Interakcija hromatina na bazi Hi-C
Service Features
● Sekvenciranje na Illumina NovaSeq sa PE150.
● Usluga zahteva da uzorci tkiva, umesto ekstrahovanih nukleinskih kiselina, budu povezani sa formaldehidom i očuvaju interakcije DNK-protein.
● Hi-C eksperiment uključuje restrikciju i popravku ljepljivih krajeva biotinom, nakon čega slijedi cirkularizacija rezultirajućih tupih krajeva uz očuvanje interakcija. DNK se zatim povlači zrncima streptavidina i pročišćava za kasniju pripremu biblioteke.
Prednosti usluge
●Optimalni dizajn restrikcijskih enzima: kako bi se osigurala visoka Hi-C efikasnost na različitim vrstama sa do 93% validnih interakcijskih parova.
●Opsežna evidencija o stručnosti i publikacijama:BMKGene ima ogromno iskustvo sa >2000 Hi-C projekata sekvenciranja od 800 različitih vrsta i raznih patenata. Preko 100 objavljenih slučajeva sa akumulativnim faktorom uticaja od preko 900.
●Visokokvalificirani bioinformatički tim:s vlastitim patentima i softverskim autorskim pravima za Hi-C eksperimente i analizu podataka i softver za vizualizaciju podataka koji je sam razvio.
●Postprodajna podrška:Naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima.
●Comprehensive Annotation: koristimo više baza podataka da funkcionalno označimo gene sa identifikovanim varijacijama i izvršimo odgovarajuću analizu obogaćivanja, pružajući uvid u više istraživačkih projekata.
Specifikacije usluge
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Preporučeni izlaz podataka | Hi-C rezolucija signala |
| Hi-C biblioteka | Illumina PE150 | Kromatinska petlja: 150x TAD: 50x | Kromatinska petlja: 10Kb TAD: 40Kb |
Zahtjevi za uslugu
| Tip uzorka | Potreban iznos |
| Životinjsko tkivo | ≥2g |
| Cela krv | ≥2mL |
| Gljive | ≥1g |
| Biljka- mlado tkivo | 1g/alikvot, preporučuje se 2-4 alikvota |
| Cultured Cells | ≥1x107 |
Uključuje sljedeću analizu:
● QC sirovih podataka;
● Mapiranje i Hi-C biblioteka QC: važeći parovi interakcije i eksponenti raspadanja interakcije (IDE);
● Profiliranje interakcije na nivou genoma: cis/trans analiza i Hi-C interakcijska mapa;
● Analiza raspodjele A/B odjeljka;
● Identifikacija TAD-ova i hromatinskih petlji;
● Diferencijalna analiza elemenata 3D strukture hromatina među uzorcima i odgovarajuća funkcionalna oznaka pridruženih gena.
Cis i trans proporcionalna distribucija
Toplotna karta hromozomskih interakcija između uzoraka
Distribucija A/B odjeljaka u cijelom genomu
Distribucija kromatinskih petlji u cijelom genomu
Vizualizacija TAD-ova
Istražite napredak u istraživanju koji omogućava BMKGene-ove Hi-C usluge sekvenciranja kroz odabranu kolekciju publikacija.
Meng, T. et al. (2021) 'Uporedna integrisana multi-omika analiza identifikuje CA2 kao novu metu za hordome',Neuro-Oncology, 23(10), str. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) '3D dezorganizacija i preuređenje genoma pružaju uvid u patogenezu NAFLD integriranim Hi-C, Nanopore i RNA sekvenciranjem',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), str. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
