De novo gljiviljsko montaža genoma
Bmkgene nudi svestrana rješenja za gljivične genome, ugostiteljstvo za različite potrebe za istraživanjem i željenu cjelovitost genoma. Upotrebljavanje samog čitanja iluminalnog sekvenciranja omogućava generaciju nacrta genoma. Kratko čitanje i dugotrajno sekvenciranje pomoću Nanopore ili Pacbio-a kombiniraju se za rafiniraniji gljivični genom sa dužim kontigrama. Štaviše, integrirajući HI-C sekvenciranje dodatno poboljšava mogućnosti, omogućavajući postizanje potpunog genoma na nivou kromodoza.
Servisne karakteristike
Sa tri moguća opcija za odabir iz ovisno o željenom stupnju genome kompletnosti:
● Nacrt opcije genoma: Skraćeno sekvenciranje sa iluminom Novaseq PE150.
● Opcija gljivične fine genome:
Anketa o genomu: Illumina Novaseq PE150.
Skupština gena: Pacbio Revio (HiFi čita) ili Nanopore Prometion 48.
● Gljivični gljivični genom:
Anketa o genomu: Illumina Novaseq PE150.
Skupština gena: Pacbio Revio (HiFi čita) ili Nanopore Prometion 48.
Contig sidrenje sa hi-C sklopom.
Prednosti usluge
●Dostupne su višestruke strategije sekvenciranja: Za različite istraživačke ciljeve i zahteve potpunosti genoma
●Kompletan tijek bioinformatike:To uključuje skupštinu genoma i predviđanje više genskih elemenata, funkcionalne napomene gena i sidrenje kontigrama.
●Opsežna ekspertiza: Sa sklopljenim preko 12.000 mikrobnih genoma, donosimo deceniju iskustva, visoko kvalificiranog tima za analizu, sveobuhvatan sadržaj i izvrsnu podršku nakon prodaje.
●Podrška za post-prodaja:Naša posvećenost se pruža izvan završetka projekta sa tromjesečnim periodom usluge nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekata, rešavanje problema i rješavanje problema i pitanja za rješavanje bilo kakvih upita u vezi s rezultatima.
Servisne specifikacije
| Servis | Strategija sekvenciranja | Kontrola kvaliteta |
| Nacrt genoma | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Fini genom | Istraživanje genu: Illumina PE150 50 x Skupština: PACBIO HIFI 30X ili NANOPORE 100X | Contig N50 ≥1MB (Pacbio jednoćelijski) CONTIG N50 ≥2MB (on onicelularno) CONTIG N50 ≥500KB (ostalo) |
| Hromosomski genom | Istraživanje genu: Illumina PE150 50 x Skupština: PACBIO HIFI 30X ili NANOPORE 100X Hi-C Skupština 100x | Omjer sidrenja kontig> 90%
|
Službeni zahtevi
| Koncentracija (NG / μl) | Ukupni iznos (μg) | Volumen (μl) | OD260 / 280 | OD260 / 230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Jednoćelijska gljivica: ≥3.5x1010 ćelije
MACRO FUNGUS: ≥10 g
Servisni protok rada
Dostava uzoraka
Građevinarstvo biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
Istraživanje gena:
- Rezidencija Kontrola kvaliteta podataka
- Procjena genomena: veličina, heterozigoznost, ponavljajući elementi
Skupština finog genoma:
- Rezidencija Kontrola kvaliteta podataka
- De novoMontaža
- Analiza komponente genoma: Predviđanje CD-a i više genumskih elemenata
- Funkcionalna napomena s više općih baza podataka (GO, Kegg, itd.) I Napredne baze podataka (kartica, VFDB itd.)
Hi-C Skupština:
- HI-C biblioteka procjena.
- Kontigs sidrenje klasteriranje, naručivanje i orijentacija
- Evaluacija hi-C sklopa: Na osnovu referentnog genoma i topline karte
Anketa o genomu: K-MER distribucija
Skupština gena: Gene homologna napomena (NR baza podataka)
Genome montaža: Funkcionalna napomena gena (Go)
Istražite napredak koji su omogućile usluge montažne skupštine Gbounskog gena Bmkgene kroz kustornu kolekciju publikacija.
Hao, J. i dr. (2023) 'Integrisani OMIC profiliranje ljekovitog gljiva Inonotus Obliquus pod potopnim uvjetima',BMC genomics, 24 (1), str. 1-12. Doi: 10.1186 / s12864-023-09656-z / figure / 3.
Lu, L. i dr. (2023) 'Sekving genoma otkriva evoluciju i patogene mehanizme pšeničnog oštarskog usna patogena rizoctonia Cerelis',Časopis za usjeve, 11 (2), str. 405-416. Doi: 10.1016 / J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. i dr. (2023) 'Resursi genoma za četiri Clarireedia Vrste izazivajući dolar na raznolikim turfgrasima',Biljna bolest, 107 (3), str. 929-934. Doi: 10.1094 / PDIS-08-22-1921-a
Zhang, SS et al. (2023) 'genetski i molekularni dokazi tetrapolarnog sistema parenja u jestivoj gljivi Grifola Frondosa',Journal of Fungi, 9 (10), str. 959. DOI: 10.3390 / JOF9100959 / S1.
