Amplicon sekvenciranje (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) sekvenciranje sa Illumina je metoda analize mikrobne raznolikosti identifikacijom mikrobnih profila prema njihovim sekvencama, a zatim pokušajem dešifriranja bogatstva i raznolikosti zajednice unutar svakog uzorka i između uzoraka. BMKCloud Amplicon (NGS) cevovod omogućava analizu 16S, 18S, ITS i više funkcionalnih gena. Počinje sa rezanjem čitanja, sklapanjem uparenog kraja i procjenom kvaliteta, nakon čega slijedi grupisanje sličnih čitanja za generiranje operativnih taksonomskih jedinica (OTU) koje se koriste u šest različitih sekcija analize. Taksonomske napomene pružaju informacije o relativnoj zastupljenosti i sastavu svakog uzorka, dok se analize alfa i beta raznolikosti fokusiraju na mikrobnu raznolikost unutar i između uzoraka, respektivno. Diferencijalna analiza između grupa pronalazi OTU-e koji se razlikuju koristeći parametarske i neparametarske testove, dok korelaciona analiza povezuje ove razlike sa faktorima okoline. Konačno, funkcionalno obilje gena predviđa se na osnovu obilja gena markera, pružajući uvid u funkciju i ekologiju u svakom uzorku.