BMKMANU S3000_Prostorni transkript
Tehnička šema prostornog transkripta BMKMANU S3000
Karakteristike
- Rezolucija: 3,5 µM
- Prečnik tačke: 2,5 µM
- Broj spotova: približno 4 miliona
- 3 moguća formata područja snimanja: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ili 15 mm * 20 mm
- Svako zrno sa bar kodom je napunjeno prajmerom koji se sastoji od 4 sekcije:
• poli(dT) rep za mRNA prajming i cDNK sintezu,
• Jedinstveni molekularni identifikator (UMI) za ispravljanje pristranosti amplifikacije
• Prostorni bar kod
• Sekvenca vezivanja prajmera za sekvenciranje delimičnog čitanja 1
- H&E i fluorescentno bojenje rezova
- Mogućnost korištenja tehnologije segmentacije ćelija: integracija H&E bojenja, fluorescentnog bojenja i RNA sekvenciranja kako bi se odredile granice svake ćelije i pravilno dodijelila ekspresija gena svakoj ćeliji. Obrada nizvodno Analiza prostornog profiliranja zasnovana na bini za ćelije.
- Moguće je postići analizu rezolucije na više nivoa: Fleksibilna analiza na više nivoa u rasponu od 100 um do 3,5 um za rješavanje različitih karakteristika tkiva u optimalnoj rezoluciji.
Prednosti BMKMANU S3000
-Udvostručenje tačaka za hvatanje na 4 miliona: sa poboljšanom rezolucijom od 3,5 uM, što dovodi do veće detekcije gena i UMI po ćeliji. Ovo rezultira poboljšanim grupiranjem ćelija na osnovu transkripcionih profila, sa finijim detaljima koji odgovaraju strukturi tkiva.
- Subćelijska rezolucija:Svaka oblast hvatanja sadržavala je >2 miliona prostornih tačaka sa bar kodom prečnika 2,5 µm i razmaka od 5 µm između centara tačaka, omogućavajući analizu prostornog transkriptoma sa subćelijskom rezolucijom (5 µm).
-Analiza rezolucije na više nivoa:Fleksibilna analiza na više nivoa u rasponu od 100 μm do 5 μm za rješavanje različitih karakteristika tkiva u optimalnoj rezoluciji.
-Mogućnost korištenja tehnologije segmentacije ćelija “Tri u jednom slajdu”:kombinujući fluorescentno bojenje, H&E bojenje i RNA sekvenciranje na jednom slajdu, naš algoritam za analizu "tri u jednom" omogućava identifikaciju granica ćelija za kasniju ćelijsku transkriptomiju.
-Kompatibilan sa višestrukim platformama za sekvenciranje: dostupni su i NGS i sekvenciranje dugog čitanja.
-Fleksibilan dizajn 1-8 aktivnih područja snimanja: veličina područja snimanja je fleksibilna, moguće je koristiti 3 formata (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm i 15 mm * 20 mm)
-Usluga na jednom mestu: integriše sve korake zasnovane na iskustvu i vještini, uključujući krio-sekciju, bojenje, optimizaciju tkiva, prostorno barkodiranje, pripremu biblioteke, sekvenciranje i bioinformatiku.
-Sveobuhvatna bioinformatika i laka vizualizacija rezultata:Paket uključuje 29 analiza i 100+ visokokvalitetnih figura, u kombinaciji s korištenjem softvera razrađenog u vlastitoj kući za vizualizaciju i prilagođavanje dijeljenja ćelija i grupiranja tačaka.
-Prilagođena analiza i vizualizacija podataka: dostupno za različite zahtjeve istraživanja
-Visoko obučen tehnički tim: sa iskustvom u preko 250 vrsta tkiva i 100+ vrsta uključujući ljude, miševe, sisare, ribe i biljke.
-Ažuriranja cijelog projekta u realnom vremenu: sa potpunom kontrolom napretka eksperimenta.
-Opciona zajednička analiza sa sekvenciranjem jednoćelijske mRNA
Specifikacije usluge
| Zahtjevi za uzorke | Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
| Krio uzorci ugrađeni u OCT (Optimalni prečnik: pribl. 6×6×6 mm³) 2 bloka po uzorku 1 za eksperiment, 1 za rezervnu kopiju | S3000 cDNA biblioteka | Illumina PE150 | 160K PE čitanja na 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Za više detalja o smjernicama za pripremu uzoraka i toku rada usluge, slobodno razgovarajte sa aBMKGENE ekspert
Tok rada usluge
U fazi pripreme uzorka, početno ispitivanje ekstrakcije RNK vrši se kako bi se osiguralo da se može dobiti visokokvalitetna RNK. U fazi optimizacije tkiva sekcije se boje i vizualiziraju, a uvjeti permeabilizacije za oslobađanje mRNA iz tkiva su optimizirani. Optimizovani protokol se zatim primenjuje tokom izgradnje biblioteke, nakon čega sledi sekvenciranje i analiza podataka.
Kompletan tok rada usluge uključuje ažuriranja u realnom vremenu i potvrde klijenata kako bi se održala petlja povratnih informacija koja je odgovorna, osiguravajući nesmetano izvođenje projekta.
Podaci koje generiše BMKMANU S3000 analiziraju se korišćenjem softvera “BSTMatrix”, koji je nezavisno dizajnirao BMKGENE, generišući matricu ekspresije gena na nivou ćelije i više nivoa rezolucije. Odatle se generiše standardni izveštaj koji uključuje kontrolu kvaliteta podataka, analizu unutrašnjeg uzorka i analizu među grupama.
- Kontrola kvaliteta podataka:
- Izlaz podataka i distribucija rezultata kvaliteta
- Detekcija gena po tački
- Pokrivenost tkiva
- Analiza unutrašnjeg uzorka:
- Bogatstvo gena
- Spot grupiranje, uključujući analizu smanjene dimenzije
- Analiza diferencijalne ekspresije između klastera: identifikacija markerskih gena
- Funkcionalna anotacija i obogaćivanje markerskih gena
- Međugrupna analiza
- Rekombinacija mrlja iz oba uzorka (npr. oboljelih i kontrolnih) i ponovno grupiranje
- Identifikacija markerskih gena za svaki klaster
- Funkcionalna anotacija i obogaćivanje markerskih gena
- Diferencijalni izraz istog klastera između grupa
Uz to, BMKGene je razvio “BSTViewer” je alat lak za korištenje koji omogućava korisniku da vizualizira ekspresiju gena i klasteriranje u različitim rezolucijama.
BMKGene nudi usluge prostornog profiliranja u preciznoj jednoćelijskoj rezoluciji (zasnovanoj na ćelijskom binu ili višeslojnom kvadratnom binu od 100 um do 3,5 um).
Podaci o prostornom profiliranju iz presjeka tkiva na S3000 stakalcu su se pokazali dobro kao niže.
Studija slučaja 1: Mozak miša
Analiza sekcije mozga miša sa S3000 rezultirala je identifikacijom ~94 000 ćelija, sa srednjim sekvenciranjem od ~2000 gena po ćeliji. Poboljšana rezolucija od 3,5 uM rezultirala je vrlo detaljnim grupiranjem ćelija zasnovanim na obrascima transkripcije, sa klasterima ćelija koje oponašaju diferencirane strukture mozga. Ovo se lako može uočiti vizualizacijom distribucije ćelija grupisanih kao oligodendrociti i mikroglije ćelije, koje su skoro isključivo locirane u sivoj i beloj materiji, respektivno.
Studija slučaja 2: Mišji embrion
Analiza sekcije embriona miša sa S3000 je rezultirala identifikacijom ~2200 000 ćelija, sa medijanom sekvenciranja od ~1600 gena po ćeliji. Poboljšana rezolucija od 3,5 uM rezultirala je vrlo detaljnim grupiranjem ćelija na osnovu transkripcionih obrazaca, sa 12 klastera u predjelu oka i 28 klastera u području mozga.
Grupiranje ćelija analize unutrašnjeg uzorka:
Identifikacija markerskih gena i prostorna distribucija:
- veća subćelijska rezolucija: U poređenju sa slajdom S1000, svaka oblast snimanja na S3000 sadržavala je >4 miliona prostornih barkodiranih tačaka prečnika 2,5 µm i udaljenosti od 3,5 µm između centara tačaka, omogućavajući analizu prostornog transkriptoma sa višom subćelijskom rezolucijom (kvadratna korpa: 3,5 µm).
- Veća efikasnost snimanja: u poređenju sa S1000 slajdom, Median_UMI se povećava sa 30% na 70%, Median_Gene se povećava sa 30% na 60%
Šema S1000 čipa:
Šema S3000 čipa:
