Sekvenciranje transkriptoma pune dužine zasnovano na nanoporama
Sekvenciranje nanopora razlikuje se od drugih platformi za sekvenciranje po tome što se nukleotidi čitaju direktno bez sinteze DNK i generiše duga očitavanja na desetinama kilobaza. Ovo omogućava direktno čitanje transkripta u punoj dužini i rješavanje izazova u transkriptomskim studijama.
√ Niska pristranost specifična za sekvencu
√ Čitanje cDNK pune dužine za studije strukture gena
√ Potrebno je manje podataka za pokrivanje istog broja transkripata
√ Identifikacija više izoforma po genu
√ Kvantifikacija ekspresije na nivou izoforme
Tipični bioinformatički cjevovod
Najnoviji uspješni slučajevi s Biomarker tehnologijama
1. Komparativna analiza transkriptoma pune dužine otkriva dinamiku razvoja stabljike Gnetum luofuense
Časopis: Frontiers in Genetics
Objavljeno: mart 2021
Ključne riječi: MinION | Alternativno spajanje | APA | lncRNA | Diferencijalno izraženi transkripti
Pročitajte cijeli tekst
2. Jednosmjerno kretanje malih RNK od izdanaka do korijena u interspecifičnim heterograftima
Časopis: Priroda Biljke
Objavljeno: januar 2021
Ključne riječi: Nanopore | Illumina | detekcija mobilne mRNA pune dužine
3. Celokupna transkriptomska analiza korijena šparoga otkriva molekularni mehanizam tolerancije soli izazvan arbuskularnim mikoriznim gljivama
Časopis: Ekološka i eksperimentalna botanika
Objavljeno: januar 2021
Ključne riječi: MinION | Diferencijalno izraženi transkripti | Transkripcijski faktori | Alternativno spajanje
4. Promjene fizioloških karakteristika i cijeli transkriptom korijena i listova ruže (Rosa chinensis) kao odgovor na stres od suše
Časopis: Fiziologija biljaka i ćelija
Objavljeno: oktobar 2020
Ključne riječi: PromethION | Diferencijalno izraženi transkripti | Funkcionalno predviđanje | Spojene izoforme | TF i lncRNA
5. Analiza i sveobuhvatno poređenje PacBio i sekvenciranja RNA na bazi nanopora transkriptoma Arabidopsis
Časopis: Plant Method
Objavljeno: april 2020
Ključne riječi: GridION | PromethION | PacBio nastavak | Illumina NovaSeq | Poravnanje genoma | Identifikacija transkripta | Alternativno spajanje | SSR | LncRNA | Kvantifikacija izoforme
Vijesti i istaknuti detalji ima za cilj dijeljenje najnovijih uspješnih slučajeva sa Biomarker Technologies, hvatanje novih naučnih dostignuća kao i istaknutih tehnika primijenjenih tokom studije.
Vrijeme objave: Jan-08-2022