Nereferentno bazirano mRNA sekvenciranje-NGS
Karakteristike
● Hvatanje poli mRNA prije pripreme biblioteke
● Nezavisno od bilo kog referentnog genoma: na osnovu de novo skupljanja transkripata, generisanje liste unigena koji su označeni sa više baza podataka (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Sveobuhvatna bioinformatička analiza ekspresije gena i strukture transkripta
Prednosti usluge
●Extensive Expertise: sa evidencijom obrade preko 600.000 uzoraka u BMKGENE, koji obuhvataju različite tipove uzoraka kao što su kulture ćelija, tkiva i telesne tečnosti, naš tim donosi bogato iskustvo u svaki projekat. Uspješno smo zatvorili preko 100.000 mRNA-Seq projekata u različitim istraživačkim domenima.
●Rigorozna kontrola kvaliteta: implementiramo ključne kontrolne tačke u svim fazama, od pripreme uzoraka i biblioteke do sekvenciranja i bioinformatike. Ovaj pedantan nadzor osigurava isporuku konzistentno visokokvalitetnih rezultata.
● Sveobuhvatna napomena: koristimo više baza podataka da funkcionalno označimo Diferencijalno izražene gene (DEG) i izvršimo odgovarajuću analizu obogaćivanja, pružajući uvid u ćelijske i molekularne procese koji su u osnovi odgovora transkriptoma.
●Podrška nakon prodaje: naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
| Poly A obogaćen | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Uzorci zahtjeva:
nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥4.0; Za životinje: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● Životinja:
SRCE ili crijeva: 300 mg
Viscera ili mozak: 240 mg
Mišići: 450 mg
Kosti, kosa ili koža: 1 g
● Artropodi:
Insekti: 6g
Rakovi: 300 mg
● Puna krv: 1 cijev
● Ćelije: 106 ćelije
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa+replikacija npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
pošiljka:
1. Suhi led: Uzorci se moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
2. RNK stabilne epruvete: Uzorci RNK se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
Sastavljanje transkriptoma i unigena selekcija
Unigene annotation
Korelacija uzoraka i procjena bioloških replika
Diferencijalno izraženi geni (DEG)
Funkcionalna anotacija DEG-ova
Funkcionalno obogaćivanje DEG
Istražite napredak koji omogućava BMKGene-ove usluge sekvenciranja eukariotske NGS mRNA kroz odabranu kolekciju publikacija.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo sklapanje transkriptoma i spolno pristrasna ekspresija gena u gonadama amurskog soma (Silurus asotus)', Genomika, 112(3), str. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transkriptomska analiza metabolizma saharoze tokom bubrenja i razvoja lukovice u luku (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (septembar), str. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo sklop, karakterizacija i anotacija za transkriptom Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo analiza transkriptoma pruža uvid u toleranciju soli Podocarpus macrophyllus pod stresom saliniteta', BMC Plant Biology, 21(1), str. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
