TransIcription
priroda
Komunikacije
Karakterizacija transkripta u punoj dužini u kroničnoj limfocicijskoj leukemiji otkriva smanjenje zadržanih intronsa
Transkripti u punoj dužini | Nanopore sekvenciranje | Alternativna analiza ISOFORM-a
Pozadina
SOmotitske mutacije u faktoru spajanja SF3B1 široko se prijavljuje sa raznim karcinomijom, uključujući hroničnu limfocitnu leukemiju (CLL), uveal melanoma, rak dojke, itd. Pored toga, prekrasno pročitane pročitane su otkrile aberante uzorke spajanja po narudžbi. Međutim, studije o tim alternativnim obrascima spajanja dugo su ograničene na nivo događaja i nedostatak znanja o nivou izoforma zbog ograničenja kratkog čitanja transkripta. Ovdje je uvedena platforma za sekvenciranje Nanopore za generiranje transkripti u punoj dužini, koji su osnažili inverzigiju kao izoform.
Eksperimentalni dizajn
Eksperimenti
Grupisanje:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E mutacija); 3. Normalne B-ćelije
Strategija sekvenciranja:Minion 2D biblioteka za biblioteku, Prometion 1D Biblioteka; Podaci s kratkim čitanjem iz istih uzoraka
Platforma sekvenciranja:Na Minion; Na prometu;
Bioinformatska analiza
Rezultati
AUkupno 257 miliona glasa generirano je iz 6 CLL uzoraka i 3 B-ćelije. U prosjeku 30,5% ovih čitanja identificirane su kao transkripti u punoj dužini.
FULL-duljina alternativna ISOFORM analiza RNA (Flair) razvijena je za generiranje skupa visokog povjerenja Izoform. Flarom se može sažeti kao:
NAnopore čita usklađivanje: identificirati opću transkriptu zasnovana na referentnom genom;
SIspravljanje spojne ploče: Ispravne pogreške u nizu (crveno) sa lokalitetom SPLICE-a s ili napomene introne, introns iz podataka kratkog čitanja ili oba;
COlapse: Rezimirajte predstavnike ISOFORMS na bazi spajanja spojnih lanca (prvoplasni set). Odaberite Visoko pouzdanje ISOFROM na temelju broja pratećih glasa (prag: 3).
Slika 1. Flair analiza za prepoznavanje punog leprnog izoforma povezanih sa mutacijom SF3B1 u CLL-u
FLAIR je identificirao 326.699 visokopouzdanja i izoforma, od kojih su 90% romana ISOFORMS. Većina tih neotkrivenih izoformama otkriveno je da su nove kombinacije poznatih spojnih junaka (142.971), dok su ostali roman izoformi sadržavali ili zadržali uvod (21.700) ili roman (3594).
LONG-Pročitajte sekvence omogućava identifikaciju Mutant SF3B1-K700E -ALterednih mjesta za spajanje na nivou izoforma. Otkriveno je 35 alternativa 3-sustava i 10 alternativnih 5-sustava koji su značajno različito spajali između SF3B1-K700E i SF3B1-WT. 33 od 35 promjena novootkrivene su dugotrajne sekvence. U nanopore podacima, raspodjela udaljenosti između 3-malena izmijenjenih 3-inonskim mjestima izmijenjena je oko -20 BP, što je značajno razlikovalo od kontrolne distribucije, slično onome što je prijavljeno u CLL-u u CLL-u. Analizirani su isoformi gena ERGIC3, gdje je roman ISOFORM koji sadrži proksimalnu lokaciju Splice pronađena je više obilnija u SF3B1-K700e. I proksimalni i distalni 3-suci bili su povezani s razloženim kao uzorcima koji generiraju višestruki izoformi.
Slika 2. Alternativni obrasci za spajanje od 3 "identificirani s podacima o nanoporistima
Analiza upotrebe IR događaja dugo je ograničena u analizi zasnovanu na kratkotrajnom stanju zbog povjerenja u IR identifikaciju i kvantifikaciju. Izraz IS ISOforma u SF3B1-K700E i SF3B1-WT kvantificirani su na temelju Nanopore sekvenci, otkrivajući globalnu regulaciju IR ISOformama u SF3B1-K700e.
Slika 4. Intenzitet poljoprivrede i mrežna povezanost u tri poljoprivredna sistema (A i B); Nasumična analiza šuma (c) i odnos između intenziteta poljoprivrede i kolonizacije AMF (D)
Slika 3. Intron Iznajmljivanje događaji su snažniji regulirani u CLL SF3B1-K700E
Tehnologija
Nanopore dugotrajno sekvenciranje
NSekviranje Anopore-a je jedna molekula tehnologija sekvenciranja električnih signala u stvarnom vremenu.
DOuble-nasukana DNK ili RNA vezani će se za nanoporozni protein ugrađeni u biofilm i odmotavajući pod vodstvom motornih proteina.
DNa / RNA Strands prolazi kroz protein nanopore kanala na određenu stopu pod djelovanjem razlike napona.
MOlecules generiraju različite električne signale u skladu sa hemijskom strukturom.
ROtkrivanje sekvencija EAL-a postiže se pozivom na bazu.
Performanse redovnog sekvenciranja transpactipta
√ Zasićenje podataka
7-preklopno manje glasi potrebno je dostići uporedivu zasićenost podataka.
√ Identifikacija strukture transkripta
Identifikacija različitih strukturnih varijanti sa konsenzusom čitavog čitanja svakog transkripta
√ Diferencijalna analiza nivoa transkripta -Revealne promjene skrivene kratkom čitanjem
Referenca
Tang ad, Soulette CM, Baren MJV, i dr. Karakterizacija transkripta u punoj dužini u kroničnoj limfocicičkoj leukemiji otkriva dolje regulaciju zadržanih intronsa [j]. Priroda komunikacije.
Tehniš i istaknuti Ciljevi na dijeljenje najnovije uspješne primjene različitih tehnologija sekvenciranja visokog protoka u raznim rezolucijama Arene, kao i sjajne ideje u eksperimentalnom dizajnu i rudarstvu podataka.
Pošta: Jan-08-2022