), str. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Efektivno predviđanje gena biosintetskog puta uključenih u bioaktivne polifiline u Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), str. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinirana PacBio Iso-Seq i Illumina RNA-Seq analiza transkriptoma Tuta absoluta (Meyrick) i gena citokroma P450', Insekti, 14(4), str. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun i dr. (2019) 'Pregled složenosti transkriptoma korištenjem PacBio analize jedne molekule u realnom vremenu u kombinaciji s Illumina RNA sekvenciranjem za bolje razumijevanje biosinteze ricinoleinske kiseline u Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), str. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
