DNK / RNA sekvenciranje -Pacbio sekvencer
Karakteristike
Dva načina sekvenciranja na PACBIO sekvenčeru: kontinuirano dugotrajno čitanje (CLR) i kružni konsenzus (CCS)
| Način sekvenciranja | Veličina biblioteke | Teorijski podaciPrinos (po ćeliji) | JednosobanTačnost | Aplikacije |
| CLR | 20kb, 30kb, itd. | 80 GB do 130 GB | Cca. 85% | De novo, SV poziva, itd. |
| CCS | 15-20 KB | 14 do 40 GB / ćelija (nastavak II) 70 do 110 GB / ćelija (Revio) Ovisi o uzorcima | Cca. 99% | De novo, SNP / Indel / Sv zove, ISO-SEQ, |
Poređenje performansi i karakteristika revija i nastavka II
| Uvjeti | Sistem Sequel II | Revionski sistem | Povećanje |
| Veća gustina | 8 miliona ZMWS | 25 miliona ZMWS | 3x |
| Nezavisna faza | 1 | 4 | 4x |
| Kraća vremena trčanja | 30 sati | 24 sata | 1,25x |
| 30x HiFi ljudski genomi / godina | 88 | 1.300 | 15x ukupno |
Prednosti usluge
● Preko 8 godina iskustva na platformi za sekvenciranje PACBIO sa hiljadama zatvorenih projekata sa raznim vrstama.
● Potpuno opremljen najnovijim PACBIO sekvenciranjem platformi, Revite da garantuju dovoljna protoka sekvenciranja.
● Brže vreme, veće prinose podataka i precizniji podaci.
● Doprinosilo je stotinama publikacija na bazi visokog udarca.
Uzorni zahtjevi
| Vrsta uzorka | Iznos | Koncentracija (QUbit®) | Zapremina | Čistoća | Drugi |
| Genomski DNK | Ovise o zahtjevu podataka | ≥50 NG / μl | ≥15μL | OD260 / 280 = 1,7-2,2; OD260 / 230 = 1,8-2,5; Jasan vrh na 260 Nm,Nema kontaminacije | Koncentracija treba mjeriti qubit i qubit / nanopore = 0,8-2,5 |
| Ukupna RNA | ≥1,2μg | ≥120 NG / μl | ≥15μL | OD260 / 280 = 1,7-2,5; OD260 / 230 = 0,5-2,5;Nema kontaminacije | Vrijednost RIN ≥7.5 5≥28S / 18s≥1 |
Servisni tijek rada
Priprema uzorka
Građevinarstvo biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Dostava projekata
1.Nospostojeći prinos podataka
Podaci generirani od 63 CCS ćelija (od 26 vrsta)
| Podaci-Pacbio-CCS-15 KB | Prosjek | Max | Min | Medijan |
| Prinos - subredovi (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymerase N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144,689 |
| Subreads n50 | 17,509 | 23,924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Prosječna dužina-polimeraza | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Prosječne duljine-subreda | 15.866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Prosječna dužina-ccs | 14,489 | 19.074 | 8,575 | 14,655 |
Podaci generirani od 16 CLR ćelija (od 76 vrsta)
| DATA-PACBIO-CLR-30KB | Prosjek | Max | Min | Medijan |
| Prinos - subredovi (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polymerase N50 | 39.456 | 121,191 | 15.389 | 35.231 |
| Subreads n50 | 28.490 | 41,012 | 14.430 | 29,063 |
| Prosječna dužina-polimeraza | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21.555 |
| Prosječne duljine-subreda | 17,720 | 27.225 | 8.293 | 17,779 |
2.Data QC - DemoStatistika o prinosu podataka
| Uzorak | CCS čita broj | Ukupne osnove CCS (BP) | CCS čita N50 (BP) | CCS znači dužinu (BP) | CCS najduže čitanje (BP) | Osnove subreda (BP) | CCS stopa (%) |
| Pb_bmkxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
