Skupština gena T2T, GAP Besplatan genom
1stDva genu riže1
Naslov: Skupština i validacija dva referentna greja za Xian / Indica Rice otkriva uvid u biljnu centromere arhitekturu
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Objavljeno vrijeme: 01. januara 2021. godine.
Institut: Huazhong Poljoprivredni univerzitet, Kina
Materijali
O. SATIVA XIAN / INDICARice sorte 'Zhenshan 97 (ZS97)' i 'Minghui 63 (MH63)
Strategija sekvenciranja
NGS glasi + HiFi Reads + CLR Reads + Bionano + Hi-C
Podaci:
ZS97: 8,34 GB (~ 23x) HiFi Reads + 48.39 GB (~ 131x) CLR Reads + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano Irska ćelija
MH63: 37,88 GB (~ 103x) HiFi Reads + 48.97 GB (~ 132x) CLR Reads + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano Irska ćelija
Slika 1 dva genu bez jaza (MH63 i ZS97)
2ndBanana genom2
Naslov: Telomere-to-telomere bez glika bez banane koristeći nanopore sekvenciranje
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Objavljeno vrijeme: 17. aprila 2021. godine.
Institut: Université Paris-Saclay, Francuska
Materijali
Dvostruki haploidMusa AcuminataSPPMalaccensis(DH-Pahang)
Strategija i podaci o sekvenciranju:
HISEQ2500 PE250 režim + minion / promecija (93GB, ~ 200x) + optička karta (DLE-1 + BSPQ1)
Tabela 1 Poređenje Musa AcuMimilata (DH-Pahang) Genuma sklopova
Slika 2 Usporedba arhitekture GENOMES MUSA
3rdPhaeodactylum trikornutum genome3
Naslov: Skupština genome-to-telomere-aP
haeodactylum trikornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Vrijeme objavljenog: 04. maja 2021. godine
Institut: Zapadni univerzitet, Kanada
Materijali
Phaeodactylum trikornutum(Kolekcija kulture algi i protozoa CCAP 1055/1)
Strategija i podaci o sekvenciranju:
1 Oxford Nanopore MinIon protočna ćelija + A 2 × 75 upareni sredinom srednjeg izlaza Sledecseq 550 Run
Slika 3 Tijek rada za skupštinu genome-to-telomere
4thHuman CHM13 genom4
Naslov: Kompletan niz ljudskog genoma
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Objavljeno vrijeme: 27. maja 2021. godine
Institut: Nacionalni instituti za zdravlje (NIH), SAD
Materijali: Cell Line CHM13
Strategija i podaci o sekvenciranju:
30 × PACBIO kružno sekvenciranje konsenzusa (HIFI), 120 × Oxford Nanopore ultra-dugim pročišćenim sekvenciranjem, 100 × Illumina PCR-Free Sequing (ILMN), 70 × ILLUMINA / ARIMA GENOMICS HI-C (HI-C), Bionano optičke karte, i Strand-Seq
Tabela 2 Usporedba GRCH38 i T2T-CHM13 sklopova ljudskog genoma
Referenca
1.Sergey Nurk et al. Potpuni niz ljudskog genoma. Biorxiv 2021.05.26.445798; Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser i dr. Telomere-to-telomere bez griznih kromosoma banane koristeći seropore sekvenciranje. Biorxiv 2021.04.16.440017; Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere i dr. Skupština genome-to-telomere-a faeodactylum trikornututum. Biorxiv 2021.05.04.442596; Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-ming pjesma i sur. Skupština i validacija dva referentna genoma bez jaza za Xian / Indica Rice otkriva uvid u biljnu Centromere Architecture. Biorxiv 2020.12.24.424073; Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Pošta: Jan-06-2022