mRNA-seq (NGS) – De novo

Sekvenciranje mRNA omogućava profilisanje svih transkripata mRNA u ćelijama pod specifičnim uslovima i široko je korišćena tehnologija u različitim istraživačkim oblastima. BMKCloud De novo mRNA-seq cevovod je dizajniran da analizira biblioteke sekvencioniranja obogaćenih poli-A kada referentni genom nije dostupan. Cjevovod počinje kontrolom kvaliteta, a zatim slijedide novosastavljanje transkripta i izbor unigenog seta. Analiza unigene strukture predviđa kodirajuću sekvencu (CDS) i ponavljanje jednostavne sekvence (SSR). Nakon toga, analiza diferencijalne ekspresije pronalazi različito izražene gene (DEG) među testiranim uslovima, nakon čega slijedi funkcionalna anotacija i obogaćivanje DEG-ova kako bi se izvukli biološki uvidi.