Sklop genoma zasnovan na Hi-C
Hi-C je metoda dizajnirana da uhvati konfiguraciju hromozoma kombinacijom sondiranja interakcija zasnovanih na blizini i sekvenciranja visoke propusnosti. Vjeruje se da je intenzitet ovih interakcija u negativnoj korelaciji s fizičkom udaljenosti na hromozomima. Stoga se Hi-C podaci koriste za vođenje grupiranja, reda i orijentacije sklopljenih sekvenci u nacrtu genoma i sidrenja tih na određeni broj hromozoma. Ova tehnologija osnažuje sklop genoma na nivou hromozoma u odsustvu genetske mape zasnovane na populaciji. Svaki pojedinačni genom treba Hi-C.
Service Features
● Sekvenciranje na Illumina NovaSeq sa PE150.
● Usluga zahteva da uzorci tkiva, umesto ekstrahovanih nukleinskih kiselina, budu povezani sa formaldehidom i očuvaju interakcije DNK-protein.
● Hi-C eksperiment uključuje restrikciju i popravku ljepljivih krajeva biotinom, nakon čega slijedi cirkularizacija rezultirajućih tupih krajeva uz očuvanje interakcija. DNK se zatim povlači zrncima streptavidina i pročišćava za kasniju pripremu biblioteke.
Prednosti usluge
Pregled Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Nauka, 2009)
●Uklanjanje potrebe za podacima o genetskoj populaciji:Hi-C zamjenjuje bitne informacije potrebne za kontig sidrenje.
●Visoka gustina markera:što dovodi do visokog omjera sidrenja kontiga iznad 90%.
●Opsežna evidencija o stručnosti i publikacijama:BMKGene ima veliko iskustvo sa više od 2000 slučajeva sklopa Hi-C genoma iz 1000 različitih vrsta i raznih patenata. Preko 200 objavljenih slučajeva ima akumulativni faktor uticaja od preko 2000.
●Visokokvalificirani bioinformatički tim:sa internim patentima i softverskim autorskim pravima za Hi-C eksperimente i analizu podataka, softver za vizualizaciju podataka koji je sam razvio omogućava ručno pomeranje blokova, preokretanje, opozivanje i ponavljanje.
●Postprodajna podrška:Naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima.
●Comprehensive Annotation: koristimo više baza podataka da funkcionalno označimo gene sa identifikovanim varijacijama i izvršimo odgovarajuću analizu obogaćivanja, pružajući uvid u više istraživačkih projekata.
Specifikacije usluge
| Priprema biblioteke | Strategija sekvenciranja | Preporučeni izlaz podataka | Kontrola kvaliteta |
| Hi-C biblioteka | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Zahtjevi za uzorke
| Tkivo | Potreban iznos |
| Animal Viscera | ≥ 2 g |
| Animal Muscle | |
| Mammalian Blood | ≥ 2 mL |
| Krv peradi/riblje | |
| Biljka - svježi list | ≥ 3 g |
| Cultured Cells | ≥ 1x107 |
| Insect | ≥ 2 g |
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1) QC sirovih podataka
2) Hi-C biblioteka QC: procjena važećih Hi-C interakcija
3) Hi-C sklop: grupisanje kontiga u grupe, praćeno redosledom kontiga unutar svake grupe i dodeljivanjem orijentacije kontiga
4) Hi-C evaluacija
Hi-C biblioteka QC – procena Hi-C validnih interakcijskih parova
Hi-C Assembly – statistika
Procjena nakon sklapanja – toplotna mapa intenziteta signala između binova
Istražite napredak koji omogućavaju BMKGene-ove Hi-C usluge montaže kroz odabranu kolekciju publikacija.
Tian, T. et al. (2023) 'Sastavljanje genoma i genetska disekcija istaknute germplazme kukuruza otporne na sušu', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), str. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Skup hromozomske skale genoma azijske pčele Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, str. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Otkrivanje evolucije biosinteze tropan alkaloida analizom dva genoma u porodici Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), str. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomi stabla Banyan i osa oprašivača pružaju uvid u koevoluciju smokve i ose', Cell, 183(4), str. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
