Evolucija genoma, pangenome
Šta je pan-genome?
Akumulirani dokazi pokazuju da varijanca između različitih sojeva vrste može biti ogromna. Jedan jedan genom daleko je od dovoljno da bi stekao cijelu sliku genetskih informacija o jednoj vrsti. Svrha pan-genome studije je da se postigne sveobuhvatniji genominski grafikon vrste i dekodira odnose između osobina i genetskih kodova provođenjem Genome de Novo montaže brojnih sojeva, što omogućava dublje i šire rušenje varijacija.
Trendovi studije pan-genoma
Slika 1 Trendovi objavljenih istraživačkih radova pan-genoma.
Napomena: Na slici prikazuje rezultat uzimanja "pan-genoma" kao ključnu riječ za pretraživanje naslova članaka objavljenih u časopisima prirode, ćelija i nauke
a. Čitanje iz višestrukih uzoraka usklađeno je sa referentnim i neobičnim sastavljenim u romane kontigrama. Dodavanjem ovih romana kontigrama u originalni referentni niz, referenca pangenome može se izgraditi. Dispanjske regije se određuju na osnovu mapiranja svih čitanja na pangenome.
b. DE NOVO Skupština genoma višestrukih pristupa omogućava pristupima cijele genoma za prepoznavanje nespornih genomičkih regija.
c. Grafikon paneg genu može se izgraditi iz cijelih genoma ili montaža grafikona de novo, što efikasno pohranjuje varijantne informacije o dissenzivnim regijama kao jedinstvene staze kroz grafikon.
Kako konstruirati pan-genom?
Slika 2 Usporedba pristupa pan-genoma1
a. Čitanje iz višestrukih uzoraka usklađeno je sa referentnim i neobičnim sastavljenim u romane kontigrama. Dodavanjem ovih romana kontigrama u originalni referentni niz, referenca pangenome može se izgraditi. Dispanjske regije se određuju na osnovu mapiranja svih čitanja na pangenome.
b. DE NOVO Skupština genoma višestrukih pristupa omogućava pristupima cijele genoma za prepoznavanje nespornih genomičkih regija.
c. Grafikon paneg genu može se izgraditi iz cijelih genoma ili montaža grafikona de novo, što efikasno pohranjuje varijantne informacije o dissenzivnim regijama kao jedinstvene staze kroz grafikon.
Nedavno objavljeni pane-genomi
● Pan-genomi za silovanje2
● Pan-genomi paradajz 3
● Rice Pan -Genome4
● PAN-GENGROME SUNFOLER5
● SOYBEAN PAN-GENGOME 6
● PAN - PAN-GENGOME7
● Ječam pan-genome8
● PUŠASNO PAN - GENGOME9
● Sorghum pan-genome10
● Phytoplankton pan-genome11
Referenca
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Biljni pan-genomi su nova referenca. Nat biljke. 2020; 6 (8): 914-920. Doi: 10.1038 / s41477-020-0733-0
2 pjesma JM, Guan Z, Hu J, i dr. Osam visokokvalitetnih genoma otkriva arhitekturu pan-genoma i ekotip diferencijacije Brassica Napus-a. Nat biljke. 2020; 6 (1): 34-45. Doi: 10.1038 / s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sunh H, i dr. Pan-genom od rajčice ne otkriva nove gene i rijetku alelu koji regulira ukus voća. Nat genet. 2019; 51 (6): 1044-1051. Doi: 10.1038 / s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, i dr. Pan-genome analiza ističe se opseg genomske varijacije u kultiviranom i divlju rižu [objavljena korekcija pojavljuje se u NAT geneti. 2018. avg; 50 (8): 1196]. Nat genet. 2018; 50 (2): 278-284. Doi: 10.1038 / s41588-018-0041-z
5 Hübner S, Bercovich N, Todesco M, i dr. Analiza suncokreta PAN-GENOM pokazuje da hibridizacija izmijenila je sadržaj gena i otpornost na bolesti. Nat biljke. 2019; 5 (1): 54-62. Doi: 10.1038 / s41477-018-0329-0
6. Liu y, du h, li p, et al. Pan-genom divljih i obrađenih soje. . 2020; 182 (1): 162-176.e13. Doi: 10.1016 / J.Cell.2020.05.023
7. QIN P, LU H, du H, i dr. Pan-genome analiza 33 genetski raznovrsni pristup rižinim pristupom otkriva skrivene genomske varijacije [Objavljeno na mreži ispred tiska, 2021. 25. maja]. . 2021; S0092-8674 (21) 00581-X. Doi: 10.1016 / J.Cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Gasterer G, i dr. Pan-genom ječma otkriva skrivenu zaostavštinu mutacijskog uzgoja. Priroda. 2020; 588 (7837): 284-289. Doi: 10.1038 / s41586-020-2947-8
9. Walkowiak s, gao l, monat c, i dr. Višestruki pšenični generi otkrivaju globalnu varijaciju modernog uzgoja. Priroda. 2020; 588 (7837): 277-283. Doi: 10.1038 / s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, i dr. Opsežne varijacije unutar pan-genoma obrađene i divlje sirgum [Objavljeno na mreži ispred tiska, 2021. maja 20]. Nat biljke. 2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x. Doi: 10.1038 / s41477-021-00925-x
11. Ventilator X, qiu h, han w i al. Phytoplankton Pangenome otkriva opsežni prokariotski horizontalni genski prijenos različitih funkcija. Sci Adv. 2020; 6 (18): EABA0111. Objavljeno 2020. april 29. doi: 10.1126 / sciadv.aba0111
Pošta: Jan-04-2022