MRNA-SEQ (NGS) sa referentnim genom

MRNA-SEQ (NGS) sa referentnim genom

RNA-SEQ je standardni alat preko životnih i usjeva, premoštavajući jaz između genoma i proteoma. Njegova snaga leži u otkrivanju novih transkripata i kvantificiranje njihovog izražavanja u jednom testu. Široko se koristi za uporedne transkriprativne studije, osvjetljavanje u obliku gena koji se odnose na različite osobine ili fenotipove, poput uspoređujući mutanti u divlje tipove ili otkrivajući ekspresiju gena pod određenim uvjetima. BMKCloud MRNA (referentna) Aplikacija integrira kvantifikaciju izraza, diferencijalne izraze (DEG) i strukturu sekvence u FIELD-u MRNA-SEQ (NGS) bioinformatiku i amalgamate snage sličnog softvera, osiguravajući udobnost i ljubaznost u korisniku. Korisnici mogu prenijeti svoje RNA-SEQ podatke u oblak, gdje aplikacija nudi sveobuhvatnu, jednokratnu rešenje bioinformatičke analize. Uz to, daje prioritetno korisničko iskustvo, nudeći personalizirane operacije prilagođene specifičnim potrebama korisnika. Korisnici mogu postaviti parametre i sami pošaljite misiju cjevovoda, provjerite interaktivni izvještaj, pogledajte podatke / dijagrame i kompletni rudarstvo podataka, kao što su: Ciljani izbor gena, funkcionalno klasteriranje, dijagramiranje itd.

Demo rezultati

Rudarstvo podataka

UVJETI ZAHTEV

Glavna analiza

Referenca

Demo rezultati

Rudarstvo podataka

UVJETI ZAHTEV

Platforma:Illumina, MGI
Strategija:RNA-SEQ
Izgled: Pasirani, čisti podaci.
Tip biblioteke:fr-ranjeno, FR-Firststrand ili Fr-Secondstrand
Dužina čitanja:150 bp
Vrsta datoteke:* .fastq, * .fq, * .fastq.gz ili * .fq.gz. Sistem ćeAutomatski uparite. PASTQ datoteke prema nazivima thier datoteka,npr. * _1.fastq uparen sa * ._ 2fastq.
Broj uzoraka:Nema ograničenja na brojuuzoraka, ali vrijeme analize će se povećati kao brojuzorci raste.
Preporučeni iznos podataka:6g po uzorku

Glavna analiza

Glavna analiza i bioinformatički alati MRNA-SEQ (referenca)Cevovod je sljedeći:

1. Kontrola kvaliteta rawdata:

• Uklanjanje niskih sekvenci, nizova adaptera,itd.;

• Alati: Interno razvijeni cjevovod;

2. Usklađivanje podataka na referentni genom:

• Poravnavanje čitanje sa algoritmom svjesnim spojnimReferentni genom.

• Alati:Hisat2, Samtools

3. Analiza kvaliteta biblioteke:

• Umetnite analizu dužine, analiza zasićenja sekvence itd.;

• Alati:Samtools;

4. Analiza strukture sekvence:

• Alternativna analiza spajanja, optimizacija gene,Novel gene predviđanje itd.;

• Alati:Gudački, gffcompare, Gatk,Dijamant, Interproscan, iHmmer.

5. Analiza diferencijalnog izraza:

• DEG skrining, analiza veza, funkcionalnaobogaćivanje;

•Različiti rezultati vizualizacije;

•RsaSegseq, Deseq2, ggplot2, Dexseq

Referenca

1. Kim, Daehwan i dr. "Grafički poravnanje genoma igenotipiranje sa Himat2 i Himat-genotip. "PrirodaBiotehnologija37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron i dr. "Alat za analizu genoma: aMapReduce okvir za analizu DNK nove generacijePodaci o sekvenciranju. "Istraživanje genom20 9 (2010): 1297-303.

3 Li, Heng i sur. "Format poravnavanja / mape sekvence iSamtools. "BioInformatika25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perterea, Mihaela i dr. "Stringtie omogućava poboljšanoRekonstrukcija transkripta iz RNA-SEQ-a glasi. "PrirodaBiotehnologija33 (2015): 290-295.

5. Ljubav, Michael I. i dr. "Moderirana procjena promjene preklopa iDisperzija za RNA-SEQ podatke sa deseq2. "GenomBiologija15 (2014): n. Pag.

6. Eddy, Sean R .. "ubrzani profil HMM pretraga."Plos Računarska biologija7 (2011): n. Pag.

MRNA-SEQ (NGS) sa referentnim genom

MRNA-SEQ (NGS) sa referentnim genom

Nabavite citat

Pošaljite nam svoju poruku: