BMKMANU S1000 prostorni transkript
Tehnička šema prostornog transkripta BMKMANU S1000
Karakteristike
● Rezolucija: 5 µM
● Prečnik tačke: 2,5 µM
● Broj spotova: približno 2 miliona
● 3 moguća formata područja snimanja: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ili 15 mm * 20 mm
● Svako zrno sa bar kodom je napunjeno prajmerom koji se sastoji od 4 sekcije:
poli(dT) rep za mRNA prajming i cDNK sintezu
Jedinstveni molekularni identifikator (UMI) za ispravljanje pristranosti amplifikacije
Prostorni bar kod
Sekvenca vezivanja prajmera za delimično očitavanje 1 sekvence
● H&E i fluorescentno bojenje rezova
● Mogućnost korištenjatehnologija segmentacije ćelija: integracija H&E bojenja, fluorescentnog bojenja i sekvenciranja RNA za određivanje granica svake ćelije i ispravno dodjeljivanje ekspresije gena svakoj ćeliji.
Prednosti BMKMANU S1000
●Subćelijska rezolucija: Svaka oblast snimanja sadržavala je >2 miliona prostornih tačaka sa bar kodom prečnika 2,5 µm i razmaka od 5 µm između centara tačaka, omogućavajući analizu prostornog transkriptoma sa subćelijskom rezolucijom (5 µm).
●Analiza rezolucije na više nivoa:Fleksibilna analiza na više nivoa u rasponu od 100 μm do 5 μm za rješavanje različitih karakteristika tkiva u optimalnoj rezoluciji.
●Mogućnost korištenja tehnologije segmentacije ćelija „Tri u jednom slajdu“:Kombinujući fluorescentno bojenje, H&E bojenje i RNA sekvenciranje na jednom slajdu, naš algoritam za analizu "tri u jednom" omogućava identifikaciju granica ćelija za kasniju ćelijsku transkriptomiju.
●Kompatibilan sa višestrukim platformama za sekvenciranje: Dostupni su i NGS i sekvenciranje dugog čitanja.
●Fleksibilan dizajn 1-8 područja aktivnog snimanja: Veličina područja snimanja je fleksibilna, moguće je koristiti 3 formata (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm i 15 mm * 20 mm)
●Usluga na jednom mestu: Integriše sve korake zasnovane na iskustvu i vještini, uključujući krio-sekciju, bojenje, optimizaciju tkiva, prostorno barkodiranje, pripremu biblioteke, sekvenciranje i bioinformatiku.
●Sveobuhvatna bioinformatika i laka vizualizacija rezultata:Paket uključuje 29 analiza i 100+ visokokvalitetnih figura, u kombinaciji s korištenjem softvera razrađenog u vlastitoj kući za vizualizaciju i prilagođavanje dijeljenja ćelija i grupiranja tačaka.
●Prilagođena analiza i vizualizacija podataka: dostupno za različite zahtjeve istraživanja
●Visokokvalificiran tehnički tim: sa iskustvom u preko 250 vrsta tkiva i 100+ vrsta uključujući ljude, miševe, sisare, ribe i biljke.
●Ažuriranja u realnom vremenu o cijelom projektu: sa potpunom kontrolom napretka eksperimenta.
●Opciona zajednička analiza sa sekvenciranjem jednoćelijske mRNA
Specifikacije usluge
|
Uzorak Zahtjevi
| Biblioteka |
Strategija sekvenciranja
| Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
| Krio uzorci ugrađeni u OCT, 3 bloka po uzorku | S1000 cDNK biblioteka | Illumina PE150 (dostupne druge platforme) | 100K PE očitavanja na 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
Za više detalja o smjernicama za pripremu uzoraka i toku rada usluge, slobodno razgovarajte sa aBMKGENE ekspert
Tok rada usluge
U fazi pripreme uzorka, početno ispitivanje ekstrakcije RNK vrši se kako bi se osiguralo da se može dobiti visokokvalitetna RNK. U fazi optimizacije tkiva sekcije se boje i vizualiziraju, a uvjeti permeabilizacije za oslobađanje mRNA iz tkiva su optimizirani. Optimizovani protokol se zatim primenjuje tokom izgradnje biblioteke, nakon čega sledi sekvenciranje i analiza podataka.
Kompletan tok rada usluge uključuje ažuriranja u realnom vremenu i potvrde klijenata kako bi se održala petlja povratnih informacija koja je odgovorna, osiguravajući nesmetano izvođenje projekta.
Podaci koje generiše BMKMANU S1000 analiziraju se pomoću softvera “BSTMatrix”, koji je nezavisno dizajnirao BMKGENE, generišući matricu ekspresije gena. Odatle se generiše standardni izveštaj koji uključuje kontrolu kvaliteta podataka, analizu unutrašnjeg uzorka i analizu među grupama.
● Kontrola kvaliteta podataka:
Izlaz podataka i distribucija rezultata kvaliteta
Detekcija gena po tački
Pokrivenost tkiva
● Analiza unutrašnjeg uzorka:
Bogatstvo gena
Spot grupiranje, uključujući analizu smanjenih dimenzija
Analiza diferencijalne ekspresije između klastera: identifikacija markerskih gena
Funkcionalna anotacija i obogaćivanje markerskih gena
● Međugrupna analiza:
Rekombinacija mrlja iz oba uzorka (npr. oboljelih i kontrolnih) i ponovno grupiranje
Identifikacija markerskih gena za svaki klaster
Funkcionalna anotacija i obogaćivanje markerskih gena
Diferencijalni izraz istog klastera između grupa
Dodatno, BMKGENE je razvio “BSTViewer” je alat lak za upotrebu koji omogućava korisniku da vizualizuje ekspresiju gena i tačku grupiranja u različitim rezolucijama.
BMKGene je razvio softver za vizualizaciju prilagođenu korisniku
BSTViewer spot grupiranje u rezoluciji na više nivoa
BSTCellViewer: automatsko i ručno dijeljenje ćelija
Analiza unutrašnjeg uzorka
Spot grupiranje:
Identifikacija markerskih gena i prostorna distribucija:
Međugrupna analiza
Kombinacija podataka iz obje grupe i ponovnog grupiranja:
Markerski geni novih klastera:
Istražite napredak koji omogućava BMKGene-ove usluge prostorne transkriptomike sa tehnologijom BMKManu S1000 u ovoj istaknutoj publikaciji:
Song, X. et al. (2023) 'Prostorna transkriptomika otkriva ćelije hlorenhima izazvane svjetlom koje su uključene u promicanje regeneracije izdanaka u kalusu paradajza',Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(38), str. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Vi, Y. et al. (2023) 'Sistematsko poređenje prostornih transkriptomskih metoda zasnovanih na sekvenciranju',bioRxiv, str. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
