Transkriptom je veza između genomske genetske informacije i proteoma biološke funkcije. Regulacija nivoa transkripcije je najvažniji i najšire proučavan način regulacije organizama. Sekvenciranje transkriptoma može sekvencirati transkriptom u bilo kom trenutku ili pod bilo kojim uslovima, sa rezolucijom tačnom na jedan nukleotid. Može dinamički odražavati nivo transkripcije gena, istovremeno identifikovati i kvantificirati retke i normalne transkripte i pružiti strukturne informacije o uzorak specifičnih transkripata.
Trenutno se tehnologija sekvenciranja transkriptoma naširoko koristi u agronomiji, medicini i drugim istraživačkim poljima, uključujući regulaciju razvoja životinja i biljaka, adaptaciju životne sredine, imunološku interakciju, lokalizaciju gena, genetsku evoluciju vrsta i otkrivanje tumora i genetskih bolesti.
