Sekvenciranje eukariotske mRNA-NGS
Karakteristike
● Hvatanje poli mRNA prije pripreme biblioteke
● Opciona priprema biblioteke usmerene mRNA da bi se omogućilo dobijanje podataka o sekvenciranju specifičnih za lanac
● Bioinformatička analiza ekspresije gena i strukture transkripta
Prednosti
●Extensive Expertise: Naš tim je obradio preko 600.000 uzoraka u BMKgene, koji obuhvataju različite tipove uzoraka kao što su kulture ćelija, tkiva i telesne tečnosti. Donosimo bogato iskustvo u svaki projekat i uspješno smo završili preko 100.000 mRNA-Seq projekata u različitim istraživačkim domenima.
●Rigorozna kontrola kvaliteta: Implementiramo ključne kontrolne tačke u svim fazama, od pripreme uzoraka i biblioteke do sekvenciranja i bioinformatike. Ovaj pedantan nadzor osigurava isporuku konzistentno visokokvalitetnih rezultata, uvjeravajući vas da je vaš projekt u pouzdanim rukama.
●Comprehensive Annotation: Koristimo više baza podataka da funkcionalno označimo Diferencijalno izražene gene (DEG) i izvršimo odgovarajuće analize obogaćivanja. Ovaj sveobuhvatni pristup pruža uvid u ćelijske i molekularne procese koji su u osnovi odgovora transkriptoma, osiguravajući da ste potpuno informirani o rezultatima vašeg projekta.
●Podrška nakon prodaje: Naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
| Poly A obogaćen | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Uzorci zahtjeva:
nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet | |
| Standard Library | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥4.0; Za životinje: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
| Directional Library | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥4.0; Za životinje: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
●životinja:
SRCE ili crijeva: 300 mg
Viscera ili mozak: 240 mg
Mišići: 450 mg
Kosti, kosa ili koža: 1 g
● Artropodi:
Insekti: 6g
Rakovi: 300 mg
● Puna krv: 1 cijev
● Ćelije: 106 ćelije
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa+replikacija npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.....
pošiljka:
1. Suhi led: Uzorci se moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
2. RNK epruvete: Uzorci RNK se mogu osušiti u RNK stabilizacijskoj cijevi (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
Eukariotski tok rada analize sekvenciranja mRNA
Bioinformatika
ØKontrola kvaliteta sirovih podataka
ØReferentno poravnanje genoma
ØAnaliza strukture transkripta
ØKvantifikacija izraza
ØAnaliza diferencijalnog izraza
ØAnotacija i obogaćivanje funkcija
Referentno poravnanje genoma
Zasićenost podataka
Korelacija uzoraka i procjena bioloških replika
Diferencijalno izraženi geni (DEG)
Funkcionalna anotacija DEG-ova
Funkcionalno obogaćivanje DEG
Istražite napredak koji omogućava BMKGene-ove usluge sekvenciranja eukariotske NGS mRNA kroz odabranu kolekciju publikacija.
Huang, L. et al. (2023) 'Triklosan i triklokarban slabe mirisni kapacitet zlatnih ribica ograničavanjem prepoznavanja mirisa, ometanjem transdukcije mirisnog signala i ometanjem obrade olfaktornih informacija', Water Research, 233, str. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus otima ljudski p11 kako bi preusmjerio fagosome koji sadrže gljivice na nedegradativni put', Cell Host & Microbe, 31(3), str. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP faktori transkripcije uključeni u razvoj izdanaka bambusa (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, str. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Genom Chrysanthemum lavandulifolium i molekularni mehanizam koji leži u osnovi različitih tipova kapitula', Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'Kaskadni nanoreaktor za poboljšanje sonodinamičke terapije kolorektalnog karcinoma putem sinergističkog povećanja ROS-a i blokade autofagije', Nano Today, 49, str. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
