Složene i varijabilne alternativne izoforme u organizmima su važni genetski mehanizmi za regulaciju ekspresije gena i raznolikosti proteina. Precizna identifikacija struktura transkripta je osnova za dubinsko proučavanje obrazaca regulacije ekspresije gena. Platforma za sekvenciranje nanopora uspješno je dovela transkriptomsku studiju na nivo izoforme. Ova platforma za analizu je dizajnirana da analizira RNA-Seq podatke generisane na Nanopore platformi na osnovu referentnog genoma, čime se postižu kvalitativne i kvantitativne analize kako na nivou gena tako i na nivou transkripta.
