Nanopore Transkriptom pune dužine

Sekvenciranje transkriptoma nanopore je moćna metoda za sekvencioniranje cDNK pune dužine, precizno identificiranje i kvantificiranje izoformi transkripta. BMKCloud Nanopore Transcriptome Pipeline pune dužine dizajniran je za analizu RNA-Seq podataka generiranih na Nanopore platformi u odnosu na visokokvalitetni dobro označen referentni genom, pružajući kvalitativnu i kvantitativnu analizu na nivou gena i transkripta. Nakon kontrole kvaliteta, dobijaju se nehimerne (FLNC) sekvence pune dužine i konsenzus sekvence se mapiraju u referentni genom kako bi se uklonili suvišni transkripti. Iz ovog skupa transkripta, ekspresija se kvantificira, a različito eksprimirani geni i transkripti su identificirani i funkcionalno označeni. Cijev također uključuje analizu alternativne poliadenilacije (APA), analizu alternativnog spajanja, analizu ponavljanja jednostavne sekvence (SSR), predviđanje lncRNA i odgovarajućih ciljeva, predviđanje kodirajućih sekvenci (CDS), analizu porodice gena, analizu faktora transkripcije, predviđanje novih gena i funkcionalno označavanje transkripata.