Sekvenciranje mRNA pune dužine -PacBio
Karakteristike
● Sinteza cDNK iz poli-A mRNA nakon čega slijedi priprema biblioteke
● Sekvenciranje u CCS režimu, generisanje HiFi čitanja
● Redosled transkripata pune dužine
● Za analizu nije potreban referentni genom; međutim, može se koristiti
● Bioinformatička analiza omogućava analizu transkripata izoforme lncRNA, fuzije gena, poliadenilacije i strukture gena
Prednosti usluge
●Visoka preciznost: HiFi očitava sa preciznošću >99,9% (Q30), uporedivo sa NGS
● Analiza alternativnog spajanja: sekvenciranje cjelokupnih transkripata omogućava identifikaciju i karakterizaciju izoforme
●Extensive Expertise: sa dosadašnjom evidencijom završetka preko 1100 PacBio projekata pune dužine transkriptoma i obradom preko 2300 uzoraka, naš tim donosi bogato iskustvo u svaki projekat.
●Podrška nakon prodaje: naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
| PolyA obogaćena mRNA CCS biblioteka | PacBio nastavak II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Uzorci zahtjeva:
nukleotidi:
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● Životinja:
SRCE ili crijeva: 300 mg
Viscera ili mozak: 240 mg
Mišići: 450 mg
Kosti, kosa ili koža: 1 g
● Artropodi:
Insekti: 6g
Rakovi: 300 mg
● Puna krv: 1 cijev
● Ćelije: 106 ćelije
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥7,5; Za životinje: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
Preporučena dostava uzorka
Kontejner: 2 ml epruveta za centrifugiranje (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa+replikacija npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
pošiljka:
1. Suhi led: Uzorci se moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
2. RNK stabilne epruvete: Uzorci RNK se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola kvaliteta sirovih podataka
● Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
● Analiza fuzionog transkripta
● Analiza alternativnog spajanja
● Benchmarking Universal Single-Copy Orthologis (BUSCO) analiza
● Nova analiza transkripta: predviđanje kodirajućih sekvenci (CDS) i funkcionalna anotacija
● lncRNA analiza: predviđanje lncRNA i ciljeva
● mikrosatelitska identifikacija (SSR)
BUSCO analiza
Alternativna analiza spajanja
Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
Funkcionalna bilješka transkripata romana
Istražite napredak koji omogućava BMKGene-ov Nanopore servis sekvenciranja mRNA pune dužine u ovoj istaknutoj publikaciji.
Ma, Y. et al. (2023) 'Komparativna analiza PacBio i ONT metoda sekvenciranja RNA za identifikaciju otrova Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), str. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Razvojna dinamika transkriptoma stabljike Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), str. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dinamične promjene u sadržaju askorbinske kiseline tokom razvoja ploda i zrenja Actinidia latifolia (plodna kultura bogata askorbatom) i pridruženi molekularni mehanizmi', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), str. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Efektivno predviđanje gena biosintetskog puta uključenih u bioaktivne polifiline u Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), str. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinirana PacBio Iso-Seq i Illumina RNA-Seq analiza transkriptoma Tuta absoluta (Meyrick) i gena citokroma P450', Insekti, 14(4), str. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun i dr. (2019) 'Pregled složenosti transkriptoma korištenjem PacBio analize jedne molekule u realnom vremenu u kombinaciji s Illumina RNA sekvenciranjem za bolje razumijevanje biosinteze ricinoleinske kiseline u Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), str. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
