Comparative Genomics
Prednosti usluge
●Opsežna evidencija o stručnosti i publikacijama: sa akumuliranim, BMKGene je završio preko 90 komparativnih projekata genomike, sa kumulativnim faktorom uticaja koji je dostigao 900.
●Sveobuhvatna bioinformatička analiza: paket analiza sadrži osam najčešće potrebnih analiza, pružajući dobro osmišljene brojke spremne za objavljivanje i omogućavajući jednostavnu interpretaciju rezultata
●Visokokvalificiran bioinformatički tim i kratak ciklus analize: sa velikim iskustvom u komparativnoj genomičkoj analizi, tim BMKGene ispunjava različite zahtjeve personalizirane analize u kratkom vremenu
●Postprodajna podrška:Naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima.
Specifikacije usluge
| Procijenjeno vrijeme obrade | Broj vrsta | Analize |
| 30 radnih dana | 6 - 12 | Grupisanje porodice gena Ekspanzija i kontrakcija porodice gena Filogenetska konstrukcija stabla Procjena vremena divergencije (potrebna je kalibracija fosila) LTR vrijeme umetanja (za biljke) Duplikacija cijelog genoma (za biljke) Selektivni pritisak Synteny analysis |
Bioinformatičke analize
● Porodica gena
● Filogenetika
● Vrijeme divergencije
● Selektivni pritisak
● Analiza sinteze
Zahtjevi za uzorke i dostava
Uzorci zahtjeva:
Tkivo ili DNK za sekvenciranje i sastavljanje genoma
Za tkivo
| Vrste | Tkivo | Anketa | PacBio CCS |
| Životinja | Visceralno tkivo | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Mišićno tkivo | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 mL | |||
| Krv sisara | |||
| ≥ 0,5 mL | |||
| Krv peradi/ribe | |||
| Plant | Fresh Leaf | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Petal/Stem | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Korijen/Sjeme | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Ćelije | Kulturna ćelija | - | ≥ 1 x 108 |
Podaci
Datoteke sekvenci genoma (.fasta) i datoteke s napomenama (.gff3) blisko povezanih vrsta
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
*Ovdje prikazani demo rezultati su svi iz genoma objavljenih uz Biomarker Technologies
1. Procjena vremena umetanja LTR-a: Slika prikazuje jedinstvenu bimodalnu distribuciju u vremenima umetanja LTR-RT u Weining genom raži, u poređenju sa drugim vrstama. Najnoviji vrh pojavio se prije oko 0,5 miliona godina.
Li Guang i dr.,Nature Genetics, 2021
2. Filogenija i analiza porodice gena na čajotu (Sechium edule): Analizom čajota i ostalih 13 srodnih vrsta u porodici gena, otkriveno je da je čajot najbliži povezan sa zmijskom tikvom (Trichosanthes anguina). Čajot dobijen iz zmijske tikvice u periodu od oko 27-45 mia, a duplikacija celog genoma (WGD) uočena je u čajotu u periodu od 25±4 mia, što je treći WGD događaj kod cucuibitaceae.
Fu A et al.,Horticulture Research, 2021
3.Synteny analiza: Neki geni povezani sa fitohormonima u razvoju ploda pronađeni su u čajotu, zmijskoj tikvi i tikvi. Korelacija između čajota i tikvice je nešto veća nego između čajota i zmijske tikvice.
Fu A et al.,Horticulture Research, 2021
4. Analiza porodice gena: KEGG obogaćivanje na ekspanziji i kontrakciji porodice gena u genomima G.thurberi i G.davidsonii pokazalo je da su geni povezani s biosintezom steroida i biosintezom brasinosteroida prošireni.
Yang Z et al.,BMC Biology, 2021
5. Analiza duplikacije cijelog genoma: Analiza distribucije 4DTV i Ks pokazala je događaj duplikacije cijelog genoma. Vrhovi unutar vrste pokazuju događaje duplikacije. Vrhovi međuvrsta prikazani su specijacijskim događajima. Analiza je pokazala da je u poređenju sa druge tri blisko srodne vrste, O. europaea nedavno prošla kroz veliku duplikaciju gena.
Rao G i dr.,Horticulture Research, 2021
BMK Case
Ruža bez bodlji: genomski uvidi povezani s prilagođavanjem vlage
Objavljeno: National Science Review, 2021
Strategija sekvenciranja:
'Basye'sThornless' (R.Wichurainan) genom:
Pribl. 93 X PacBio + pribl. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Ključni rezultati
1. Visokokvalitetni genom R.wichuraiana je konstruiran korištenjem tehnika sekvencioniranja dugog čitanja, koje su dale sklop od 530,07 Mb (procijenjena veličina genoma je bila približno 525,9 Mb protočnom citometrijom i 525,5 prema istraživanju genoma; Heterozigotnost je bila oko 1.03). BUSCO procijenjen rezultat je bio 93,9%. U poređenju sa „Old blush“ (haploOB), kvalitet i kompletnost ovog genoma potvrđena je baznom jednobaznom preciznošću i LTR indeksom sklapanja (LAI=20,03). Genom R.wichuraiana sadrži 32.674 gena koji kodiraju proteine.
2.Multi-omička zajednička analiza, koja se sastoji od komparativne genomike, transkriptomike, QTL analize genetske populacije, otkrila je ključnu specijaciju između R. wichuraiana i Rosa chinensis. Takođe, varijacije ekspresije srodnih gena u QTL-u su verovatno bile povezane sa uzorkom bodljikavog stabla.
Komparativna genomička analiza između Basye;s Thornless i Rosa chinensis, uključujući analizu sintenije, klaster porodice gena, analizu ekspanzije i kontrakcije, otkrila je veliki broj varijacija koje se odnose na ključne osobine ruža. Jedinstvena ekspanzija u porodici gena NAC i FAR1/FRS je vrlo vjerovatno bila povezana sa otpornošću na crne mrlje.
Komparativna genomička analiza između BT i haploOB genoma.
Zhong, M., et al. “Ruža bez bodlji: genomski uvidi povezani s prilagođavanjem vlage”National Science Review, 2021;, nwab092.
