Sekveniranje mRNA pune dužine-Nanopore
Karakteristike
● Hvatanje poli-A mRNA nakon čega slijedi sinteza cDNK i priprema biblioteke
● Redosled transkripata pune dužine
● Bioinformatička analiza zasnovana na usklađivanju sa referentnim genomom
● Bioinformatička analiza uključuje ne samo ekspresiju na nivou gena i izoforme, već i analizu lncRNA, fuzije gena, poliadenilacije i strukture gena
Prednosti usluge
●Kvantifikacija ekspresije na nivou izoforme: omogućava detaljnu i tačnu analizu ekspresije, otkrivajući promjenu koja se može prikriti kada se analizira cjelokupna ekspresija gena
●Smanjeni zahtjevi za podacima:U poređenju sa sekvenciranjem sledeće generacije (NGS), Nanopore sekvenciranje pokazuje niže zahteve za podacima, omogućavajući ekvivalentne nivoe zasićenosti kvantifikacije genske ekspresije sa manjim podacima.
●Veća preciznost kvantifikacije izraza: i na nivou gena i na nivou izoforme
●Identifikacija dodatnih transkriptomskih informacija: alternativna poliadenilacija, geni fuzije i lcnRNA i njihovi ciljni geni
●Extensive Expertise: Naš tim donosi bogato iskustvo u svaki projekat, nakon što je završio preko 850 Nanopore projekata pune dužine transkriptoma i obradio preko 8.000 uzoraka.
●Podrška nakon prodaje: naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
| Poly A obogaćen | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Prosječna ocjena kvalitete: Q10 |
Uzorci zahtjeva:
nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥7,0; Za životinje: RIN≥7,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● Životinja:
SRCE ili crijeva: 300 mg
Viscera ili mozak: 240 mg
Mišići: 450 mg
Kosti, kosa ili koža: 1 g
● Artropodi:
Insekti: 6g
Rakovi: 300 mg
● Puna krv: 1 cijev
● Ćelije: 106 ćelije
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa+replikacija npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
pošiljka:
1. Suhi led: Uzorci se moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
2. RNK stabilne epruvete: Uzorci RNK se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tok rada usluge
nukleotidi:
Isporuka uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Tok rada usluge
tkivo:
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
● Obrada sirovih podataka
● Identifikacija transkripta
● Alternativno spajanje
● Kvantifikacija ekspresije na nivou gena i nivou izoforme
● Analiza diferencijalnog izraza
● Napomene i obogaćivanje funkcija (DEG i DET)
Alternativna analiza spajanja
Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
lncRNA predviđanje
Anotacija novih gena
Grupiranje DET-ova
Protein-proteinske mreže u DEG
Istražite napredak koji omogućava BMKGene-ova Nanopore usluga sekvenciranja mRNA pune dužine kroz odabranu kolekciju publikacija.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetska i transkripcijska aktivacija sekretorne kinaze FAM20C kao onkogena u gliomu', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), str. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Sekvenciranje transkriptoma pune dužine limfocita koji reaguju na IFN-γ otkriva Th1-iskrivljen imuni odgovor kod iverke (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, str. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Komparativna analiza PacBio i ONT metoda sekvenciranja RNA za identifikaciju otrova Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), str. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq analiza otkriva različite funkcionalne tendencije između egzosoma i mikrovezikula izvedenih iz hUMSC', Istraživanje i terapija matičnih ćelija, 14(1), str. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
